Puntuaciones De Calidad; Puntuación De Calidad Y Elaboración De Informes - Illumina NextSeq 1000 Guia Del Usuario

Guía del sistema de secuenciación NextSeq 1000 y 2000
En el caso del análisis de dos canales, RTA3 utiliza un sistema basado en la población para determinar
la castidad (medición de pureza de la intensidad) de una llamada de bases. Los grupos que superan el
filtro (PF) cuando solo una llamada de bases de los primeros 25 ciclos tiene un valor de castidad inferior
al umbral fijado. Si se incluye, la alineación de PhiX se lleva a cabo en el ciclo 26 en un subconjunto de
placas de grupos que superan el filtro. Los grupos que no superan el filtro no se alinean ni se realiza en
ellos la llamada de bases.

Puntuaciones de calidad

Una puntuación de calidad (puntuación Q) es una predicción de la probabilidad de obtener una llamada
de bases incorrecta. Una puntuación Q superior implica que la llamada de bases tiene una calidad
mayor y es más probable que sea correcta. Tras determinar la puntuación Q, los resultados se
registran en archivos de llamada de bases (*.cbcl).
La puntuación Q comunica brevemente pequeñas probabilidades de error. Las puntuaciones de calidad
se representan como Q(X), donde X es la puntuación. En la siguiente tabla, figura la relación entre una
puntuación de calidad y la probabilidad de error.
Puntuación Q, Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Puntuación de calidad y elaboración de informes
Para la puntuación de calidad, se calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases y, a
continuación, se utilizan los valores de los predictores para determinar la puntuación Q en la tabla de
calidad. Las tablas de calidad se crean para proporcionar predicciones de calidad con una precisión
óptima de experimentos generados mediante una configuración específica de la plataforma de
secuenciación y una versión de composición química concreta.
La puntuación de calidad se basa en una versión modificada del algoritmo Phred.
Para generar la tabla Q de los sistemas de secuenciación NextSeq 1000 y NextSeq 2000, se
determinaron tres grupos de llamadas de bases en función del agrupamiento de estas características
predictivas específicas. Después de la agrupación de las llamadas de bases, se calculó empíricamente
la tasa de error media de cada uno de los tres grupos y las puntuaciones Q correspondientes se
registraron en la tabla Q junto con las características predictivas que se correlacionan con ese grupo.
Como tal, solo son posibles tres puntuaciones Q con RTA3 y estas puntuaciones Q representan la tasa
de error promedio del grupo
como resultado una puntuación de calidad simplificada pero muy precisa.
Los tres grupos de la tabla de calidad se corresponden a llamadas base de calidad marginal (< Q15),
N.º de documento 1000000109376 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Probabilidad de error
0,0001 (1 entre 10 000)
0,001 (1 entre 1000)
0,01 (1 entre 100)
0,1 (1 entre 10)
(Puntuación Q simplificada con RTA3 en la página 69). En general, esto da
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