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Guía del sistema HiSeq 2000
La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa.
u
La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza.
u
Figura 20 Hebra retrasada y hebra adelantada
A Lectura con una base con hebra retrasada
B Lectura con una base con hebra adelantada
RTA corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada mediante el uso del algoritmo de
corrección empírica de hebras, que maximiza la calidad de los datos en cada ciclo durante el experimento.
Llamada de bases
Tras corregir las intensidades sin procesar para que no se creen interferencias, hebras retrasadas ni hebras
adelantadas, el canal de con mayor intensidad es la llamada correspondiente a ese grupo en ese ciclo.
La llamada de bases en el sistema HiSeq 2000 mediante el uso de RTA comienza después del ciclo 12.
La llamada de bases determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa determinada en un
ciclo específico. Este tipo de llamadas se guardan en archivos de llamadas de bases (*.bcl), que son
archivos binarios con 1 byte por llamada y puntuación de calidad. Cada archivo de llamadas de bases
contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad asociada. Para realizar una llamada de bases, los
grupos deben superar antes el filtro de castidad. Se denomina "ausencia de llamadas" a aquellos casos en
los que los grupos no superan el filtro o no se les puede llamar porque no están dentro de la imagen o falla el
registro de imagen. La ausencia de llamadas se representa como (N).
Grupos que superan el filtro
Durante los 25 primeros ciclos de Lectura 1, el filtro de castidad elimina los grupos menos fiables de los
resultados del análisis. Los grupos superan el filtro si no hay más de dos llamadas de bases que presenten
un valor de castidad inferior a 0,6 en los primeros 25 ciclos. La castidad es la relación de la mayor intensidad
de base dividida por la suma de la mayor intensidad de base y la segunda mayor intensidad de base. Los
informes de análisis representan el porcentaje de grupos que superan el filtro como % PF.
Los grupos de baja calidad se eliminan del recuento de grupos sin procesar durante la generación de
plantillas, lo que genera un porcentaje relativamente mayor de grupos que superan el filtro.
Puntuación de calidad
Una puntuación de calidad, o puntuación Q, es una predicción de la probabilidad de obtener una llamada
de bases incorrecta. Una puntuación Q superior implica que la llamada de bases tiene una calidad mayor y
es más probable que sea correcta.
La puntuación Q es una forma concisa de comunicar probabilidades de error pequeñas. Q(X) representa
puntuaciones de calidad, donde X es la puntuación. En la siguiente tabla figura la relación entre la puntuación
de calidad y la probabilidad de error.
N.º de documento 15011190 v02 ESP
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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