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Illumina NextSeq550Dx Guía De Referencia

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Modo de investigación del NextSeq 550Dx
Guía de referencia del instrumento
N.º de documento 1000000041922 v01 ESP
Marzo de 2018
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
PROPIEDAD DE ILLUMINA
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Manuales relacionados para Illumina NextSeq550Dx

Resumen de contenidos para Illumina NextSeq550Dx

  • Página 1 Modo de investigación del NextSeq 550Dx Guía de referencia del instrumento N.º de documento 1000000041922 v01 ESP PROPIEDAD DE ILLUMINA Marzo de 2018 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
  • Página 2 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.
  • Página 3 Descripción del cambio N.º de documento Marzo de Se ha añadido información relativa al servicio de supervisión proactiva 1000000041922 v01 2018 de Illumina en la sección Personalizar la configuración del sistema. N.º de documento Noviembre Publicación inicial. 1000000041922 v00 de 2017 N.º...

  • Página 4: Tabla De Contenido

    Índice Capítulo 1 Descripción general Acerca de esta guía Introducción Recursos adicionales Componentes del instrumento Descripción general de los consumibles de secuenciación Capítulo 2 Primeros pasos Puesta en servicio del instrumento Personalizar la configuración del sistema Consumibles y equipos proporcionados por el usuario Capítulo 3 Secuenciación Introducción Flujo de trabajo de secuenciación...
  • Página 5 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Errores de lectura y BeadChip Fórmulas personalizadas y carpetas de fórmulas Mensaje de error de RAID Configuración de ajustes del sistema Apéndice B Análisis en tiempo real Descripción general del análisis en tiempo real Flujo de trabajo de análisis en tiempo real Apéndice C Archivos y carpetas de resultados Archivos de resultados de secuenciación...

  • Página 6: Capítulo 1 Descripción General

    : El flujo de trabajo de secuenciación está integrado en BaseSpace, el entorno informático de genómica de Illumina para colaboración, almacenamiento y análisis de datos. En el caso de los instrumentos configurados para BaseSpace, la información de la biblioteca y los parámetros del experimento se especifican en la ficha Prep (Preparación) de BaseSpace.

  • Página 7: Recursos Adicionales

    ® Análisis de datos: utilice el software BlueFuse Multi para analizar los datos de matrices. Recursos adicionales La documentación siguiente está disponible para su descarga en el sitio web de Illumina. Recurso Descripción Guía de referencia del Cuando se encuentra en el modo de diagnóstico, ofrece instrucciones del instrumento NextSeq 550Dx funcionamiento del instrumento, así...

  • Página 8: Componentes Del Instrumento

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Componentes del instrumento El instrumento NextSeq 550Dx cuenta con un monitor con pantalla táctil, una barra de estado y cuatro compartimentos. Figura 1 Componentes del instrumento A Compartimento de adquisición de imágenes: alberga la celda de flujo para la secuenciación o el adaptador de BeadChip para la lectura.

  • Página 9: Compartimento Del Filtro De Aire

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 2 Compartimentos de reactivos y tampones A Puerta del compartimento de reactivos: cierra el compartimento de reactivos con un cierre situado debajo de la esquina inferior derecha de la puerta. El compartimento de reactivos alberga el cartucho de reactivo. B Cartucho de reactivo: el cartucho de reactivo es un consumible precargado de un solo uso.

  • Página 10: Botón De Encendido/Apagado

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Icono de Nombre de Descripción estado estado Estado El sistema está normal. correcto Procesando El sistema está procesando. Advertencia Se ha producido una advertencia. Las advertencias no detienen un experimento ni requieren una acción antes de continuar. Error Se ha producido un error.

  • Página 11: Descripción General Del Adaptador Reutilizable De Beadchips

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Descripción general del adaptador reutilizable de BeadChips El adaptador reutilizable de BeadChips alberga el BeadChip durante la lectura. El BeadChip se asegura en el estante insertado del adaptador con la pinza de retención. A continuación, el adaptador de BeadChip se carga sobre la platina en el compartimento de adquisición de imágenes.

  • Página 12: Descripción General De La Celda De Flujo

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Tipo de kit Marcado de la etiqueta Componentes del kit de rendimiento elevado Componentes del kit de rendimiento medio Descripción general de la celda de flujo Figura 4 Cartucho de la celda de flujo A Par de carriles A: carriles 1 y 3 B Par de carriles B: carriles 2 y 4 C Marco del cartucho de la celda de flujo...

  • Página 13: Descripción General Del Cartucho De Reactivo

    Manipule los reactivos utilizados como residuos químicos y deséchelos de conformidad con las normativas y leyes regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Depósitos reservados Figura 6 Depósitos numerados N.º...

  • Página 14: Descripción General Del Cartucho De Tampones

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Posición Descripción 7, 8 y 9 Reservadas para cebadores personalizados opcionales Carga de bibliotecas Para obtener información sobre los cebadores personalizados, consulte la Guía de cebadores personalizados de NextSeq (n.º de documento 15057456). Depósito extraíble de la posición n.º 6 El cartucho de reactivo precargado incluye un reactivo de desnaturalización en la posición 6 que contiene formamida.
  • Página 15 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 16: Capítulo 2 Primeros Pasos

    Capítulo 2 Primeros pasos Puesta en servicio del instrumento Personalizar la configuración del sistema Consumibles y equipos proporcionados por el usuario Puesta en servicio del instrumento Coloque el interruptor de encendido principal en la posición I (Encendido). Figura 8 Interruptor de alimentación situado en la parte trasera del instrumento Pulse el botón de encendido situado sobre el compartimento de reactivos.

  • Página 17: Indicadores De Modo Del Instrumento

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Utilice el comando de reinicio en modo de investigación en NOS para apagar el instrumento de forma segura y reiniciar para entrar en el modo de investigación. Seleccione Manage Instrument (Administrar instrumento). Seleccione Reboot/Shut Down (Reiniciar/Apagar).

  • Página 18: Establecer Indicador De Audio Y Opción De Teclado

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Establecer indicador de audio y opción de teclado En la pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento), seleccione System Customization (Personalización del sistema). Marque la casilla de verificación Use on-screen keyboard (Utilizar teclado en pantalla) para activar el teclado en pantalla e introducir datos en el instrumento.

  • Página 19: Consumibles Suministrados Por El Usuario Para Los Experimentos De Secuenciación

    Agua de laboratorio Proveedor de laboratorio general Lavado del instrumento (lavado manual) Filtro de aire Illumina, n.º de catálogo 20022240 Limpieza del aire que el instrumento recibe para refrigerarse Directrices para el agua de laboratorio Utilice siempre agua de laboratorio o agua desionizada para llevar a cabo los procedimientos del instrumento.

  • Página 20: Capítulo 3 Secuenciación

    (BCL) a BaseSpace o a la ubicación de salida especificada para el análisis secundario. En función de la aplicación, hay varios métodos de análisis disponibles. Para obtener más información, consulte la ayuda de BaseSpace (help.basespace.illumina.com). Duración del experimento de secuenciación La duración del experimento de secuenciación depende del número de ciclos realizados.

  • Página 21: Número De Ciclos De Una Lectura

    El ciclo adicional es necesario para los cálculos de hebra retrasada y hebra adelantada. Flujo de trabajo de secuenciación Para las configuraciones que utilizan BaseSpace o BaseSpace Onsite de Illumina: Configure el experimento en la ficha Prep (Preparación) de BaseSpace. Consulte la ayuda de BaseSpace (help.basespace.illumina.com).

  • Página 22: Preparación De La Celda De Flujo

    Manipule los reactivos utilizados como residuos químicos y deséchelos de conformidad con las normativas y leyes regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Preparación de la celda de flujo Extraiga un nuevo embalaje de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C.

  • Página 23: Carga De Bibliotecas En El Cartucho De Reactivo

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Carga de bibliotecas en el cartucho de reactivo Limpie el sello metálico que cubre el depósito n.º 10 marcado como Load Library Here (Cargar biblioteca aquí) con una toallita sin pelusa. Perfore el sello con una punta de pipeta de 1 ml limpia.
  • Página 24 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 11 Extracción del embalaje de aluminio Abra el estuche de plástico transparente y extraiga la celda de flujo. Figura 12 Extracción del estuche Limpie la superficie de cristal de la celda de flujo con un paño sin pelusa humedecido en alcohol. Seque el cristal con una toallita de laboratorio sin pelusa.

  • Página 25: Vaciado Del Contenedor De Reactivos Usados

    Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Deslice el contenedor de reactivos usados vacío dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga.

  • Página 26: Carga Del Cartucho De Tampones

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 15 Carga del contenedor de reactivos usados vacío Carga del cartucho de tampones Retire el cartucho de tampones usado del compartimento superior. Puede que tenga que levantar y tirar hacia fuera del cartucho de tampones empleando algo de fuerza. Deslice un nuevo cartucho de tampones dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga.
  • Página 27 Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. NOTA Para garantizar un desecho seguro del reactivo no usado, el depósito de la posición 6 es extraíble. Para obtener más información, consulte...

  • Página 28: Especificación De Los Parámetros Del Experimento

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 18 Posición n.º 6 extraíble A Cubierta protectora de goma B Posición n.º 6 Presione la pestaña de plástico transparente y empuje hacia la izquierda para extraer el depósito. Deseche el depósito de conformidad con las normativas aplicables. Especificación de los parámetros del experimento Los pasos de la pantalla de configuración del experimento varían en función de la configuración del sistema: BaseSpace o BaseSpace Onsite: la pantalla de configuración del experimento recoge los experimentos...

  • Página 29: Introducción De Los Parámetros Del Experimento (Configuración Independiente)

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Purge consumables for this run (Purgar consumibles para este experimento): cambie el ajuste para purgar los consumibles de forma automática tras el experimento actual. Seleccione Next (Siguiente). Introducción de los parámetros del experimento (configuración independiente) Introduzca el nombre de experimento que desee.

  • Página 30: Inicio Del Experimento

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Icono de progreso : la comprobación está en curso. Marca de verificación verde: se ha superado la comprobación. X roja: no se ha superado la comprobación. Todos los elementos que no la superen, precisan una acción antes de continuar.

  • Página 31: Ciclos De Criterios De Medición Del Experimento

    Los criterios de medición del experimento aparecen tras el ciclo 25, incluida la densidad de grupos, los grupos que superan el filtro, el rendimiento y las puntuaciones de calidad. Transferencia de datos Estado BaseSpace Onsite Instrumento BaseSpace de Illumina independiente Conectado Conectado y transfiriendo datos Desconectado Desactivado En función de la configuración de análisis seleccionada, durante el experimento aparece un icono en la...

  • Página 32: Lavado Automático Posterior Al Experimento

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Sequencing Analysis Viewer El software Sequencing Analysis Viewer muestra los criterios de medición generados durante el experimento. Estos datos aparecen en forma de diagramas, gráficos y tablas según los datos generados por RTA y escritos en los archivos InterOp.
  • Página 33 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 34: Capítulo 4 Lectura

    BeadChip. La utilidad Decode File Client le permite descargar carpetas DMAP directamente de los servidores de Illumina utilizando un protocolo HTTP estándar. Para acceder a la utilidad Decode File Client, diríjase a la página de asistencia de Decode File Client en el sitio web de Illumina (support.illumina.com/array/array_software/decode_file_client/downloads.html).

  • Página 35: Flujo De Trabajo De Lectura

    Archivos de grupos: los archivos de grupos describen las posiciones de los grupos para la matriz de genotipado de Illumina y se emplean cuando se analizan los datos para hacer la llamada de genotipo. Los archivos de grupos emplean el formato *.egt.

  • Página 36: Acceso A La Carpeta Dmap Por El Beadchip

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx BeadChips by barcode (BeadChips por código de barras) Introduzca la información requerida. Localice la carpeta DMAP que desea descargar. Compruebe que dispone de suficiente espacio libre en el destino de la descarga. Inicie la descarga.

  • Página 37: Configuración De Una Lectura

    Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Extraiga la celda de flujo del compartimento de adquisición de imágenes.

  • Página 38: Carga Del Adaptador De Beadchips

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Cierre la puerta del compartimento de reactivos y la del compartimento de tampones. Carga del adaptador de BeadChips Utilice los pasadores de alineación para colocar el adaptador de BeadChip en la platina. Figura 23 Carga del adaptador de BeadChips Seleccione Load (Cargar).

  • Página 39: Inicio De La Lectura

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx X roja: no se ha superado la comprobación. Todos los elementos que no la superen, precisan una acción antes de continuar. Consulte Solución de errores de la comprobación automática en la página Para detener una comprobación automática en curso, seleccione el botón Cancel (Cancelar).
  • Página 40 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx NOTA La finalización de una lectura es definitiva. Si finaliza una lectura antes de que esta haya terminado, los datos de la lectura no se guardan. Transferencia de datos Cuando finaliza la lectura, los datos se ponen en cola para transferirlos a la carpeta de resultados de lectura.
  • Página 41 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 42: Capítulo 5 Mantenimiento

    Mantenimiento preventivo Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable.

  • Página 43: Preparación Para Un Lavado Manual Posterior Al Experimento

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 25 Cartucho de lavado de reactivos y cartucho de lavado de tampones Preparación para un lavado manual posterior al experimento Seleccione si desea preparar un lavado manual posterior al experimento tal y como se describe a continuación o preparar un lavado rápido (siguiente sección).

  • Página 44: Preparación Para Un Lavado Rápido

    Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Deslice el contenedor de reactivos usados vacío dentro del compartimento de tampones hasta que se detenga.

  • Página 45: Inicio Del Lavado

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Inicio del lavado Seleccione Start (Iniciar). Una vez finalizado el lavado, seleccione Home (Inicio). Después del lavado Después del lavado, los dispensadores permanecen en la posición bajada para evitar que entre aire en el sistema.

  • Página 46: Actualizaciones De Software

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 27 Inserción del filtro de aire Actualizaciones de software Las actualizaciones de software se suministran en un paquete llamado System Suite, que incluye el software siguiente: Software de control de NextSeq (NCS) Fórmulas de NextSeq RTA2 Software de servicio de NextSeq (NSS)

  • Página 47: Actualización Automática De Software

    Actualización manual de software Descargue el instalador de System Suite del sitio web de Illumina y guárdelo en una ubicación de red. De manera alternativa, copie el archivo de instalación del software en una unidad USB portátil.

  • Página 48: Opciones De Reinicio Y Apagado

    No cambie la posición del instrumento. Si lo mueve de forma incorrecta, la alineación óptica podría verse afectada y comprometer la integridad de los datos. Si debe cambiar la posición del instrumento, póngase en contacto con su representante de Illumina. Salir a Windows El comando Exit to Windows (Salir a Windows) proporciona acceso al sistema operativo del instrumento y a cualquier carpeta en el ordenador del instrumento.
  • Página 49 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 50: Apéndice A Solución De Problemas

    Illumina para facilitar la solución de problemas. Archivos de solución de problemas Es posible que el representante del servicio de asistencia técnica de Illumina le solicite que proporcione copias de archivos específicos del experimento o de la lectura para solucionar problemas Normalmente, se utilizan los archivos siguientes para solucionar problemas.

  • Página 51: Archivos De Solución De Problemas Para Las Lecturas De Matrices

    RTALogs (Registros de RTA). Este archivo no está presente para los experimentos realizados con éxito. Incluya el registro de errores al notificar los problemas al servicio de asistencia técnica de Illumina. Archivos de solución de problemas para las lecturas de matrices...
  • Página 52 La cuenta de BaseSpace o el servidor de red están llenos. (Espacio de disco de la red) Temperatura Acción recomendada Temperature Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. (Temperatura) Temperature Sensors Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. (Sensores de temperatura) Fans (Ventiladores) Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina.

  • Página 53: Comprobaciones Para Las Lecturas De Matrices

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Administración de Acción recomendada reactivos Buffer Mechanism Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. (Mecanismo de los tampones) Spent Reagents Vacíe el contenedor de reactivos usados y vuelva a cargar el contenedor ya vacío.

  • Página 54: Flujo De Trabajo De La Rehibridación

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Cuando se pausa el experimento, se abre un cuadro de diálogo con opciones para levantar los dispensadores y vaciar el contenedor lleno. Vaciado del contenedor de reactivos usados Seleccione Raise Sippers (Levantar dispensadores). Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de manera adecuada.

  • Página 55: Consumibles Necesarios

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Lectura 1 o lectura de índice 1: finalice el experimento antes de iniciar la resíntesis "paired-end". La celda de flujo no se puede guardar para la posterior rehibridación una vez iniciada la resíntesis "paired-end".

  • Página 56: Errores De Lectura Y Beadchip

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Extraiga el contenedor de reactivos usados y deseche el contenido de manera adecuada; a continuación, vuelva a cargar el contenedor vacío. Cargue el nuevo cartucho de tampones y el nuevo cartucho de reactivo. En la pantalla Run Setup (Configuración del experimento), seleccione una de las siguientes opciones: BaseSpace o BaseSpace Onsite: seleccione el experimento y confirme sus parámetros.

  • Página 57: Sustitución De Los Archivos De Manifiesto Y Archivos De Grupos

    Aumenta de uno en uno el contador de lecturas en función del recuento de lecturas de la última relectura. Sustitución de los archivos de manifiesto y archivos de grupos Diríjase a la página de asistencia técnica de Illumina (support.illumina.com) correspondiente al BeadChip que está...

  • Página 58: Mensaje De Error De Raid

    Si un disco duro empieza a fallar, el sistema genera un mensaje de error de RAID y le sugiere que se ponga en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Normalmente, es necesario sustituir un disco duro.

  • Página 59: Ajuste De La Configuración Del Análisis

    Seleccione entre las opciones siguientes para especificar la ubicación a la que se transfieren los datos para los análisis posteriores. Seleccione BaseSpace para enviar los datos de secuenciación a BaseSpace de Illumina. [Opcional] Seleccione la casilla de verificación Output Folder (Carpeta de resultados), seleccione Browse (Examinar) y vaya a una ubicación de red secundaria en la que guardar los archivos BCL además de...

  • Página 60: Configuración De Lectura Del Beadchip

    Seleccione Send instrument health information to Illumina (Enviar datos del estado del instrumento a Illumina) para habilitar el servicio de supervisión proactiva de Illumina. El nombre del ajuste en la interfaz de software puede diferir del nombre que figura en esta guía, en función de la versión del NCS que se esté...
  • Página 61 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Seleccione un formato de archivo de resultados para los datos de la lectura. El tipo de archivo de resultados predeterminado es GTC solamente. Seleccione Save (Guardar). En la pantalla Scan Map (Mapa de lecturas), especifique la ruta completa del archivo de grupos y del archivo de manifiesto para cada tipo de BeadChip.

  • Página 62: Apéndice B Análisis En Tiempo Real

    Apéndice B Análisis en tiempo real Descripción general del análisis en tiempo real Flujo de trabajo de análisis en tiempo real Descripción general del análisis en tiempo real El instrumento NextSeq 550Dx utiliza una implementación del software de análisis en tiempo real (RTA) denominada RTA 2.

  • Página 63: Gestión De Errores

    NextSeq 550Dx en el sitio web de Illumina. RTA v2 proporciona criterios de medición en tiempo real de experimentos de calidad guardados como archivos InterOp. Los archivos InterOp son archivos de resultados binarios que contienen criterios de medición relacionados con placas, ciclos y lecturas y son necesarios para la visualización de criterios de...

  • Página 64: Registro Y Extracción De Intensidad

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Registro y extracción de intensidad El registro y la extracción de intensidad comienza después de la generación de plantillas. El registro alinea imágenes producidas durante cada ciclo de adquisición de imágenes posterior en relación con la plantilla.

  • Página 65: Consideraciones Sobre El Indexado

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 30 Visualización de intensidades de grupos Tabla 1 Llamada de bases en secuenciación de dos canales Canal rojo Canal verde Resultado Base 1 (encendido) 1 (encendido) Los grupos que presentan intensidad en el canal rojo y verde. 1 (encendido) 0 (apagado) Los grupos que presentan intensidad solo en el canal rojo.

  • Página 66: Puntuación De Calidad

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Puntuación de calidad Una puntuación de calidad, o puntuación Q, es una predicción de la probabilidad de obtener una llamada de bases incorrecta. Una puntuación Q superior implica que la llamada de bases tiene una calidad mayor y es más probable que sea correcta.
  • Página 67 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 68: Apéndice C Archivos Y Carpetas De Resultados

    Apéndice C Archivos y carpetas de resultados Archivos de resultados de secuenciación Estructura de carpetas de resultados de secuenciación Archivos de resultados de lectura Estructura de carpetas de resultados de lectura Archivos de resultados de secuenciación Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos de llamada Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases, agregado en un archivo de bases...

  • Página 69: Numeración De Carriles

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Tabla 2 Placas de la celda de flujo Componente de la Rendimiento Descripción celda de flujo elevado Carriles Un carril es un canal físico con puertos de entrada y salida específicos. Superficies La imagen de la celda de flujo se adquiere en dos superficies, la superior y la inferior.

  • Página 70: Numeración De Cámaras

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Figura 32 Numeración de sectores Numeración de cámaras El instrumento NextSeq 550Dx utiliza seis cámaras para efectuar la adquisición de imágenes de la celda de flujo. Las cámaras están numeradas del 1 al 6. Las cámaras del 1 al 3 realizan la adquisición de imágenes del carril 1.

  • Página 71: Estructura De Carpetas De Resultados De Secuenciación

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx El número de placa completo incluye cinco dígitos para la representación de la ubicación, tal y como se indica a continuación: Superficie: 1 representa la superficie superior y 2 representa la superficie inferior Sector: 1, 2 o 3 Cámara: 1, 2, 3, 4, 5 o 6 Placa: 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 o 12...

  • Página 72: Archivos De Resultados De Lectura

    Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx RTALogs (Registros de RTA): archivos de registro que describen los pasos del análisis. RTAConfiguration.txt RunInfo.xml RunNotes.xml RunParameters.xml Archivos de resultados de lectura Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos GTC Archivo de llamada de genotipo.
  • Página 73 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Archivos GTC: archivos de llamada de genotipo (un archivo por muestra). Archivos IDAT: [Opcional] archivos de datos de intensidad (dos archivos por muestra; uno por cada canal). Archivos de imagen: imágenes de la lectura correspondientes a cada muestra, sección, sector, cámara, placa y canal.

  • Página 74: Índice Alfabético

    Índice alfabético BaseSpace 1, 54 iconos de transferencia 26 actualización del software 41 inicio de sesión 18 adaptador BeadChip cargar BeadChip 33 adaptador 6, 31 descripción general 6 análisis 1 orientación del BeadChip 31 cargar 33 administrar instrumento fallo de registro 51 apagado 43 no se puede leer el código de barras 51 apagar 43...
  • Página 75 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx Configuración 54 comprobación previa al experimento 24, 33 configuración de BaseSpace 23 consideraciones sobre el indexado 60 configuración del experimento, opción criterios de medición del experimento 25 descripción general 16, 30 avanzada 13 duración del experimento 15-16 configuración del sistema 12...
  • Página 76 37 seguimiento de RFID 6 Mensaje de error de RAID 53 servicio de copia de experimento 26 modo de RUO 12 Servicio de supervisión proactiva de Illumina 54 software actualización automática 42 actualización manual 42 ajustes de configuración 53 nombre de usuario y contraseña 11...
  • Página 77 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx ubicación de grupos archivos 63 generación de plantillas 58 ubicación de la carpeta 24 Windows salir 43 N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 78: Asistencia Técnica

    Hojas de datos de seguridad (SDS): disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: disponible para su descarga en formato PDF en el sitio web de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación, seleccione Documentation & Literature (Documentación y literatura).
  • Página 79 Guía de referencia del modo de investigación del instrumento NextSeq 550Dx N.º de documento 1000000041922 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 80: N.º De Documento 1000000041922 V01 Esp

    Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2018 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.

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