Manuales relacionados para Illumina HiSeq 2000
Resumen de contenidos para Illumina HiSeq 2000
- Página 1 HiSeq 2000 Guía del sistema N.º de documento 15011190 v02 ESP PROPIEDAD DE ILLUMINA Marzo de 2018 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
- Página 2 Guía del sistema HiSeq 2000 Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.
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Página 3: Historial De Revisiones
Adición de la herramienta de selección de protocolos personalizados a Recursos adicionales. Incorporación de información sobre el servicio de supervisión proactiva de Illumina en la sección Visualización y envío de datos del instrumento. Indicación de la frecuencia aproximada para renovar los tubos y las botellas de lavado. - Página 4 Actualización del n.º de catálogo de VWR para las toallitas de alcohol a 95041-714. Actualización de la URL de las hojas de datos de seguridad (SDS) a support.illumina.com/sds.html. N.° de referencia Abril de Actualización de descripciones de software a HCS v2.2, que incluye el 15011190 Rev.
- Página 5 Guía del sistema HiSeq 2000 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de referencia Abril de Modificación del flujo de trabajo de configuración del experimento: 15011190, rev. L 2012 deben cambiarse las juntas del distribuidor antes de realizar el lavado de mantenimiento del instrumento, en lugar de antes de cargar la celda de flujo agrupada.
- Página 6 Guía del sistema HiSeq 2000 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de referencia Mayo de Corrección del contenido de la caja 1 y de la caja 2 del kit de 15011190, rev. D 2010 secuenciación. Actualización de volúmenes en la preparación del cebador Rd2 Seq de multiplexado para su uso en el instrumento HiSeq N.º...
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Página 7: Tabla De Contenido
Contenido Historial de revisiones Capítulo 1 Descripción general Introducción Recursos adicionales Componentes del instrumento Descripción general de los consumibles de secuenciación Capítulo 2 Primeros pasos Inicio de HiSeq 2000 Personalización de la configuración del sistema Visualización y envío de datos del instrumento Consumibles proporcionados por el usuario Capítulo 3 Secuenciación en el modo HiSeq v4 Introducción... - Página 8 Guía del sistema HiSeq 2000 Apéndice A Solución de problemas Posibles problemas de configuración de experimentos Realización de una comprobación de fluídica BaseSpace no está disponible Detención y reanudación de un experimento Pausa de un experimento Escalonamiento de experimentos en la celda de flujo A y la celda de flujo B División de kits SBS Rehibridación del cebador Apéndice B Análisis en tiempo real...
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Página 9: Capítulo 1 Descripción General
Este método permite la supervisión de las métricas de calidad durante el experimento y ahorra tiempo durante los análisis de datos posteriores. Los análisis sucesivos de datos de secuenciación se pueden realizar con software de análisis de Illumina u otros proveedores en IlluminaCompute, BaseSpace de Illumina o una infraestructura personalizada. -
Página 10: Recursos Adicionales
Visite la página de asistencia del sistema HiSeq 2000 en el sitio web de Illumina para acceder a la documentación, las descargas de software, la formación en línea y las preguntas frecuentes. -
Página 11: Componentes Del Instrumento
Guía del sistema HiSeq 2000 Componentes del instrumento El sistema HiSeq 2000 se compone del instrumento, el monitor, el ordenador de control del instrumento y los accesorios, tales como el teclado, el ratón y el lector de códigos de barras. El instrumento incluye cuatro compartimentos principales: el módulo óptico, el compartimento de la celda de flujo, el compartimento de fluídica y el compartimento de reactivos. -
Página 12: Compartimento De La Celda De Flujo
Guía del sistema HiSeq 2000 Compartimento de la celda de flujo El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo, las estaciones térmicas, el sistema de vacío y las conexiones de fluídica para cada celda de flujo. Figura 2 Platina de la celda de flujo con dos celdas de flujo A Celda de flujo A B Celda de flujo B... -
Página 13: Software De Hiseq 2000
Guía del sistema HiSeq 2000 Figura 3 Compartimento de reactivos A Mangos de los dispensadores B Gradilla de reactivos "paired-end" y de indexación C Gradilla de reactivos SBS de la celda de flujo A D Gradilla de reactivos SBS de la celda de flujo B Software de HiSeq 2000 Hay tres aplicaciones de software instaladas en el ordenador del instrumento: Software de control de HiSeq 2000: La interfaz de HiSeq Control Software (HCS) le guía por los pasos... -
Página 14: Indicadores De Actividad Y Del Sensor
Guía del sistema HiSeq 2000 Icono de Nombre de estado Descripción estado Atención Información que puede requerir atención. Advertencia Las advertencias no detienen un experimento, pero pueden requerir una acción antes de continuar. Error Los errores normalmente detienen los experimentos y suelen requerir acciones antes de continuar con el experimento. -
Página 15: Descripción General De Los Consumibles De Secuenciación
Guía del sistema HiSeq 2000 Descripción general de los consumibles de secuenciación Para realizar un experimento en HiSeq 2000, se necesitan un kit de SBS y un kit de generación de grupos. Los kits de generación de grupos están disponibles en las versiones "paired-end" (PE) y de lectura individual (SR). -
Página 16: Capítulo 2 Primeros Pasos
Capítulo 2 Primeros pasos Inicio de HiSeq 2000 Personalización de la configuración del sistema Visualización y envío de datos del instrumento Consumibles proporcionados por el usuario Inicio de HiSeq 2000 Inicie el ordenador de control del instrumento. Espere a que el sistema se cargue y, a continuación, inicie sesión en el sistema operativo. De ser necesario, póngase en contacto con el administrador de las instalaciones para conocer el nombre de usuario y la contraseña. -
Página 17: Personalización De La Configuración Del Sistema
ID del experimento, las ubicaciones predeterminadas de las carpetas, la posibilidad de enviar información sobre el estado del instrumento a Illumina y la autenticación de LIMS. Para personalizar la vista de la interfaz, seleccione Menu | View (Menú | Vista). Puede elegir entre ver la interfaz en pantalla completa o en una ventana, o minimizarla. -
Página 18: Visualización Y Envío De Datos Del Instrumento
Illumina para ayudar al servicio de asistencia técnica): seleccione esta opción para activar el servicio de supervisión proactiva de Illumina. El nombre del ajuste en la interfaz de software puede diferir del nombre que figura en esta guía, dependiendo de la versión de HCS que se esté... - Página 19 Guía del sistema HiSeq 2000 Consumible Proveedor Finalidad Toallita de laboratorio sin pelusa VWR, n.º de catálogo 21905-026 Limpieza del soporte de la celda de flujo. Papel para lentes, 4 × 6 pulg. VWR, n.º de catálogo 52846-001 Limpieza de la celda de flujo. Puntas de pipeta, 200 µl Proveedor de laboratorio general División de los volúmenes de...
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Página 20: Capítulo 3 Secuenciación En El Modo Hiseq V4
Visite la página de especificaciones de HiSeq 2000 en el sitio web de Illumina para obtener información sobre la duración del experimento y otras especificaciones de rendimiento. -
Página 21: Flujo De Trabajo De Secuenciación De Hiseq V4
Guía del sistema HiSeq 2000 Flujo de trabajo de secuenciación de HiSeq v4 Prepare todos los reactivos para el experimento. Introduzca los parámetros del experimento. Cuando se le solicite, cargue todos los reactivos para el experimento: • Cargue los reactivos SBS para la Lectura 1 y la Lectura 2. •... -
Página 22: Preparación De Los Reactivos Sbs
Guía del sistema HiSeq 2000 Preparación de los reactivos SBS Los reactivos SBS se cargan en el instrumento al inicio del experimento. Para la preparación de reactivos, siga estas instrucciones para descongelar reactivos SBS. Descongelación de los reactivos SBS Extraiga los reactivos CRM, IRM y USM de su almacenamiento a una temperatura de entre –25 °C y – 15 °C. -
Página 23: Introducción De Parámetros Del Experimento
Manipule los reactivos utilizados como residuos químicos y deséchelos de conformidad con las normativas y leyes regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Descongelación de los reactivos "paired-end"... -
Página 24: Pantalla De Integración
Guía del sistema HiSeq 2000 Pantalla de integración La pantalla de integración permite conectar el experimento a BaseSpace Sequence Hub. En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Sequence | New Run (Secuenciar | Nuevo experimento) para abrir la pantalla de integración. [Opcional] Conéctese a BaseSpace Sequence Hub del modo siguiente. Seleccione BaseSpace. -
Página 25: Pantalla De Configuración Avanzada
Guía del sistema HiSeq 2000 Lea o introduzca el ID de celda de flujo (número de código de barras) de la celda de flujo que se ha de secuenciar. El ID de la celda de flujo determina el tipo de celda de flujo y la compatibilidad de los reactivos. Confirme que el tipo de la celda de flujo sea HiSeq Flow Cell v4. -
Página 26: Pantalla De Hoja De Muestras
Guía del sistema HiSeq 2000 Confirme los siguientes parámetros de química rellenados automáticamente: SBS: Kit HiSeq SBS v4 Index (Índice): HiSeq v4 Single Index (Un solo índice de HiSeq v4) o HiSeq v4 Dual Index (Doble índice de HiSeq v4) PE turnaround: HiSeq PE Cluster Kit v4 (Kit de generación de grupos PE de HiSeq v4) [Opcional] Seleccione la casilla de verificación Use Existing Recipe (Usar fórmula existente) para utilizar una fórmula personalizada. -
Página 27: Carga Y Cebado De Reactivos
Guía del sistema HiSeq 2000 Carga y cebado de reactivos Tras introducir los parámetros del experimento, cargue los reactivos SBS, de indexado y "paired-end" para el experimento y, a continuación, cebe los reactivos mediante el sistema de fluídica. El software le guía a través de estos pasos mediante una serie de pantallas en la ficha Pre-Run Setup (Configuración previa al experimento). -
Página 28: Carga De Reactivos De Indexado
Guía del sistema HiSeq 2000 10 Seleccione la casilla de verificación PW1 (25 ml) loaded (PW1 [25 ml] cargada). Carga de reactivos de indexado Asegúrese de que la gradilla "paired-end" no se esté utilizando en la celda de flujo adyacente para la resíntesis de la Lectura 2, la preparación de la lectura del índice 1 (i7) o la preparación de la lectura del índice 2 (i5). ... -
Página 29: Cebado De Reactivos
Guía del sistema HiSeq 2000 Carga de reactivos "paired-end" Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos "paired-end" según se indica a continuación: Tire del mango hacia usted y levántelo. b Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal. Asegúrese de que el mango se encuentra colocado de forma segura en la ranura. -
Página 30: Carga De Una Celda De Flujo Para El Cebado
Guía del sistema HiSeq 2000 Carga de una celda de flujo para el cebado Enjuague la celda de flujo para el cebado con agua de laboratorio. Séquela con una toallita para limpiar lentes o una toallita sin pelusa. Límpiela con toallitas con alcohol y con una toallita para limpiar lentes. Colóquela en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el código de barras en el lado derecho. -
Página 31: Colocación De Los Tubos E Inicio Del Cebado
Guía del sistema HiSeq 2000 Confirme los siguientes valores predeterminados: Volume (Volumen): 125 Aspirate Rate (Velocidad de aspiración): 250 Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2000 Seleccione Pump (Dispensar). Compruebe que no existen burbujas en los carriles de la celda de flujo ni fugas cerca de los distribuidores. -
Página 32: Carga De La Celda De Flujo De Secuenciación
Guía del sistema HiSeq 2000 Carga de la celda de flujo de secuenciación Cargar la celda de flujo para la secuenciación implica eliminar la celda de flujo para el cebado, limpiar el soporte de la celda de flujo, cargar la celda de flujo agrupada y confirmar el flujo adecuado. Retirada de la celda de flujo usada Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posición 1 para desacoplar los distribuidores. -
Página 33: Confirmación Del Flujo Adecuado
Guía del sistema HiSeq 2000 Proteja la celda de flujo del polvo hasta que vaya a cargarla en el instrumento. Carga de la celda de flujo de secuenciación Coloque la celda de flujo en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y salida hacia abajo y el código de barras en el lado derecho. -
Página 34: Supervisión Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Seleccione Pump (Dispensar). Inspeccione la celda de flujo para comprobar si hay burbujas en los carriles o fugas cerca de los distribuidores. Si detecta una presencia excesiva de burbujas, realice lo siguiente: Compruebe si las juntas del distribuidor están obstruidas. b Repita el proceso con la solución 6 para evitar agotar la posición 5. -
Página 35: Descarga De Reactivos
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Realización de un lavado con agua Es necesario efectuar un lavado con agua después de cada experimento de secuenciación para limpiar el sistema y comprobar el sistema de fluídica. - Página 36 Guía del sistema HiSeq 2000 Si el instrumento ha permanecido inactivo durante un día o más, realice un lavado con agua antes de empezar un nuevo experimento de secuenciación. En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Wash | Water (Lavado | Agua). Seleccione Yes (Sí) para lavar las posiciones de los reactivos "paired-end"...
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Página 37: Capítulo 4 Secuenciación En El Modo Truseq V3
Tras finalizar la Lectura 1 y cualquier lectura del índice, prepare y cargue los reactivos SBS y "paired-end" para la Lectura 2. Visite la página de especificaciones de HiSeq 2000 en el sitio web de Illumina para obtener información sobre la duración del experimento y otras especificaciones de rendimiento. -
Página 38: Flujo De Trabajo De La Secuenciación De Truseq V3
Guía del sistema HiSeq 2000 Tipo de experimento Ciclos de Ciclos de Ciclos de Ciclos de Ciclos Lectura 1 lectura de lectura de Lectura 2 totales Índice 1 (i7) Índice 2 (i5) "Paired-end", ≤ 101 7 + 8 ³ ≤ 101 ≤ 225 de doble índice ¹... -
Página 39: Preparación De Reactivos Para La Lectura 1
Guía del sistema HiSeq 2000 Continúe el experimento. El software ceba automáticamente los reactivos "paired-end" y realiza la resíntesis de la Lectura 2 y la Lectura 2. Cuando finalice el experimento, descargue los reactivos y realice un lavado del instrumento. Preparación de reactivos para la Lectura 1 Antes de configurar el experimento, prepare los reactivos para la Lectura 1 y cualquier lectura del índice. -
Página 40: Preparación De Icb Para Lectura 1 (No Indexada O Con Un Solo Índice)
Guía del sistema HiSeq 2000 También puede introducir el reactivo SRE en un baño de agua desionizada a temperatura ambiente hasta que se descongele durante aproximadamente 90 minutos. Descongele CMR en un baño de agua independiente. NOTA Cámbiese siempre de guantes después de manipular el reactivo CMR. Invierta los reactivos para mezclarlos. -
Página 41: Ejemplo De Cálculo
Guía del sistema HiSeq 2000 Mida los siguientes volúmenes de EDP, ICB y LFN para cada 10 ciclos de la secuenciación que vaya a realizar en la Lectura 1. Reactivo Volumen por 10 ciclos Almacenamiento 4,57 ml Entre 2 °C y 8 °C 0,6 ml Entre –25 °C y –15 °C 0,11 ml Entre –25 °C y –15 °C Transfiera el volumen de ICB medido a una botella de 250 ml vacía. -
Página 42: Preparación De Hp3 Para Experimentos Indexados
Guía del sistema HiSeq 2000 Descongelación de los reactivos de indexado Extraiga los reactivos siguientes, almacenados a una temperatura de entre −25 °C y −15 °C: Para todos los experimentos indexados: HP3, HP14 o HP8, y HT2 Para los experimentos de doble índice en una celda de flujo de lectura individual: HP9 Para los experimentos de doble índice en una celda de flujo "paired-end": RMR Descongele los reactivos en un vaso de precipitados lleno de agua desionizada a temperatura ambiente durante aproximadamente 20 minutos. -
Página 43: Introducción De Parámetros Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Introducción de parámetros del experimento Configure el experimento introduciendo los parámetros en las pantallas de la ficha Run Configuration (Configuración del experimento). El software le guía por las sucesivas pantallas para que especifique la conectividad de BaseSpace Sequence Hub, introduzca los ID de los consumibles, seleccione las opciones de indexado y registre otros parámetros. - Página 44 Guía del sistema HiSeq 2000 Seleccione Next (Siguiente). Pantalla de configuración de la celda de flujo La pantalla Flow Cell Setup (Configuración de la celda de flujo) registra información acerca de la celda de flujo utilizada en el experimento. Lea o introduzca el ID de celda de flujo (número de código de barras) de la celda de flujo que se ha de secuenciar.
- Página 45 Guía del sistema HiSeq 2000 Si se especifica la opción Dual Index (Doble índice) o Custom (Personalizado), seleccione un formato de celda de flujo: bien Single Read (Lectura individual) o bien Paired End. Introduzca el número de ciclos para la Lectura 1 y la Lectura 2, según sea necesario. El número de ciclos realizados en una lectura es de un ciclo más que el número de ciclos analizados.
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Página 46: Carga Y Cebado De Reactivos
Guía del sistema HiSeq 2000 NOTA En el caso de los kits parciales, el software cuenta el número de ciclos introducidos. Cuando los ciclos están en un nivel bajo, el software le solicita que cargue reactivos nuevos. Seleccione Prime SBS Reagents (Cebar reactivos SBS) para cebar los reactivos. Seleccione Next (Siguiente). - Página 47 Guía del sistema HiSeq 2000 Deslice la gradilla de reactivos para introducirla en el compartimento. Alinee la gradilla con la guía elevada del suelo del compartimento. Baje los dispensadores e introdúzcalos en las botellas de reactivos SBS como se indica a continuación: Tire del mango del dispensador hacia usted y bájelo.
- Página 48 Guía del sistema HiSeq 2000 Deslice la gradilla de reactivos para introducirla en el compartimento. Alinee la gradilla con la guía elevada del suelo del compartimento. Baje los dispensadores e introdúzcalos en los tubos de reactivos "paired-end" del siguiente modo:. Tire del mango hacia usted y bájelo. b Compruebe los dispensadores para asegurarse de que no se doblan cuando se bajan para introducirlos en los tubos.
- Página 49 Guía del sistema HiSeq 2000 Lentamente, mueva la palanca de la celda de flujo a la posición 1 para activar el vacío y fijar la celda de flujo. Cuando la palanca de la celda de flujo parpadee en color verde, el vacío está activado. Si la palanca no es verde, consulte Posibles problemas de configuración de experimentos en la página Espere unos cinco segundos y, a continuación, mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la...
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Página 50: Carga De La Celda De Flujo De Secuenciación
Guía del sistema HiSeq 2000 Colocación de los tubos e inicio del cebado Extraiga los ocho tubos de residuos correspondientes a la celda de flujo adecuada del contenedor de residuos. Figura 13 Colocación de los tubos A Tubos de residuos de la celda de flujo para las posiciones de los reactivos 1-8 B Tubos de la bomba de condensación C Tubos de la bomba de cebado "paired-end"... - Página 51 Guía del sistema HiSeq 2000 Limpie la superficie del soporte de la celda de flujo con una toallita sin pelusa humedecida con agua de laboratorio para eliminar las sales. Limpie la superficie del soporte de la celda de flujo con una toallita humedecida con alcohol o con una toallita sin pelusa humedecida con etanol o isopropanol.
- Página 52 Guía del sistema HiSeq 2000 Figura 15 Celda de flujo encastrada entre los pasadores guía superiores y de la parte derecha A Pasador guía superior B Pasadores guía derechos Retire la mano de la celda de flujo para evitar que se desalinee posteriormente. Lentamente, mueva la palanca de la celda de flujo a la posición 1 para activar el vacío y fijar la celda de flujo.
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Página 53: Supervisión Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Seleccione Next (Siguiente). Asegúrese de que la palanca de la celda de flujo muestra el color verde y, a continuación, cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo. Compruebe que las casillas de verificación Vacuum Engaged (Vacío activado) y Door Closed (Puerta cerrada) estén seleccionadas y, a continuación, seleccione Next (Siguiente). -
Página 54: Preparación De Reactivos Para La Lectura 2
Guía del sistema HiSeq 2000 Visualización de los criterios de medición Cuando los criterios de medición estén disponibles, el visor del análisis de secuenciación (SAV) se abrirá automáticamente y los mostrará. Los datos aparecen en forma de diagramas, gráficos y tablas. Si desea obtener más información, consulte la Guía del usuario del visor del análisis de secuenciación (n.º... -
Página 55: Preparación De Icb Para Lectura 2 (No Indexada O Con Un Solo Índice)
Guía del sistema HiSeq 2000 Déjelo reposar a temperatura ambiente. Preparación de RMR Invierta para mezclar. Centrifugue a 1000 r/min durante 1 minuto. No lo agite en un mezclador vorticial. Déjela reposar en hielo. Preparación de ICB para Lectura 2 (no indexada o con un solo índice) Extraiga dos tubos de LFN de su almacenamiento a una temperatura de entre −25 °C y −15 °C, y descongélelos en un vaso de precipitados lleno de agua desionizada a temperatura ambiente durante aproximadamente 20 minutos. -
Página 56: Carga De Icb Para La Lectura
Guía del sistema HiSeq 2000 Carga de reactivos "paired-end" Asegúrese de que la gradilla "paired-end" no se esté utilizando en la celda de flujo opuesta para la resíntesis de la Lectura 2, la preparación de la lectura del índice 1 (i7) o la preparación de la lectura del índice 2 (i5). ... -
Página 57: Descarga De Reactivos
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Realización de un lavado con agua Es necesario efectuar un lavado con agua después de cada experimento de secuenciación para limpiar el sistema y comprobar el sistema de fluídica. - Página 58 Guía del sistema HiSeq 2000 Seleccione Yes (Sí) para lavar las posiciones de los reactivos "paired-end" y, a continuación, seleccione Next (Siguiente). Cargue el instrumento con agua de laboratorio de la siguiente forma: Llene ocho botellas SBS con 250 ml de agua de laboratorio. b Llene 10 tubos de PE con 12 ml de agua de laboratorio.
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Página 59: Capítulo 5 Mantenimiento
Mantenimiento preventivo Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable. -
Página 60: Tween 20 Y Proclin 300
Guía del sistema HiSeq 2000 Estos volúmenes dan lugar a una solución que se compone de Tween 20 al 2,5 % y de ProClin 300 al 0,15 % aproximadamente. Mezcle bien en una placa de agitación. Añada 4 litros de agua de laboratorio. Estos volúmenes dan lugar a una solución que se compone de Tween 20 al 0,5 % y de ProClin 300 al 0,03 % aproximadamente. - Página 61 Guía del sistema HiSeq 2000 Figura 17 Retirada de las juntas usadas de los distribuidores 12 Coloque una junta nueva de 8 puertos en cada ranura de los extremos delantero y trasero del soporte de la celda de flujo. Presione ligeramente hasta que se coloque. 13 Cargue de nuevo la celda de flujo que retiró...
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Página 62: Inactividad Del Instrumento
Guía del sistema HiSeq 2000 Inactividad del instrumento Siga estas instrucciones con el objetivo de preparar el instrumento para que permanezca inactivo durante un máximo de 10 días. Para los plazos de tiempo superiores a 10 días, es mejor que apague el instrumento. Realice un lavado de mantenimiento para lavar el sistema. -
Página 63: Apéndice A Solución De Problemas
Apéndice A Solución de problemas Posibles problemas de configuración de experimentos Realización de una comprobación de fluídica BaseSpace no está disponible Detención y reanudación de un experimento Pausa de un experimento Escalonamiento de experimentos en la celda de flujo A y la celda de flujo B División de kits SBS Rehibridación del cebador Posibles problemas de configuración de experimentos... -
Página 64: Basespace No Está Disponible
Si BaseSpace no está disponible, abra Servicios de Windows para confirmar que BaseSpace Broker se haya iniciado. Si no se ha iniciado, reinícielo. Si los servicios se están ejecutando y BaseSpace aún no está disponible, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Detención y reanudación de un experimento Puede que sea necesario detener un experimento si no se configuró... -
Página 65: Detención De Un Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Opción de detención Opción de análisis ¿Se puede reanudar? en tiempo real (RTA) Normal Stop Keep As Is (Dejar tal Yes (Sí). El experimento se reanuda con el siguiente comando de (End of Lane\Chemistry) cual) adquisición de imágenes o de la siguiente química. (Detención normal [Final Complete For Run No. -
Página 66: Reanudación De Un Experimento Detenido
Guía del sistema HiSeq 2000 Complete For Read (Completo para lectura): El RTA se detiene. La información del experimento, los parámetros del experimento y los archivos de la fórmula se actualizan para recortar la longitud de la lectura actual hasta el último ciclo completado. Esto no afectará a las lecturas posteriores. A continuación, RTA se reinicia para finalizar el análisis de la lectura actual. -
Página 67: Pausa De Un Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Dado que el experimento en este ejemplo se detuvo durante un paso de adquisición de imágenes, Imaging (no chemistry) (Imágenes [sin química]) se selecciona automáticamente. Pausa de un experimento Si es necesario, puede poner en pausa un experimento para comprobar sus componentes, como los volúmenes de reactivos. -
Página 68: División De Kits Sbs
Guía del sistema HiSeq 2000 Tras cargar la celda de flujo de secuenciación para el experimento nuevo, cierre la puerta del compartimento. Seleccione Start (Iniciar) para comenzar el nuevo experimento de secuenciación. División de kits SBS Para realizar un experimento "paired-end" de menos de 125 ciclos por lectura, divida un kit HiSeq v4 de 250 ciclos en dos conjuntos de reactivos. -
Página 69: Preparación De Icb
Guía del sistema HiSeq 2000 Etiquete siete botellas de 250 ml con el número de posición y el nombre del reactivo de la siguiente forma: N.º 1 ICB N.º 3 SRE N.º 4 SB1 N.º 5 SB2 N.º 6 SB2 N.º 7 CMR N.º... -
Página 70: Celda De Flujo De Truseq V3
Guía del sistema HiSeq 2000 HiSeq Flow Cell v4 Todos los pasos de la rehibridación se realizan en HiSeq 2000. El kit incluye cebadores para Lectura 1, Lectura de índice 1, Lectura de índice 2 para celdas de flujo de lectura individual y Lectura 2. Nombre del kit de rehibridación Instrucciones sobre el flujo de trabajo Guía de rehibridación de cebadores de rendimiento elevado Kit de rehibridación de varios cebadores HiSeq v4... -
Página 71: Apéndice B Análisis En Tiempo Real
Apéndice B Análisis en tiempo real Descripción general de Análisis en tiempo real Flujo de trabajo de análisis en tiempo real Supervisión de métricas de experimento Descripción general de Análisis en tiempo real El análisis en tiempo real (RTA) se ejecuta en el ordenador del instrumento, en el que realiza la llamada de bases y asigna una puntuación de calidad a cada llamada de bases. -
Página 72: Gestión De Errores
Guía del sistema HiSeq 2000 Los archivos de resultados principales se utilizan para los análisis de datos posteriores. Utilice bcl2fastq para la demultiplexación y la conversión de los archivos .bcl en archivos FASTQ, que se pueden utilizar como entrada para la alineación. Para convertir datos procedentes del sistema HiSeq, utilice el software bcl2fastq 1.8.4 o una versión posterior. -
Página 73: Generación De Plantillas
Guía del sistema HiSeq 2000 Generación de plantillas La generación de plantillas localiza y determina la posición de cada grupo en una placa mediante coordenadas X e Y. La plantilla se utiliza como referencia en el paso siguiente de registro y extracción de intensidad. -
Página 74: Llamada De Bases
Guía del sistema HiSeq 2000 La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa. La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza. Figura 20 Hebra retrasada y hebra adelantada A Lectura con una base con hebra retrasada B Lectura con una base con hebra adelantada RTA corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada mediante el uso del algoritmo de corrección empírica de hebras, que maximiza la calidad de los datos en cada ciclo durante el experimento. -
Página 75: Agrupación De Puntuaciones Q
Guía del sistema HiSeq 2000 Puntuación Q, Q(X) Probabilidad de error 0,0001 (1 entre 10 000) 0,001 (1 entre 1000) 0,01 (1 entre 100) 0,1 (1 entre 10) NOTA La puntuación de calidad se basa en una versión modificada del algoritmo Phred. Para la puntuación de calidad, se calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases y, a continuación, se utilizan los valores de los predictores para determinar la puntuación Q en la tabla de calidad. -
Página 76: Supervisión De Métricas De Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Supervisión de métricas de experimento RTA genera automáticamente criterios de medición de calidad cuando comienza el análisis de imágenes. Sin embargo, no todos los criterios de medición están disponibles en los primeros ciclos porque algunos procesos necesitan varios ciclos para poder generar datos. Datos Ciclo Análisis de imágenes... -
Página 77: Apéndice C Archivos Y Carpetas De Resultados
Apéndice C Archivos y carpetas de resultados Archivos de resultados de secuenciación Estructura de las carpetas de resultados Numeración de placas Imágenes en miniatura Archivos de resultados de secuenciación Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos de llamadas de Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases, que contiene la llamada bases de bases y la puntuación de calidad codificada. -
Página 78: Estructura De Las Carpetas De Resultados
Guía del sistema HiSeq 2000 Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivo de información Indica el nombre del experimento, el número de ciclos de cada lectura, si es una lectura del experimento indexada y el número de sectores y placas de la celda de flujo. El archivo de información del experimento se crea al inicio del experimento. -
Página 79: Nombre Y Ruta De La Carpeta Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 2000 Nombre y ruta de la carpeta del experimento La carpeta del experimento es la carpeta raíz para los resultados de un experimento de secuenciación. Durante la configuración del experimento, el software le solicita que introduzca la ruta de la carpeta del experimento. -
Página 80: Imágenes En Miniatura
Guía del sistema HiSeq 2000 Imágenes en miniatura Puede configurar el software de control para generar imágenes en miniatura en formato de archivo *.jpg. Las imágenes en miniatura se generan para cada ciclo y base. El software de control recoge imágenes de nueve secciones de una placa. Estas nueve imágenes se combinan en una imagen en miniatura y se pueden utilizar para solucionar problemas de un experimento. -
Página 81: Índice Alfabético
Índice alfabético % PF 66 BaseSpace conexión de un experimento 16, 35 solución de problemas 56 BaseSpace Sequence Hub ajustes hojas de muestras 18, 37 reanudación de un experimento 58 BaseSpace® Sequence Hub alertas integración 1 descripciones 5 bcl2fastq, versión 64 resolución 6 bibliotecas de Nextera, cebadores 7, 46 algoritmo Phred 66... - Página 82 18, 37 envío a Illumina 10 HP7 frente a HP11 46 por ciclo 68 HP8 frente a HP14 33 servicio proactivo de Illumina 10 HP9 frente a HP14 14 denominación HP9 frente a RMR 33 placas 71 detención normal frente a detención...
- Página 83 10 juntas, solucionar problemas 55 kits de reactivos 7 kits de rehibridación de Illumina 61 kits de reactivos, números de catálogo 7 opciones de detención 56 opciones de pausa 59 opciones de reanudación 56...
- Página 84 53 versión 64 volúmenes, división de kits de SBS 60-61 sectores 16, 35, 71 sensores 6 Servicio de supervisión proactiva de Illumina 10 sistema de fluídica 4 acceso 3 mantenimiento 51 solucionar problemas 55 sistema de vacío 4...
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Página 85: Asistencia Técnica
Hojas de datos de seguridad (SDS): Disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: Disponible para su descarga en formato PDF en el sitio web de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación, seleccione Documentation & Literature (Documentación y bibliografía). - Página 86 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2018 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.