Manuales relacionados para Illumina cBot
Resumen de contenidos para Illumina cBot
- Página 1 Guía del sistema N.º de documento 15006165 v05 ESP PROPIEDAD DE ILLUMINA Mayo de 2020 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
- Página 2 Guía del sistema cBot Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.
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Página 3: Historial De Revisiones
Se han actualizado las instrucciones para descargar los componentes del experimento para incluir las opciones de almacenamiento de celdas de flujo. Se ha añadido la Guía de configuración del sistema cBot (n.º de documento 1000000005301) en la lista de Recursos adicionales. N.º de documento Agosto de Se han actualizado las descripciones del software de cBot v3.0, que es... - Página 4 Se ha eliminado el Apéndice A, que detalla los procedimientos de configuración. Consulte los procedimientos de configuración en la Guía de preparación del centro para el sistema cBot (n.º de documento 15053710). Se ha corregido la duración de la generación de grupos de HiSeq v4 y de flujo de HiSeq X de aproximadamente 2,5 horas a aproximadamente 3 horas.
- Página 5 Fecha Descripción del cambio N.º de referencia Abril de Se ha actualizado al software de cBot v2.0, que permite el uso de los 15006165, rev. l 2014 kits HiSeq v4 y HiSeq X. Se ha añadido información acerca del uso de las celdas de flujo de HiSeq v4 y de HiSeq X.
- Página 6 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de referencia Octubre de Se han actualizado las descripciones del software de cBot v1.3. Se ha añadido la siguiente información: 15006165, rev. D 2010 • Densidades de agrupación recomendadas en función de la versión del software de análisis...
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Página 7: Tabla De Contenido
Capítulo 1 Descripción general Introducción Recursos adicionales Componentes de cBot Consumibles de Illumina Placas de reactivos de cBot Capítulo 2 Primeros pasos Encendido de cBot Compatibilidad de la versión de los componentes del experimento Consumibles que debe proporcionar el usuario Capítulo 3 Preparación de reactivos... -
Página 8: Capítulo 1 Descripción General
Figura 1 cBot Hay disponibles varios kits de generación de grupos para su uso en cBot. Utilice un kit que sea compatible con el instrumento de secuenciación y el tipo de experimento de secuenciación que desee realizar. -
Página 9: Recursos Adicionales
Este paso se aplica a la mayoría de los tipos de bibliotecas y celdas de flujo. documento 15050107) Visite la página de asistencia de cBot del sitio web de Illumina para acceder a la documentación, las descargas de software, la formación en línea y las preguntas frecuentes. - Página 10 Placas adaptadoras de celdas de flujo cBot lleva a cabo la generación de grupos en las celdas de flujo de HiSeq. Al cambiar entre tipos de celdas de flujo, cambie la placa adaptadora de la platina de la celda de flujo. Para obtener más información, consulte Cambio de la placa adaptadora en la página...
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Página 11: Platina De Reactivos
Platina de reactivos La platina de reactivos contiene la placa de reactivos de cBot. La placa de reactivos está bloqueada en su posición con la palanca de la placa de reactivos. Dos portagradillas de ocho tubos situados delante de la placa de reactivos contienen cebadores adicionales y las cadenas molde de la biblioteca preparada. -
Página 12: Configuración
(n.º de documento 1000000005301). Consumibles de Illumina Los reactivos de cBot se suministran en una placa de reactivos que se carga directamente en el instrumento tras la descongelación. Se suministran placas de reactivos de cBot en los siguientes kits de Illumina. Hay disponibles descripciones del contenido de los kits y más documentación sobre estos en la página de... -
Página 13: Kits De Rehibridación
Cada kit contiene varias celdas de flujo de HiSeq X, distribuidores específicos según la celda de flujo y los reactivos necesarios para agrupar cada celda de flujo en cBot. Los kits de paquete de una sola unidad contienen consumibles para la generación de grupos de dos celdas de flujo y los kits de paquetes de 10 unidades contienen consumibles para la generación de grupos de 20 celdas de flujo. -
Página 14: Placas De Reactivos De Cbot
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box, “paired-end” N.º de catálogo PE-121-1003 Los demás kits de cBot incluyen HP10, que es compatible con las bibliotecas de TruSeq y de Nextera. Placas de reactivos de cBot La configuración de la placa de reactivos difiere de un tipo de kit a otro, al igual que ocurre con el número de filas que contienen reactivos. - Página 15 Deseche los contenedores y el contenido no utilizado de conformidad con las normativas de seguridad oficiales de su zona. Si desea obtener más información, consulte la hoja de datos de seguridad de este kit en support.illumina.com/sds.html. N.º de documento 15006165 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación.
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Página 16: Capítulo 2 Primeros Pasos
Versión de kit Versión de fórmula Versión del software HiSeq 3000/4000 Cluster Kit Fórmulas de la versión 1.0 cBot v3.0.46 o posterior (kit SR) cBot v2.0.34 o posterior (kit PE) HiSeq X Ten Reagent Kit v2.5 Fórmulas de la versión 2.0 cBot v2.0.29 o posterior HiSeq X Five Reagent Kit v2.5 Fórmulas de la versión 2.0... -
Página 17: Fórmulas Y Tipos De Celdas De Flujo De Cbot
Los kits HiSeq X y HiSeq 3000/4000 tienen un paso de desnaturalización antes de la generación de grupos en el sistema cBot. Con estos kits, las bibliotecas se desnaturalizan en la gradilla de ocho tubos antes de añadir la mezcla de reacción de ExAmp. -
Página 18: Capítulo 3 Preparación De Reactivos
HiSeq X, HiSeq 3000/4000, el modo de rendimiento elevado de HiSeq y el modo rápido de HiSeq. Tras su preparación, los reactivos de generación de grupos están listos para cargarse en el sistema cBot cuando el software lo solicite. -
Página 19: Preparación De La Celda De Flujo
Guía del sistema cBot Preparación de la celda de flujo Extraiga un nuevo embalaje de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C. Deje a un lado el paquete de la celda de flujo a temperatura ambiente durante al menos 30 minutos. -
Página 20: Descongelación De La Placa De Reactivos De Cbot
Déjela reposar a temperatura ambiente. Descongelación de la placa de reactivos de cBot Extraiga la placa de reactivos de cBot de su almacenamiento a una temperatura de entre –25 °C y –15 °C. Introdúzcala en un baño con agua a temperatura ambiente (de 19 °C a 25 °C) hasta que se descongele durante un mínimo de 60 minutos. -
Página 21: Desnaturalización De Bibliotecas Y Adición De Control Phix Opcional
Bibliotecas de ADN TruSeq PCR-Free: diluir a 1-2 nM en RSB. [Opcional] Añadir control PhiX no desnaturalizado de Illumina al 1 % a las bibliotecas no desnaturalizadas: Bibliotecas de ADN TruSeq Nano: añadir 0,5 µl de PhiX de 2-3 nM a 50 µl de biblioteca de 2-3 nM. -
Página 22: Celda De Flujo De Hiseq 3000/4000
Prepare la celda de flujo de tramas HiSeq 3000/4000 y, a continuación, prepare los reactivos de generación de grupos. Para preparar los reactivos de generación de grupos, descongele la placa de reactivos cBot y prepare la mezcla maestra de reacción de ExAmp. - Página 23 Guía del sistema cBot Preparación de la celda de flujo Extraiga un nuevo embalaje de celda de flujo de su almacenamiento a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C. Deje a un lado el paquete de la celda de flujo a temperatura ambiente durante al menos 30 minutos.
- Página 24 Déjela reposar a temperatura ambiente. Descongelación de la placa de reactivos de cBot Extraiga la placa de reactivos de cBot de su almacenamiento a una temperatura de entre –25 °C y –15 °C. Introdúzcala en un baño con agua a temperatura ambiente (de 19 °C a 25 °C) hasta que se descongele durante un mínimo de 60 minutos.
- Página 25 Nextera ARN total monocatenario TruSeq ARNm monocatenario TruSeq [Opcional] Añada control PhiX no desnaturalizado de Illumina al 1 % a las bibliotecas no desnaturalizadas: Tipo de biblioteca Adición TruSeq DNA PCR-Free Añadir 5 µl de PhiX de 100-200 pM a 45 µl de biblioteca de 1-2 nM.
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Página 26: Celda De Flujo De Rendimiento Elevado De Hiseq
Otra opción es descongelar los reactivos a entre 2 °C y 8 °C durante toda la noche, sin superar las 16 horas. NOTA Al agitar o invertir la placa de reactivos de cBot, ponga la mano sobre la superficie de la placa. Descongelación de la placa de reactivos de cBot Extraiga la placa de reactivos de cBot de su almacenamiento a una temperatura de entre –25 °C y... -
Página 27: Celda De Flujo Rápido De Hiseq
16 horas. NOTA Al agitar o invertir la placa de reactivos de cBot, ponga la mano sobre la superficie de la placa. Descongelación de la placa de reactivos de cBot Extraiga la placa de reactivos de cBot de su almacenamiento a una temperatura de entre –25 °C y –15 °C. -
Página 28: Capítulo 4 Generación De Grupos
Todos los pasos de generación de grupos se realizan en cBot, a excepción de la preparación de bibliotecas para la secuenciación y la preparación de la placa de reactivos de cBot. Los pasos de la generación de grupos para una celda de flujo rápida se componen únicamente de la hibridación de la cadena molde y de la primera extensión. -
Página 29: Realización De Un Lavado Previo Al Experimento
Lleve a cabo un lavado posterior al experimento. Realización de un lavado previo al experimento Se recomienda realizar un lavado antes de la generación de grupos en cBot. Seleccione User Name (Nombre de usuario). Con el teclado en pantalla, escriba su nombre y, a continuación, seleccione Enter (Intro). -
Página 30: Selección De Un Protocolo
Carga de consumibles El software le guía a través de los pasos necesarios para cargar la placa de reactivos de cBot, la celda de flujo, el distribuidor de cBot y la gradilla de ocho tubos que contiene las bibliotecas preparadas. En función del protocolo de generación de grupos seleccionado, el software le solicita que cargue una gradilla de ocho... -
Página 31: Carga De La Celda De Flujo
Guía del sistema cBot Figura 12 Colocación de la placa de reactivos Suelte la palanca para fijar la placa de reactivos. Seleccione la casilla de verificación para indicar que ha cargado la placa de reactivos y, a continuación, seleccione Next (Siguiente). - Página 32 Guía del sistema cBot Seleccione la casilla de verificación Manifold seated over flow cell (Distribuidor colocado sobre celda de flujo). Cierre la abrazadera de la celda de flujo para ajustar el distribuidor. Figura 13 Cierre de la abrazadera de la celda de flujo Seleccione la casilla de verificación Flow cell clamp closed (Abrazadera de celda de flujo cerrada).
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Página 33: Carga De Cadenas Molde
Si utiliza cebadores adicionales, continúe con la sección Carga de cebadores. En caso contrario, cierre la tapa de cBot y seleccione Next (Siguiente) para pasar a la sección Realización de una comprobación previa al experimento en la página Carga de cebadores La pantalla Load Primers (Carga de cebadores) aparece para los flujos de trabajo que permiten utilizar cebadores personalizados o requieren cebadores adicionales. -
Página 34: Realización De Una Comprobación Previa Al Experimento
Guía del sistema cBot Cargue la gradilla de ocho tubos que contiene los cebadores en la fila de cebadores. Asegúrese de que el orden de los tubos numerados se corresponde con la orientación de los carriles de la celda de flujo. -
Página 35: Informe De Datos Del Experimento
Guía del sistema cBot Los pasos del protocolo de generación de grupos con la barra de estado de cada paso. El reactivo en uso en ese momento. La temperatura en ese momento (°C). El estado del comando en el paso en el que se encuentre. -
Página 36: Descarga De Componentes Del Experimento
Guía del sistema cBot Descarga de componentes del experimento Una vez completado el experimento, seleccione Unload (Descargar) para continuar. Figura 17 Experimento completado, descarga de componentes Levante la tapa del instrumento. Abra la abrazadera de salida que fija el extremo de salida del distribuidor. -
Página 37: Realización De Un Lavado Posterior Al Experimento
Seleccione la casilla de verificación para indicar que el depósito de lavado está seco y, a continuación, seleccione Exit (Salir). La pantalla de inicio se abre y el sistema cBot está listo para otro experimento. Confirmación de la administración de reactivos (Opcional) Puede confirmar la administración de reactivos individuales desde la placa de reactivos de HiSeq de alto... - Página 38 Si los cierres metálicos de los tubos de reactivos están perforados pero la administración de reactivos no se ha realizado correctamente, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Compruebe la gradilla de ocho tubos que contiene las cadenas molde de la biblioteca.
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Página 39: Capítulo 5 Mantenimiento
Illumina. Mantenimiento preventivo Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable. -
Página 40: Realización Del Lavado De Mantenimiento Mensual
Realización del lavado de mantenimiento mensual Realice un lavado de mantenimiento mensual con DECON al 5 % para eliminar los restos de reactivos de los componentes internos de cBot y evitar la proliferación microbiana. Si no hay DECON disponible, sustitúyalo por NaOH 100 mM. -
Página 41: Cambio De La Placa Adaptadora
Cambio de la placa adaptadora Puede usar una HiSeq Flow Cell en cBot. Cada tipo de celda de flujo requiere que haya instalada una placa adaptadora específica. Los iconos de la pantalla de inicio indican la placa adaptadora que está instalada. -
Página 42: Actualización Del Software
Séquela con una toallita limpia. Actualización del software Con el software cBot v1.3, o posterior, puede actualizar el software del instrumento mediante una unidad flash USB. Introduzca la unidad flash USB que contiene el instalador de la nueva versión del software (por ejemplo, cBotSetupX86_1.3.1.0.exe) en uno de los puertos USB de la parte delantera del instrumento. - Página 43 The software installer version is greater than the version Seleccione OK (Aceptar) para continuar con la currently installed on the cBot (La versión del instalador de instalación de la versión más reciente. software es posterior a la versión instalada actualmente en cBot).
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Página 44: Actualización De Fórmulas
Utilice el teclado que aparece en pantalla para introducir la contraseña predeterminada, admin, y, a continuación, seleccione Enter (Intro). Seleccione Menu (Menú) y, a continuación, Upgrade Recipes (Actualizar fórmulas). Una vez completada la actualización, el sistema cBot se reinicia automáticamente. El proceso de reinicio tarda unos 10 minutos. PRECAUCIÓN La unidad USB debe permanecer en la ranura USB durante el proceso de actualización. -
Página 45: Apagado Del Cbot
Guía del sistema cBot Apagado del cBot El cBot se ha diseñado para funcionar desde el estado inactivo desde la pantalla de inicio, por lo que no es necesario apagarlo entre experimentos. Seleccione Menu (Menú) en la esquina superior izquierda de la pantalla y, a continuación, seleccione Configure (Configurar). -
Página 46: Reinicio En Modo Fse
Guía del sistema cBot Reinicio en modo FSE Los científicos de aplicación de campo o los ingenieros de servicio de campo cualificados de Illumina utilizan la opción de reinicio en modo FSE para actualizar el software o realizar el mantenimiento del instrumento. -
Página 47: Apéndice A Solución De Problemas
Apéndice A Solución de problemas Pausa o cancelación de un experimento Solución de problemas de fallo de comprobación del flujo Solución de problemas de experimentos Reinicio del lector de códigos de barras Edición de protocolos Pausa o cancelación de un experimento Utilice los comandos de la pantalla Run Status (Estado del experimento) para pausar o cancelar un experimento. - Página 48 Guía del sistema cBot Si fallan los ocho carriles, es probable que el distribuidor esté defectuoso. Sustitúyalo por uno nuevo. Si han fallado distintos carriles, probablemente no sea problema del distribuidor. Compruebe los volúmenes de HT1 de la fila 1 para asegurarse de que los tubos contienen los mismos volúmenes.
- Página 49 Guía del sistema cBot Diagrama de flujo para la solución de problemas El siguiente diagrama de flujo ilustra el procedimiento para la solución de problemas. En los pasos para repetir la comprobación del flujo se incluye un número que indica cuántos intentos de los permitidos se han realizado hasta dicho momento del procedimiento.
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Página 50: Solución De Problemas De Experimentos
Reinicio del lector de códigos de barras El lector de códigos de barras ya está listo para usar cuando reciba usted el sistema cBot. Si el lector de códigos de barras se reinicia con una configuración incorrecta, siga estas instrucciones para restablecer la configuración predeterminada. -
Página 51: Edición De Protocolos
Seleccione New Chemistry Definition (Nueva definición de química) o New Protocol Step (Nuevo paso del protocolo): crea una definición o un paso y lo guarda en la biblioteca cBot. N.º de documento 15006165 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 52: Iconos Del Editor De Protocolos
Guía del sistema cBot Utilice la flecha de dirección hacia abajo situada a la izquierda del paso para ampliar los comandos del paso. Utilice la flecha de dirección hacia arriba para contraer los comandos. Para editar un paso de una definición de química, selecciónelo. -
Página 53: Índice Alfabético
Índice alfabético comprobación previa al experimento errores 27 5 % de DECON 33 realización 27 configuración 4-5 consumibles compatibilidad de versión 9 descarga 29 adaptadoras, placas 34 suministrados por el usuario 10 administración de reactivos, incorrecta 31 almacenamiento de celdas de flujo 24, 28-29 apagado 38 asistencia al cliente 49 ayuda... - Página 54 Guía del sistema cBot lista 10 NaOH 33 número de referencia del refrigerante 43 gradillas de tubos retirada 30 pantalla de estado del experimento 27 pasos de generación de grupos 27 HP10, preparación 19 PhiX % de adición 14, 17 adición 14, 17...
- Página 55 Guía del sistema cBot preparación, 4 celdas de flujo 15 preparación, una celda de flujo 14 reactivos, preparación celda de flujo HiSeq X 11 generación de grupos 11 HiSeq 3000/4000 15 mejores prácticas 11 modo rápido 20 modo rendimiento elevado 19 reanudación de un experimento 40...
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Página 56: Asistencia Técnica
0 080 665 17 52 Otros países +44 1799534000 Hojas de datos de seguridad (SDS): disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: disponible para su descarga de support.illumina.com. N.º de documento 15006165 v05 ESP Para uso exclusivo en investigación. - Página 57 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2020 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.