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Illumina MiSeq Guía De Usuario

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Guía de usuario
del sistema MiSeq
®
PARA USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACIÓN
PROPIEDAD DE ILLUMINA
N.º referencia 15027617 Rev. O ESP
N.º de catálogo SY-410-9001DOC
Septiembre de 2014
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Manuales relacionados para Illumina MiSeq

Resumen de contenidos para Illumina MiSeq

  • Página 1 Guía de usuario del sistema MiSeq ® PARA USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACIÓN PROPIEDAD DE ILLUMINA N.º referencia 15027617 Rev. O ESP N.º de catálogo SY-410-9001DOC Septiembre de 2014...
  • Página 2 En un documento aparte, se le otorga la licencia del Software en virtud de los términos y condiciones del Acuerdo de licencia del software de secuenciación de Illumina. Si no acepta dichos términos y condiciones, Illumina no le otorgará la licencia del Software y no deberá utilizarlo ni instalarlo.
  • Página 3 Illumina o de un distribuidor autorizado de Illumina. "Software" hace referencia al software de marca Illumina (por ejemplo, el software que se ejecuta en el hardware o el software de análisis de datos). Todo el software se concede mediante licencia y no se vende, al tiempo que puede estar sujeto a términos adicionales que figuren en el acuerdo de licencia del usuario final del software.
  • Página 4 Usos no autorizados. El comprador acepta: (a) utilizar cada consumible solo una vez, y (b) utilizar solo consumibles o reactivos de Illumina con el hardware de Illumina. Las limitaciones (a) y (b) no se aplican si la documentación o las especificaciones de este producto disponen lo contrario.
  • Página 5 Illumina o (ii) la fecha de caducidad o el final de su vida útil impresa previamente en dicho consumible por parte de Illumina; en ningún caso será superior a un período de 12 meses a partir de la fecha de envío. En relación con los consumibles personalizados (es decir, consumibles fabricados de acuerdo con las especificaciones o los diseños...
  • Página 6 (incluidos los honorarios razonables de los abogados) que se le imputen al comprador en relación con dicha reclamación de infracción. Si este producto, o alguna de sus partes, pasa a ser, o según la opinión de Illumina puede ser, el objeto de una reclamación por infracción, Illumina tendrá derecho, según su propio criterio, a (A) conceder al comprador el derecho a continuar utilizando este producto, (B) modificar o sustituir este producto con una sustitución no infractora sustancialmente equivalente, o bien (C) solicitar la devolución de este producto y anular los...
  • Página 7 Mediante una solicitud por escrito, Illumina intentará transferir dicha indemnización, si la hubiera, al comprador.
  • Página 8 viii N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 9: Historial De Revisiones

    Se actualizó la información de las métricas de los experimentos en cuanto a densidad y generación de grupos. Se eliminó información sobre el software antivirus. Consulte la Guía de preparación en el centro del sistema MiSeq. Actualización conforme a un cambio introducido en MCS v2.4: 15027617_ESP...
  • Página 10 Se eliminó información sobre los rangos de densidad de grupos recomendados para los kits de reactivos de MiSeq. Se eliminaron detalles sobre los kits de reactivos de MiSeq y se añadió un resumen de las características de dichos kits. Para obtener información detallada, consulte la documentación de...
  • Página 11 Para obtener información sobre estos temas, consulte la Guía del usuario de MiSeq Reporter, n.° de referencia 15028784 o la Guía de referencia rápida de la hoja de muestras de MiSeq, n.° de referencia 15028392.
  • Página 12 Se cambió el nombre de actualización del paquete de ampliación de MiSeq a MiSeq hardware upgrade (Actualización de hardware de MiSeq). • Se añadió la Guía del usuario de MiSeq Reporter a la lista de recursos adicionales. N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...
  • Página 13 • Se añadió el número de catálogo y la descripción del MiSeq Reagent Kit v2, 500 ciclos. • Se añadió la sección sobre compatibilidad y requisitos de la versión.
  • Página 14 • Se actualizó la resolución del fallo de lectura de RFID para que incluya las instrucciones de automantenimiento de MiSeq. • Se incluyeron los archivos y las carpetas utilizados para la solución de problemas de rendimiento de los experimentos.
  • Página 15 Custom Amplicon (Amplicón personalizado de TruSeq). • Tamaño del tubo de HT1 corregido en el contenido del MiSeq Reagent Kit. • Se modificaron las referencias de iCom a MyIllumina. Solo disponible en inglés. 15027617 Septiembre de 2011 Versión original Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 16 N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 17: Tabla De Contenido

    Historial de revisiones Tabla de contenidos xvii Capítulo 1 Primeros pasos Introducción Componentes Resumen del kit de reactivos de MiSeq Consumibles proporcionados por el usuario Inicio del sistema MiSeq Conceptos de MiSeq Software MiSeq Opciones de análisis secundario Carpetas del experimento Espacio en disco requerido Capítulo 2 Realización de un experimento...
  • Página 18 Capítulo 4 Solución de problemas Introducción Empaquetado de registros para solucionar problemas Configuración del software Pausa o detención de un experimento Resolución de errores de configuración de experimentos Resolución del error de lectura de RFID Solución de problemas de velocidad de flujo Realización de una prueba de volumen Medición de los volúmenes de lavado esperados Índice...

  • Página 19: Capítulo 1 Primeros Pasos

      Capítulo 1  Primeros pasos Primeros pasos Introducción Componentes Resumen del kit de reactivos de MiSeq Consumibles proporcionados por el usuario Inicio del sistema MiSeq Conceptos de MiSeq Software MiSeq Opciones de análisis secundario Carpetas del experimento Espacio en disco requerido...

  • Página 20: Introducción

    ® (SBS) con un flujo de trabajo revolucionario que permite pasar del ADN a los datos analizados en tan solo ocho horas. MiSeq integra la generación de grupos, la secuenciación y el análisis de datos en un solo instrumento. Funciones Walkaway automation (Automatización del proceso): Después de configurar el...

  • Página 21: Recursos Adicionales

    Recursos adicionales La documentación siguiente está disponible para su descarga del sitio web de Illumina. Recurso Descripción Guía de preparación en el Proporciona especificaciones para el espacio del laboratorio, centro del sistema MiSeq los requisitos eléctricos y las consideraciones medioambientales.
  • Página 22 Visite la página del servicio de asistencia técnica de Sistema MiSeq del sitio web de Illumina para acceder a la documentación, las descargas de software, la formación en línea y las preguntas frecuentes.

  • Página 23: Componentes

    La puerta del compartimento de reactivos se asegura mediante un cierre magnético. La interfaz de MiSeq le guía a través de los pasos de configuración del experimento mediante el monitor de pantalla táctil. Para cargar los componentes del experimento, debe acceder al compartimento de reactivos y al compartimento de la celda de flujo.

  • Página 24: Compartimento De La Celda De Flujo

    Compartimento de la celda de flujo Platina de la celda de flujo Puerta del compartimento de la celda de flujo Cierre de la celda de flujo Celda de flujo Botón de apertura del cierre de la celda de flujo El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo, la estación térmica y las conexiones de fluídica para la celda de flujo.

  • Página 25: Celda De Flujo

    Área de digitalización Puerto de entrada La celda de flujo de MiSeq es un sustrato de vidrio, de un solo uso, en el que se generan grupos y se lleva a cabo la reacción de secuenciación. Los reactivos entran en la celda de flujo a través del puerto de entrada, pasan por el área de digitalización de carril único y salen de la celda de flujo por el puerto de salida.

  • Página 26: Compartimento De Reactivos

    Compartimento de reactivos Refrigerador de reactivos Mango del dispensador (se muestra en posición elevada) Botella de PR2 Botella de residuos Cartucho de reactivo El compartimento de reactivos contiene el refrigerador de reactivos y las posiciones para la botella del tampón de lavado (PR2) y la botella de residuos. El refrigerador de reactivos sujeta un cartucho de reactivo de un solo uso durante el experimento.

  • Página 27: Cartucho De Reactivo

    Cartucho de reactivo El cartucho de reactivo de MiSeq es un consumible de un solo uso que consta de depósitos con sellos metálicos precargados con reactivos de secuenciación y de generación de grupos suficientes para la secuenciación de una celda de flujo.

  • Página 28: Resumen Del Kit De Reactivos De Miseq

    Resumen del kit de reactivos de MiSeq Para realizar un experimento en MiSeq, necesita un kit de reactivos de MiSeq de un solo uso, disponible en varios tipos y tamaños. Cada tipo de kit de reactivos de MiSeq incluye un tipo de celda de flujo específico del kit y todos los reactivos necesarios para realizar un experimento.

  • Página 29: Consumibles Proporcionados Por El Usuario

    McMaster-Carr, n.° de Extracción de la celda de flujo del punta cuadrada catálogo 7003A22* contenedor de transporte de celdas (opcionales) de flujo Agua de laboratorio Proveedor de Limpieza del instrumento laboratorio general * o equivalente Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 30: Directrices Para El Agua De Laboratorio

    Directrices para el agua de laboratorio Utilice siempre agua de laboratorio para los procedimientos del instrumento. No utilice nunca agua de grifo ni desionizada. A continuación, se proporcionan ejemplos de agua de laboratorio aceptable: Illumina PW1 Agua de 18 Megohmios (MΩ) Agua Milli-Q Agua Super-Q Agua de biología molecular...

  • Página 31: Inicio Del Sistema Miseq

    81. Espere como mínimo 60 segundos antes de volver a poner el interruptor de encendido en la posición ON (Encendido). Si MiSeq todavía no está encendido, inspeccione el lateral derecho del instrumento para ubicar el interruptor de encendido del panel trasero. Está situado en la esquina inferior, directamente encima del cable de alimentación.

  • Página 32: Conceptos De Miseq

    Para obtener información adicional sobre los flujos de trabajo del análisis y los formatos de archivo de manifiesto, consulte la Guía del usuario de MiSeq Reporter (n.º de referencia 15042295). Para obtener más información sobre las hojas de muestras, consulte la Guía de referencia rápida de la hoja de muestras de MiSeq (n.º...

  • Página 33: Software Miseq

    Software MiSeq Control (MCS): controla el funcionamiento del instrumento. La interfaz de Software MiSeq Control (MCS) le guía por los pasos para cargar la celda de flujo y los reactivos antes de iniciar el experimento. A medida que el experimento avanza, se muestra un resumen de las estadísticas de calidad.
  • Página 34 Figura 2 Pantalla Welcome (Bienvenida) Sequence (Secuenciar): esta opción abre una serie de pantallas de configuración del experimento que le guiarán por los pasos de configuración. Consulte Pantallas de configuración del experimento en la página Perform Wash (Realizar lavado): proporciona opciones para iniciar dos tipos de lavados de instrumento, un lavado de mantenimiento o un lavado en modo en espera.

  • Página 35: Indicadores De Actividad

    MiSeq debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active esta opción. Consulte Actualizaciones de software en la página Indicadores de actividad Todas las pantallas de la interfaz presentan una serie de iconos en la esquina inferior derecha.

  • Página 36: Iconos De Estado

    Iconos de estado En la esquina superior derecha de la pantalla Welcome (Bienvenida) verá un icono de estado que le notificará de los cambios de las condiciones durante la configuración del experimento o durante el experimento. Icono de Nombre de estado Descripción estado Estado correcto...

  • Página 37: Pantalla Manage Files (Administrar Archivos)

    La pantalla se divide en seis fichas: Runs (Experimentos), Sample Sheets (Hojas de muestras), Manifests (Manifiestos), Genomes (Genomas), Recipes (Fórmulas) y Bundle Logs (Empaquetar registros). Figura 5 Pantalla Manage Files (Administrar archivos) Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 38: Opciones De Manage Files (Administrar Archivos)

    Upload Files (Cargar archivos): disponible para hojas de muestras, manifiestos, genomas y fórmulas. Si el sistema MiSeq no está conectado a una red, utilice esta función para cargar archivos al ordenador del instrumento desde una unidad USB. Seleccione Upload (Cargar) y vaya hasta la ubicación de la unidad USB donde esté...
  • Página 39 Rename (Renombrar). Utilice el teclado en pantalla para cambiar el nombre de la hoja de muestras. Bundle Logs (Empaquetar registros): combina y empaqueta en un archivo ZIP los grupos de archivos que requiere el servicio de asistencia técnica de Illumina para solucionar problemas. Para obtener más información, consulte Empaquetado de registros para solucionar problemas en la página...

  • Página 40: Pantalla Run Options (Opciones De Experimento)

    1 hora. Send Instrument Health (Enviar estado del instrumento): Illumina recomienda seleccionar esta opción para ayudar al servicio de asistencia técnica de Illumina a solucionar posibles problemas. Los únicos archivos que se envían a Illumina son N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...
  • Página 41 Si está usando BaseSpace y selecciona esta opción, MiSeq Reporter se inicia automáticamente después del experimento y se realiza el análisis de forma local. • Si está usando BaseSpace y no selecciona esta opción, MiSeq Reporter no se inicia automáticamente después del experimento y el análisis solo se realiza en BaseSpace.
  • Página 42 MiSeq se puede configurar para que envíe una notificación por correo electrónico cuando haya finalizado el análisis principal, cuando haya finalizado el análisis secundario integrado en el instrumento o si se produce un error grave de software de MiSeq. Figura 8 Ficha Email Notifications (Notificaciones por correo electrónico)
  • Página 43 Test (Probar) para enviar un mensaje de correo electrónico de prueba a los destinatarios de las notificaciones. Notify via email when (Notificar por correo electrónico cuando): seleccione la casilla de verificación de cada uno de los eventos del experimento que desee que active una notificación. Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 44 Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) La pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) contiene los controles para la configuración del sistema, la solución de problemas, la actualización manual del software y el reinicio o apagado seguros del software del instrumento. Figura 9 Pantalla Manage Instrument (Administrar instrumento) System Settings (Configuración del sistema): permite cambiar la configuración de IP, el nombre de la máquina o el dominio.

  • Página 45: Visor Del Análisis De Secuenciación

    Algunas vistas incluyen listas desplegables que muestran los carriles 1–8. La celda de flujo de MiSeq es una celda de flujo con un único carril, por lo que los datos aparecen al seleccionar All (Todo) o Lane 1 (Carril 1).

  • Página 46: Número De Ciclos De Una Lectura

    Número de ciclos de una lectura El número de ciclos realizados en una lectura es un ciclo más que el número de ciclos analizados. El ciclo adicional es necesario para los cálculos de fase y prefase. Por ejemplo, un experimento de 300 ciclos de "paired-end" realiza dos lecturas de 301 ciclos (2 x 301) para un total de 602 ciclos.

  • Página 47: Opciones De Análisis Secundario

    Los datos de secuenciación de MiSeq pueden analizarse en el ordenador del instrumento con MiSeq Reporter o en la nube con BaseSpace. Si realiza el flujo de trabajo de VeriSeq, utilice el software BlueFuse Multi para realizar el análisis. Tanto BaseSpace como MiSeq Reporter generan información sobre la alineación, las variantes y los conjuntos de cóntigos...
  • Página 48 Cuando se inicia el experimento de secuenciación, el icono BaseSpace cambia para indicar que MiSeq está conectado a BaseSpace y los archivos de datos se están transfiriendo a su ubicación segura. Los archivos de datos se cifran durante el tránsito, se descifran durante el análisis y se vuelven a cifrar cuando se almacenan.

  • Página 49: Descripción General De Miseq Reporter

    Los recursos informáticos del sistema MiSeq se han concebido para secuenciar o analizar. Si se empieza un nuevo experimento de secuenciación en MiSeq antes de que finalice el análisis secundario de un experimento anterior, el análisis secundario se detendrá de manera automática.

  • Página 50: Carpetas Del Experimento

    Carpetas del experimento Cada experimento de MiSeq genera tres carpetas de experimento, cada una con una finalidad concreta: D:\Illumina\MiSeqTemp: cuando el experimento comienza, la carpeta temporal se copia en la unidad local del ordenador del instrumento y se utiliza como un área de trabajo para MCS y RTA.

  • Página 51: Contenido De La Carpeta Miseqoutput (Resultadomiseq)

    RTA para cada lectura. <Nombre de carpeta de experimento>\Data\Intensities\BaseCalls: contiene subcarpetas con archivos de llamadas de bases (*.bcl), archivos de matriz y archivos de fase. MiSeq Reporter escribe archivos FASTQ en esta carpeta durante el análisis Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 52 Para obtener información adicional, consulte la Guía del usuario de MiSeq Reporter (n.º de referencia 15042295). <Nombre de carpeta de experimento>\Recipe: contiene la fórmula usada para el experimento. <Nombre de carpeta de experimento>\Logs: contiene los archivos de registro que describen cada paso realizado por el instrumento para cada ciclo.

  • Página 53: Espacio En Disco Requerido

    Runs (Experimentos). Mueva o elimine las carpetas de experimentos anteriores como proceda. Para obtener información adicional, consulte Pantalla Manage Files (Administrar archivos) en la página 19. Después de liberar el espacio en disco requerido, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación). Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 54 N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 55: Capítulo 2 Realización De Un Experimento

    Flujo de trabajo de MiSeq Carga de bibliotecas de muestras Configuración de un experimento con MCS Limpieza de la celda de flujo Carga de la celda de flujo Carga de reactivos Inicio del experimento Supervisión del experimento Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 56: Introducción

    Introducción Para realizar un experimento en MiSeq, siga los pasos de configuración descritos en este capítulo. Una vez iniciado el experimento, el usuario no tendrá que intervenir más. El experimento de secuenciación puede supervisarse en la pantalla Sequencing (Secuenciación) o de forma remota con el visor del análisis de secuenciación (SAV), una aplicación de software opcional que se puede descargar del sitio web de Illumina.

  • Página 57: Flujo De Trabajo De Miseq

    MiSeq (n.º de referencia 15039740). Prepare el cartucho de reactivo precargado para utilizarlo. Consulte la guía de preparación de reactivo correspondiente al cartucho de reactivo de MiSeq que utilice. Cargue la mezcla de bibliotecas en el cartucho de reactivo del depósito designado.
  • Página 58 Análisis Cuando el experimento haya finalizado, el software de análisis MiSeq Reporter se iniciará automáticamente para realizar un análisis secundario, que incluirá la alineación y la llamada de variantes. Puede supervisar el análisis secundario con una conexión a Internet desde otro ordenador.

  • Página 59: Carga De Bibliotecas De Muestras

    NOTA Si el tipo de biblioteca lo requiere, desnaturalice y diluya las bibliotecas, y añada el control PhiX opcional. Consulte Preparación de bibliotecas para la secuenciación en MiSeq (n.° de referencia 15039740). Este paso no es aplicable a todos los tipos de biblioteca. Algunos métodos de preparación de muestras Illumina dan como resultado una concentración de bibliotecas agrupadas...
  • Página 60 Figura 12 Carga de bibliotecas Continúe directamente por los pasos de configuración del experimento utilizando la interfaz de Software MiSeq Control (MCS). N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 61: Configuración De Un Experimento Con Mcs

    Desmarque la casilla Use BaseSpace for storage and analysis (Usar BaseSpace para el almacenamiento y el análisis). El análisis se realiza en el instrumento. Seleccione Next (Siguiente). Se abrirá la pantalla Load Flow Cell (Cargar celda de flujo). Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 62: Limpieza De La Celda De Flujo

    Limpieza de la celda de flujo La celda de flujo está sumergida en tampón de almacenamiento, dentro de un contenedor de celdas de flujo. El color de la tapa del contenedor de celdas de flujo indica de qué tipo de celda de flujo se trata: La tapa del contenedor de celdas de flujo estándar es transparente.
  • Página 63 Con un paño humedecido en alcohol, limpie el cristal de la celda de flujo. Asegúrese de que en el cristal no haya pelusas ni fibras de tejido, huellas u otras marcas. Evite usar el paño humedecido en alcohol en las juntas del puerto de la celda de flujo. Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 64 Figura 16 Secado de la celda de flujo Seque el exceso de alcohol con una toallita limpialentes sin pelusa. Inspeccione visualmente la zona para asegurarse de que los puertos de las celdas de flujo no están obstruidos y de que las juntas están bien asentadas alrededor de los puertos de las celdas de flujo.

  • Página 65: Carga De La Celda De Flujo

    Mientras sostiene la celda de flujo por los bordes del cartucho de la celda de flujo, colóquela en la platina. Figura 18 Coloque la celda de flujo en la platina Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 66 Presione suavemente el cierre de la celda de flujo para cerrarlo sobre la celda de flujo. NOTA Al cerrarse la celda de flujo, dos pasadores de alineación situados cerca de la bisagra del cierre de la celda de flujo alinearán y posicionarán correctamente la celda de flujo. Sonará un clic que indica que el cierre de la celda de flujo está...

  • Página 67: Carga De Reactivos

    Coloque la botella de PR2 en la muesca a la derecha del refrigerador de reactivos. Figura 20 Carga de la botella de PR2 Asegúrese de que la botella de residuos esté vacía. Si no lo está, vacíe el contenido en el contenedor de residuos adecuado. Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 68: Carga Del Cartucho De Reactivo

    No deje la puerta del refrigerador de reactivos abierta durante largos períodos de tiempo. Abra la puerta del refrigerador de reactivos. Sujete el cartucho de reactivo en el extremo con la etiqueta de Illumina e introduzca el cartucho de reactivo en el refrigerador de reactivos hasta que el cartucho se detenga.

  • Página 69: Cambiar La Hoja De Muestras

    Si no se encuentra una hoja de muestras, aparece un mensaje que le solicita que navegue hasta la ubicación de la hoja de muestras correcta para su experimento. Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 70 Para evitar que el software realice búsquedas sin resultados, utilice el comando Change Sample Sheet (Cambiar la hoja de muestras) de la pantalla Load Reagents (Cargar reactivos) para dirigir el software hasta la hoja de muestras apropiada. N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 71: Inicio Del Experimento

    Para obtener información adicional, consulte Resolución de errores de configuración de experimentos en la página Cuando todos los elementos hayan superado con éxito la comprobación previa al experimento, seleccione Start Run (Iniciar experimento). Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 72 Para obtener información adicional, consulte Pausa de un experimento en la página ADVERTENCIA Asegúrese de cerrar todos los archivos de MiSeq antes de iniciar un experimento y no abra archivos durante un experimento. N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 73: Supervisión Del Experimento

    Q30, que se trata de una puntuación de calidad (puntuación Q). La puntuación Q es una predicción de la probabilidad de que se realice una llamada de bases incorrecta. Las puntuaciones Q se calculan tras el ciclo 25. Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 74 Clusters Passing Filter (%) (Grupos que superan el filtro [%]): muestra el porcentaje de grupos que superan el filtro basado en el filtro de castidad de Illumina, que mide la calidad. Este dato aparece solo tras el ciclo 25.

  • Página 75: Generación De Plantillas

    Kits de reactivos de MiSeq, v2 Kits de reactivos de MiSeq, v1 Para obtener información adicional sobre las especificaciones de los experimentos de MiSeq, visite la página de especificaciones del sistema MiSeq en el sitio web de Illumina (www.illumina.com/systems/miseq/performance_specifications.ilmn). Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 76: Resultados Del Análisis Principal

    En la siguiente tabla se describen las carpetas y los archivos generados por el análisis en tiempo real (RTA) durante el análisis principal. Muchos de estos archivos se utilizan para un análisis secundario con el software MiSeq Reporter. Archivo Subcarpeta Descripción...
  • Página 77 Imágenes en miniatura generadas para cada ciclo y L001\CX.X base, que pueden utilizarse para solucionar los problemas de un experimento. Estos archivos no son necesarios para un análisis secundario y no se copian en la carpeta de análisis. Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 78: Numeración De Las Placas De La Celda De Flujo

    Numeración de las placas de la celda de flujo Cuando las placas se digitalizan durante el experimento de secuenciación, se genera un archivo de resultados para cada placa y se le asigna un nombre con el número de placa en un formato de cuatro dígitos.

  • Página 79: Capítulo 3 Procedimientos De Mantenimiento

    Procedimientos de mantenimiento Introducción Lavados del instrumento Realización de un lavado posterior al experimento Realización de un lavado de mantenimiento Realización de un lavado en modo en espera Actualizaciones de software Apagado del instrumento Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 80: Introducción

    Introducción Realice siempre un lavado del instrumento cuando finalice el experimento de secuenciación. El lavado periódico del instrumento garantiza un rendimiento continuado por las siguientes razones: Se elimina todo el reactivo restante de los dispensadores y los conductos de fluídica. Se evita la acumulación y cristalización de sales en los dispensadores y los conductos de fluídica.

  • Página 81: Frecuencia Del Mantenimiento Del Flujo De Trabajo De Veriseq

    Según se requiera Apagado del instrumento Tabla 4 Mantenimiento durante el modo de inactividad (≥7 días sin usar) Actividad Frecuencia Mensual Lavado en modo en espera Según se requiera Apagado del instrumento Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 82 NOTA En el caso del flujo de trabajo de VeriSeq, asegúrese de que realiza lavados posteriores al experimento que incluyan un lavado de cadena molde. Consulte Procedimiento con lavado de conducto de cadena molde en la página N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 83: Lavados Del Instrumento

    Para realizar un lavado posterior al experimento en otro momento que no sea inmediatamente después de la ejecución de un experimento, utilice el comando de la pantalla Perform Wash (Realizar lavado) para iniciar dicho lavado. Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 84 Figura 23 Pantalla Perform Wash (Realizar lavado) Seleccione Raise Sippers (Levantar los dispensadores) para levantar los dispensadores del cartucho de reactivo de forma manual, de modo que el cartucho pueda retirarse del instrumento. Utilice este comando si se ha interrumpido el experimento de forma inesperada o si se ha producido un error durante el experimento.

  • Página 85: Realización De Un Lavado Posterior Al Experimento

    El lavado posterior al experimento que incluye un lavado del conducto de cadena molde requiere el empleo de hipoclorito de sodio y un tubo MiSeq (n.º de referencia MS-102-9999). El lavado dura aproximadamente 30 minutos. Consulte Procedimiento con lavado de conducto de cadena molde en la página...

  • Página 86: Procedimiento

    Procedimiento Prepare una solución de lavado nueva con Tween 20 y agua de laboratorio como se explica a continuación: Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos volúmenes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 %. Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio.

  • Página 87: Procedimiento Con Lavado De Conducto De Cadena Molde

    Tween 20 al 0,5 %. Invierta cinco veces para mezclar. Prepare una solución de lavado de hipoclorito de sodio con agua de laboratorio según se explica a continuación: Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 88 Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml. Introduzca el tubo MiSeq que contiene la solución de lavado de hipoclorito de sodio al 0,01 % en la posición 17 de la bandeja de lavado hasta que el cuello del tubo esté...
  • Página 89 NOTA Asegúrese de introducir el tubo MiSeq con hipoclorito de sodio únicamente en la posición 17 de la bandeja. Si introduce el tubo en otra posición, puede provocar errores en la generación de grupos durante experimentos posteriores, así como daños en el sistema de fluídica del instrumento MiSeq.
  • Página 90 Baje despacio el mango del dispensador y asegúrese de que los dispensadores bajan hasta la botella de lavado y la de residuos. Cierre la puerta del compartimento de reactivos. Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado posterior al experimento. Cuando el lavado haya finalizado, deje en el instrumento la celda de flujo, la bandeja de lavado y la botella de lavado con los restos de solución de lavado que ha utilizado.

  • Página 91: Realización De Un Lavado De Mantenimiento

    Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado. Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml. Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento: Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 92: Realización Del Segundo Lavado

    Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de reactivos, y extraiga la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizado del refrigerador. Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope.

  • Página 93: Realización Del Lavado Final

    Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador; asegúrese de que los dispensadores bajan hasta la botella de lavado y la de residuos. Cierre la puerta del compartimento de reactivos. Seleccione Next (Siguiente). Comenzará el lavado final. Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 94: Después Del Lavado

    Después del lavado Cuando el lavado haya finalizado, deje la celda de flujo que ha utilizado, la bandeja de lavado y la botella de lavado que contiene la solución de lavado restante en el instrumento. NOTA Los dispensadores permanecen en posición bajada, que es lo normal. Deje la solución de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y en la botella de lavado para evitar que los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.

  • Página 95: Realización De Un Lavado En Modo En Espera

    Cuando el instrumento está en el modo de espera, es preciso realizar un lavado de mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciación. NOTA Illumina recomienda repetir el lavado en espera cada 30 días de inactividad del instrumento. Si realiza el flujo de trabajo de VeriSeq, consulte la sección Frecuencia del mantenimiento del flujo de trabajo de VeriSeq en la página 63...
  • Página 96 Añada 5 ml de Tween 20 al 100 % a 45 ml de agua de laboratorio. Estos volúmenes proporcionan un resultado de Tween 20 al 10 %. Añada 25 ml de Tween 20 al 10 % a 475 ml de agua de laboratorio. Estos volúmenes proporcionan como resultado una solución de lavado de Tween 20 al 0,5 %.
  • Página 97 Los dispensadores permanecen en posición bajada, que es lo normal. Deje la solución de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y en la botella de lavado para evitar que los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema. Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 98: Actualizaciones De Software

    Pantalla Manual Update (Actualización manual) Utilice la función Manual Update (Actualización manual) para actualizar el software de control del instrumento y el software de análisis desde la interfaz de MiSeq navegando hasta la ubicación del archivo de software instalable. Seleccione Browse (Examinar) para navegar hasta la ubicación donde está el archivo instalable de la nueva versión del software.

  • Página 99: Apagado Del Instrumento

    Mueva el interruptor de encendido a la posición OFF (Apagado). NOTA Cada vez que apague el instrumento, espere como mínimo 60 segundos antes de volver a poner el interruptor de encendido en la posición ON (Encendido). Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 100 N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 101: Capítulo 4 Solución De Problemas

    Resolución de errores de configuración de experimentos Resolución del error de lectura de RFID Solución de problemas de velocidad de flujo Realización de una prueba de volumen Medición de los volúmenes de lavado esperados Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 102: Introducción

    Esta sección describe los pasos de solución de problemas habituales que puede tomar antes de ponerse en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Para la mayoría de los errores, aparecerá un mensaje en pantalla con las instrucciones para corregir el error.

  • Página 103: Empaquetado De Registros Para Solucionar Problemas

    La función Bundle Logs (Empaquetar registros) agrupa los archivos de un experimento en un tipo de paquete cada vez. Repita el procedimiento por cada experimento y tipo de paquete que el servicio de asistencia técnica de Illumina le solicite. En la pantalla Manage Files (Administrar archivos), seleccione la ficha Bundle Logs (Empaquetar registros).
  • Página 104 Cuando el proceso finalice, se volverá a abrir la ficha Bundle Logs (Empaquetar registros). Envíe el archivo ZIP al servicio de asistencia técnica de Illumina. Figura 25 Ficha Bundle Logs (Empaquetar registros) N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 105: Configuración Del Software

    System Settings (Configuración del sistema). Figura 26 System Settings (Configuración del sistema) Póngase en contacto con el administrador de la instalación para informarse acerca de qué configuración de red debe especificar. Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 106: Cambio De Los Credenciales Del Sistema

    Seleccione This account (Esta cuenta). Introduzca el nombre de dominio (Domain\MiSeq1, por ejemplo) y la contraseña. Seleccione Save and Continue (Guardar y continuar). Las credenciales de MiSeq Reporter y de BaseSpace también se actualizarán. Figura 27 System Settings (Configuración del sistema)

  • Página 107: Pantalla System Check (Comprobación Del Sistema)

    Algunas comprobaciones del sistema pueden realizarse antes de contactar con el servicio de asistencia técnica de Illumina, como la prueba de volumen. Una prueba de volumen comprueba el estado del sistema de fluídica calculando el volumen de flujo a medida que las burbujas pasan por los sensores.
  • Página 108 Live Help MiSeq debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active la opción Live Help. La función Live Help es una herramienta de asistencia en línea que permite a un representante del servicio de asistencia técnica de Illumina visualizar su pantalla de MiSeq con su permiso y compartir el control del instrumento.

  • Página 109: Pausa O Detención De Un Experimento

    Pausa o detención de un experimento El sistema MiSeq está diseñado para completar un experimento de principio a fin sin necesidad de que intervenga el usuario. No obstante, se puede pausar o detener un experimento en la pantalla Sequencing (Secuenciación).

  • Página 110: Detención De Un Experimento

    Figura 31 Pantalla Sequence (Secuenciar) de un experimento pausado Detención de un experimento Puede detener un experimento durante la secuenciación antes de que finalice con el botón Stop (Detener) de la pantalla Sequencing (Secuenciación). Puede detener un experimento si este se ha configurado incorrectamente, si la calidad de los datos es mala o si detecta un error de hardware.
  • Página 111 La detención de un experimento es definitiva. No es posible reanudar un experimento tras detenerlo. La única opción disponible es pasar a realizar un lavado del instrumento. Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 112: Resolución De Errores De Configuración De Experimentos

    Resolución de errores de configuración de experimentos Si falla alguna de las comprobaciones previas al experimento, aparecerá un icono rojo junto al elemento. Aparecerá un mensaje en pantalla que describirá el error y la acción necesaria para corregirlo. Error Acción Se abre la pantalla de comprobación de la velocidad de flujo.
  • Página 113 Si falta la hoja de muestras, cree una y cópiela en las ubicaciones de las hojas de muestras especificadas en Run Options (Opciones de experimento). Cuando haya localizado la hoja de muestras, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación). Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 114: Resolución Del Error De Lectura De Rfid

    Resolución del error de lectura de RFID Si el sistema no puede leer la RFID de un consumible, podrá obtener un código de derivación temporal en el sitio web de Illumina. Un código de derivación temporal caduca en siete días.
  • Página 115 PRECAUCIÓN Si introduce una versión de kit de reactivos incorrecta, esto podría afectar negativamente a los datos de secuenciación. Seleccione Enter (Entrar). Guía del usuario del sistema MiSeq...

  • Página 116: Solución De Problemas De Velocidad De Flujo

    Si el error persiste, defina el volumen para que bombee 500 µl de PR2 y repita el proceso una vez más. Si en el segundo intento no resuelve el error, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 117: Realización De Una Prueba De Volumen

    Figura 35 Pantalla System Check (Comprobación del sistema) Llene cada depósito de la bandeja de lavado con 6 ml de agua de laboratorio. Llene la botella de lavado de 500 ml con 350 ml de agua de laboratorio. Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 118 Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento. Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de reactivos, y deslice la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se detenga.
  • Página 119 Eliminación de la gota del dispensador Seleccione Next (Siguiente). Se iniciará la prueba de volumen. Cuando la prueba de volumen haya finalizado, los resultados aparecerán en la pantalla. Figura 37 Resultados de la prueba de volumen Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 120 Si no se supera la prueba, realice un lavado de mantenimiento. Consulte Realización de un lavado de mantenimiento en la página Cuando haya finalizado el lavado de mantenimiento, repita la prueba de volumen. N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 121: Medición De Los Volúmenes De Lavado Esperados

    Volumen de lavado esperado Lavado posterior al experimento 17,25 ml Lavado posterior al experimento que incluye un lavado del conducto 25,5 ml de cadena molde Lavado en modo en espera 46 ml Lavado de mantenimiento 17,25 ml Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 122 N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 123: Índice

    88 suministrados por Illumina 10 cargar reactivos contraseña 13 cartucho 50 copiar archivos y carpetas 19 PR2 49 carpeta del experimento definición 14 detención de un experimento 92 carpeta InterOp 33 dirección IP 87 Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 124 57 generación de grupos 39 mango del dispensador 8 generación de plantillas 27 mantenimiento, lavado 65, 73 genoma de referencia MiSeq Reporter 2 formato de archivo 14 credenciales 88 gestionar fórmulas 19 descripción general 31 MiSeq Self-Service 96 módulo óptico 5...
  • Página 125 35 configuración del instrumento 26 duración del experimento 27 en el instrumento 15 inicialización 13 solucionar problemas archivos específicos del experimento 84 empaquetar registros 21, 84-85 errores de configuración de experimento 95 Guía del usuario del sistema MiSeq...
  • Página 126 N.° de referencia 15027617 Rev. O ESP...

  • Página 127: Asistencia Técnica

    Otros países +44.1799.534000 Hojas de datos de seguridad Las hojas de datos de seguridad (SDS) están disponibles en el sitio web de Illumina, en support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto La documentación del producto en PDF está disponible para su descarga en el sitio web de Illumina.
  • Página 128 *15027617* *15027617* N.º componente 15027617 Rev. O ESP Illumina San Diego, California 92122 U.S.A. +1.800.809.ILMN (4566) +1.858.202.4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com...

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