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Guía de referencia de MiSeqDx ® para instrumentos con con guración de doble arranque PARA USO DIAGNÓSTICO IN VITRO PROPIEDAD DE ILLUMINA N.º de documento 1000000015779 v04 ESP English Source: 15070067 v05 Abril de 2020...
N.º de documento Corrección de la declaración de uso previsto. Eliminación de la Marzo de 15070067 v02 frase “El MiSeqDx está indicado para el uso con los kits de 2017 reactivos y ensayos de DVI suministrados por Illumina”. N.º de documento Modificación de la advertencia de formamida a una...
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Prevención de reinicios durante un experimento Solución de problemas de velocidad de flujo Realización de una prueba de volumen Resolución de errores de análisis de MiSeq Reporter Índice Asistencia técnica Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Capítulo 1 Primeros pasos Primeros pasos Uso previsto Componentes Inicio del MiSeqDx Consumibles necesarios Almacenamiento y manipulación Software antivirus Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
(kit MiSeqDx universal 1.0), hardware de adquisición de imágenes y software de análisis de datos. La plataforma MiSeqDx está indicada para la secuenciación selectiva de ADN genómico humano de muestras de sangre periférica...
La puerta del compartimento de reactivos se asegura mediante un cierre magnético. La interfaz del MiSeqDx guía a los usuarios a través de los pasos de configuración del experimento mediante el monitor de pantalla táctil.
Área de adquisición de imágenes Puerto de entrada La celda de flujo del MiSeqDx es un sustrato de un solo uso elaborado con cristal en el que se generan grupos y se lleva a cabo la reacción de secuenciación. Los reactivos entran en la celda de flujo a través del puerto de entrada, pasan por el área de adquisición de imágenes de carril único y salen de la celda de flujo por el puerto de...
El compartimento de reactivos contiene el refrigerador de reactivos, así como las posiciones para la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y la botella de residuos. El refrigerador de reactivos sujeta un cartucho de reactivo de un solo uso durante el experimento.
65. Espere como mínimo 60 segundos antes de volver a poner el interruptor de alimentación en la posición ON (Encendido). Si el MiSeqDx todavía no está encendido, busque en el lado derecho del instrumento el interruptor de alimentación del panel trasero. Está situado en la esquina inferior, encima del cable de alimentación.
Consumibles necesarios Consumibles de secuenciación Los consumibles de secuenciación necesarios para ejecutar el MiSeqDx se proporcionan por separado como parte de un kit de diagnóstico in vitro. Consumibles proporcionados por el usuario Antes de iniciar un experimento, asegúrese de que estén disponibles los siguientes consumibles proporcionados por el usuario.
Illumina recomienda encarecidamente instalar un software antivirus facilitado por el usuario para proteger el ordenador de los virus informáticos. Para evitar interferencias en el funcionamiento del MiSeqDx o pérdidas de datos, configure las actualizaciones del software antivirus de la siguiente manera: Establezca análisis manuales en lugar de análisis automáticos.
Capítulo 2 Software MiSeqDx Software MiSeqDx Introducción Illumina User Management Software Illumina Worklist Manager Software MiSeq Operating Software (MOS) Análisis en tiempo real (RTA) MiSeq Reporter Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
MiSeqDx. Consulte la guía de referencia específica del kit para obtener información sobre la generación de una hoja de muestras. Consulte la sección Illumina Worklist Manager Software en la página...
Los nombres de usuario, las contraseñas y los niveles de acceso se administran con Illumina User Management Software, que crea un archivo de base de datos que activa los permisos de inicio de sesión de los usuarios autorizados. User Management Software no está...
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Save (Guardar) antes de cerrar el Illumina User Management Software. Para asociar el archivo de base de datos con el MiSeqDx, vaya a la pantalla Run Options (Opciones de experimento) y luego a la ficha Folder Settings (Configuración de carpeta) del MiSeq Operating Software (MOS).
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Contents and Settings (Configuración y contenido de la base de datos), utilice la lista desplegable para especificar el número de días de antelación con que se recordará al usuario que debe modificar la contraseña antes de que esta caduque. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Visualización de registros Haga clic en Show Logs (Mostrar registros) para abrir el registro de historial de todos los cambios realizados en un archivo de base de datos, así como la fecha y la hora en que se realizó dicho cambio. Los registros son exclusivos del archivo de base de datos, forman parte de él y no se almacenan como archivos separados.
El IWM es una aplicación basada en asistente diseñada para crear y editar hojas de muestras para el instrumento MiSeqDx y el software de análisis de Illumina. Seleccione las opciones de hoja de muestras en función del kit que utilice. La creación de hojas de muestras se lleva a cabo durante la preparación de las bibliotecas y se describe en las guías...
MiSeq Operating Software (MOS) La interfaz del MiSeq Operating Software (MOS) guía a los usuarios a través de los pasos para cargar la celda de flujo y los reactivos antes de iniciar el experimento y luego proporciona una descripción general de las estadísticas de calidad que se puede supervisar a medida que progresa el experimento.
Temperatura del refrigerador de reactivos en °C Temperatura de la celda de flujo en °C ® Estado de la conexión de BaseSpace (esta opción no está disponible para kits de diagnóstico in vitro) Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Iconos de estado En la esquina superior derecha de la pantalla Home (Inicio) hay un icono de estado que indica los cambios de las condiciones durante la configuración del experimento o durante el experimento. Icono de Nombre de estado Descripción estado Estado correcto No hay cambios.
El MiSeqDx se puede configurar para realizar un lavado de mantenimiento entre experimentos, en lugar de un lavado posterior al experimento. Para obtener más información, consulte Pantalla Run Options (Opciones de experimento) en la página Figura 10 Pantalla Perform Wash (Realizar lavado) La pantalla Perform Wash (Realizar lavado) también incluye un comando que permite...
Delete (Eliminar) o Move (Mover). La acción se aplicará a todos los archivos o carpetas. Upload Files (Cargar archivos): Si el MiSeqDx no está conectado a una red, utilice esta función para cargar archivos de hojas de muestras o archivos de manifiesto al ordenador del instrumento desde una unidad USB.
Seleccione Send Instrument Health (Enviar estado del instrumento) para habilitar el servicio de supervisión proactiva de Illumina. El nombre del ajuste en la interfaz del software puede ser diferente al que se indica en esta guía, en función de la versión de MOS en uso.
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Ficha Folder Settings (Configuración de carpeta) Con MiSeqDx es necesario disponer de acceso a varios tipos de archivos almacenados en carpetas situadas en una red local o en el ordenador del instrumento. Las opciones de la ficha Folder Settings (Configuración de carpeta) le indican al MiSeqDx dónde se encuentran situadas esas carpetas.
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El MiSeqDx se puede configurar para que envíe una notificación por correo electrónico cuando haya finalizado el análisis principal, cuando haya finalizado el análisis secundario integrado en el instrumento o si se produce un error grave del software MiSeqDx. Para modificar la configuración de Email Notifications (Notificaciones por correo electrónico), es necesario disponer del nivel de acceso de usuario Admin (Administrador).
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(Administrador) o SuperUser (Superusuario). NOTA Si utiliza MiSeqDx en modo de investigación, al volver al modo de diagnóstico se le solicita realizar un lavado posterior al experimento. Shut Down (Apagar): Utilice el comando Shut Down (Apagar) para apagar el software de control y Windows en el ordenador del instrumento.
Seleccione This account (Esta cuenta). Introduzca el nombre de dominio (Domain\MiSeq1, por ejemplo) y la contraseña. Seleccione Save and Continue (Guardar y continuar). Las credenciales de MiSeq Reporter y de BaseSpace también se actualizarán. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
System Check (Comprobación del sistema) es una pantalla que, normalmente, se utiliza para ponerse en contacto con un representante del servicio de asistencia técnica de Illumina durante una sesión de Live Help (Ayuda en directo). No es necesario utilizar esta función durante el funcionamiento normal ni para el mantenimiento del instrumento.
Si no se puede leer la RFID, se puede introducir manualmente la información de identificación. Sin embargo, el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo o solución SBS de MiSeqDx [PR2]) por cada experimento. Para obtener información adicional, consulte Resolución del error de...
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MiSeqDx (PR2) y el cartucho de reactivo están cargados, el software lee y registra la RFID. Aparecerá una confirmación de que la RFID se ha leído correctamente en la esquina inferior derecha de la pantalla. Figura 20 Carga de la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y de la botella de residuos...
Después de navegar a la hoja de muestras, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación). Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Figura 23 No se encuentra la hoja de muestras Pantalla Pre-Run Check (Comprobación previa al experimento) El software realiza automáticamente una comprobación previa al experimento de las condiciones y los componentes necesarios del experimento antes de comenzar. Si se produce algún error durante esta comprobación, aparecerá un mensaje en la pantalla en el que se describirá...
800 K/mm². Clusters Passing Filter (%) (Grupos que superan el filtro [%]): Muestra el porcentaje de grupos que superan el filtro en función del filtro de castidad de Illumina, que mide la calidad. Este dato aparece solo tras el ciclo 25.
Carpetas del experimento Cada experimento del MiSeqDx genera tres carpetas del experimento, cada una con una finalidad concreta: D:\Illumina\MiSeqTemp: Cuando el experimento comienza, la carpeta temporal del experimento se copia en la unidad local del ordenador del instrumento y se utiliza como área de trabajo para MOS y RTA.
Restart Check (Reiniciar comprobación). Pausa o detención de un experimento El sistema MiSeqDx está diseñado para finalizar un experimento de principio a fin sin necesidad de que intervenga el usuario. No obstante, se puede pausar o detener un experimento en la pantalla Sequencing (Secuenciación).
La única opción disponible es pasar a realizar un lavado del instrumento. Live Help (Ayuda en directo) El MiSeqDx debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active la opción Live Help (Ayuda en directo). La función Live Help (Ayuda en directo) es una herramienta de asistencia en línea que permite a un representante del servicio de asistencia...
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Menú Help (Ayuda) Para activar una conexión, solicite un código único de acceso al servicio de asistencia técnica de Illumina, introduzca dicho código en la pantalla de Live Help (Ayuda en directo) y, a continuación, seleccione Next (Siguiente). Figura 29 Pantalla Live Help (Ayuda en directo) Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Análisis en tiempo real (RTA) El software de análisis principal integrado, el análisis en tiempo real (RTA), realiza análisis de imágenes y llamadas de base, y asigna una puntuación de calidad a cada base de cada ciclo. Las imágenes se almacenan temporalmente en la carpeta del experimento para su procesamiento con el RTA y, a continuación, se eliminan automáticamente cuando este finaliza.
MiSeq Reporter El MiSeq Reporter es el software de análisis secundario del MiSeqDx que procesa las llamadas de bases generadas durante el análisis principal y proporciona información sobre cada muestra en función de la información especificada en la hoja de muestras. Si desea obtener más información, consulte la Guía de referencia del software MiSeq Reporter (n.º...
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Inicio de sesión y seguimiento de las indicaciones de secuenciación Limpieza de la celda de flujo Carga de la celda de flujo Carga de reactivos Inicio del experimento Supervisión del experimento Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Introducción Para realizar un experimento en el MiSeqDx, siga los pasos de configuración descritos en este capítulo. Una vez iniciado el experimento, el usuario no tendrá que intervenir más. Cuando haya finalizado el experimento de secuenciación, no olvide lavar el instrumento.
Después del análisis de imágenes, el software realiza un análisis principal, que incluye las llamadas de base, el filtrado y la puntuación de calidad. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Análisis Una vez finalizado el experimento, se inicia automáticamente el software de análisis MiSeq Reporter para llevar a cabo el análisis secundario. Puede supervisar el análisis secundario con una conexión a Internet desde otro ordenador. Consulte la Guía de referencia del software MiSeq Reporter (n.º...
NOTA Los tubos del dispensador del MiSeqDx acceden al fondo de cada depósito para aspirar los reactivos, de modo que es importante que estos no presenten burbujas de aire. Coloque el cartucho de reactivo en hielo o almacénelo a una temperatura de entre 2 °C y 8 °C (hasta seis horas) hasta que esté...
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Utilice una punta de pipeta de 1 ml independiente, limpia y vacía para perforar el cierre metálico situado por encima del depósito del cartucho de reactivo etiquetado como Load Samples (Carga de muestras). NOTA No perfore ninguna otra posición de los reactivos. Las demás posiciones de los reactivos se perforan automáticamente durante el experimento.
Sequence (Secuenciar) después de iniciar sesión. Siga las indicaciones para cargar la celda de flujo y los reactivos, y configurar el experimento (se describe en las siguientes secciones). Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Limpieza de la celda de flujo La celda de flujo está sumergida en tampón de almacenamiento, dentro de un contenedor de celdas de flujo. Utilice un nuevo par de guantes sin polvo. Utilice unas pinzas de plástico para agarrar la celda de flujo por la base del cartucho de plástico y sáquela del contenedor de celdas de flujo.
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Si las juntas parecen estar desplazadas, vuelva a presionar con cuidado hasta que queden perfectamente colocadas en su posición alrededor de los puertos de las celdas de flujo. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Carga de la celda de flujo Levante la puerta del compartimento de la celda de flujo y, a continuación, pulse el botón de apertura situado a la derecha del cierre de la celda de flujo. Se abrirá el cierre de la celda de flujo. Figura 36 Abra el cierre de la celda de flujo Asegúrese de que la platina de la celda de flujo no tiene pelusa.
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Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres componentes con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo y solución SBS de MiSeqDx [PR2]) dé error en un experimento de diagnóstico in vitro. Para obtener información adicional, consulte Resolución del error de lectura de RFID en la página...
Carga de la solución SBS de MiSeqDx (PR2) y comprobación de la botella de residuos Retire la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) del almacenamiento a entre 2 y 8 °C. Inviértala para mezclar el contenido y luego retire la tapa.
Sin embargo, el software solamente permite que uno de los tres componentes con etiqueta de RFID (celda de flujo, cartucho de reactivo y solución SBS de MiSeqDx [PR2]) dé error en un experimento de diagnóstico in vitro. Para obtener información adicional, consulte Resolución del error de lectura de RFID en la página...
Nota importante antes de iniciar el experimento ADVERTENCIA El sistema MiSeqDx es sensible a las vibraciones. Si toca el instrumento después de iniciar un experimento, el resultado de la secuenciación se puede ver perjudicado. Después de seleccionar Start Run (Iniciar experimento), no abra la puerta del compartimento de la celda de flujo ni la del compartimento de reactivos, ni toque el monitor del instrumento, salvo si tiene intención de detener el experimento.
Ciclo 1-4 Intensidad Ciclo 4-25 Intensidad y densidad de grupos Desde el ciclo 25 hasta que finalice el Intensidad, densidad de grupos, % PF, rendimiento y experimento puntuaciones Q Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Procedimientos de mantenimiento Introducción Realización de un lavado posterior al experimento Realización de un lavado de mantenimiento Realización de un lavado en modo en espera Apagado del instrumento Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Mantenimiento preventivo Illumina recomienda llevar a cabo un mantenimiento preventivo por año natural. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable.
Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope y, a continuación, cierre la puerta del refrigerador de reactivos. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Levante el mango del dispensador que se encuentra delante de la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y de la botella de residuos hasta que se quede fijo en su sitio. Retire la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y sustitúyala por la botella de lavado.
0,5 % de la siguiente forma: Añada 6 ml de solución de lavado a cada depósito de la bandeja de lavado. Añada 350 ml de solución de lavado a la botella de lavado de 500 ml. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y la botella de residuos hasta que se quede fijo en su sitio y sustituya la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) por la botella de lavado.
Cuando el instrumento está en el modo de espera, es preciso realizar un lavado de mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciación. NOTA Illumina recomienda repetir el lavado en modo en espera cada 30 días de inactividad del instrumento. Consumibles proporcionados por el usuario Tween 20 (Sigma-Aldrich, n.°...
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Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y la botella de residuos hasta que se quede fijo en su sitio y sustituya la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) por la botella de lavado.
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Después del lavado Cuando el lavado haya finalizado, deje en el instrumento la celda de flujo, la bandeja de lavado y la botella de lavado con la solución de lavado sobrante. NOTA Los dispensadores permanecen en posición bajada, que es lo normal. Deje la solución de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y en la botella de lavado para evitar que los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema.
Mueva el interruptor de alimentación a la posición OFF (Apagado). NOTA Cada vez que se apague el instrumento, espere como mínimo 60 segundos antes de volver a poner el interruptor de alimentación en la posición ON (Encendido). Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Resolución del error de lectura de RFID Prevención de reinicios durante un experimento Solución de problemas de velocidad de flujo Realización de una prueba de volumen Resolución de errores de análisis de MiSeq Reporter Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
Esta sección describe los pasos habituales de solución de problemas que puede seguir antes de ponerse en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. En la mayoría de los errores, aparecerá un mensaje en pantalla con las instrucciones para corregir el error.
Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2500 Seleccione Pump (Dispensar). Si el error persiste, defina el volumen para que dispense 500 µl de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y repita el proceso. Una vez bombeados los fluidos, seleccione Restart Check (Reiniciar comprobación).
Seleccione Next (Siguiente). Introduzca la siguiente información: Número de código de barras de la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2), que se encuentra en la etiqueta de dicha botella, justo debajo del código de barras Número de referencia de la botella de solución SBS de MiSeqDx (PR2) N.º...
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Si la RFID vuelve a fallar, seleccione Get Code (Obtener código). Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para obtener un código de omisión de RFID temporal. Los códigos de omisión temporal caducan en 7 días.
Prevención de reinicios durante un experimento Si el MiSeqDx se reinicia a mitad de un experimento, puede deberse a que el software de Windows Update de la red se ha configurado para instalar automáticamente actualizaciones de software. (Este ajuste debe haberse desactivado durante la instalación).
Si el error persiste, defina el volumen para que dispense 500 µl de solución SBS de MiSeqDx (PR2) y repita el proceso una vez más. Si el segundo intento no resuelve el error, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina.
Realización de una prueba de volumen Una obstrucción de los conductos de fluídica podría ser la causa de una administración de reactivos incorrecta y afectar a los resultados de secuenciación. Si sospecha que existe una obstrucción en los conductos de fluídica, realice una prueba de volumen. Las pruebas de volumen comprueban el estado del sistema de fluídica mediante la estimación del volumen entre dos burbujas cuando pasan por los sensores.
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Cuando se le indique, baje lentamente el mango del dispensador hasta el punto máximo, asegurándose de que los dispensadores desciendan hasta introducirse en la botella de lavado y la de residuos. Figura 47 Eliminación de la gota del dispensador Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Seleccione Next (Siguiente). Se iniciará la prueba de volumen. Cuando la prueba de volumen haya finalizado, los resultados aparecerán en la pantalla. Figura 48 Resultados de la prueba de volumen Si no se supera la prueba, realice un lavado de mantenimiento. Consulte Procedimiento en la página Cuando haya finalizado el lavado de mantenimiento, repita la prueba de volumen.
Guía de referencia del software MiSeq Reporter (n.º de documento: 15038356). Incluye instrucciones sobre cómo volver a poner en cola el análisis si se ha utilizado la hoja de muestras incorrecta. Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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18 proporcionados por el usuario 7 lavado en modo en espera 62 consumibles proporcionados por el lavado posterior al experimento 56-57 usuario 7 contraseña 6 Guía de referencia de MiSeqDx para instrumentos con configuración de doble arranque...
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Illumina Worklist Manager configuración de lavado de las Software 15 opciones de experimento 21 inicialización 6 en espera 18 User Management 11 mantenimiento 18, 56, 59 Worklist Manager 15 modo en espera 56, 62 software antivirus 8 posterior al experimento 57 software de análisis en tiempo real...
Otros países +44.1799.534000 Hojas de datos de seguridad Las hojas de datos de seguridad (SDS) están disponibles en el sitio web de Illumina en support.illumina.com/sds.ilmn. Documentación del producto En el sitio web de Illumina es posible descargar documentos en PDF sobre el producto.
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Illumina Australia Pty Ltd Nursing Association Building Level 3, 535 Elizabeth Street Melbourne, VIC 3000 Australia Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) +1 800 809 ILMN (4566) Illumina Netherlands B. V. +1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) Freddy van Riemsdijkweg 15 [email protected]...