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Resumen de contenidos para Illumina NextSeq 2000
- Página 1 NextSeq 2000 Guía del sistema de secuenciación N.º de documento 1000000109376 v01 ESP PROPIEDAD EXCLUSIVA DE ILLUMINA Junio de 2020 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
- Página 2 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Este documento y su contenido son propiedad exclusiva de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.
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Página 3: Historial De Revisiones
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Historial de revisiones Documento n.º Fecha Descripción del cambio 1000000109376 v01 Junio de Se han actualizado las descripciones del software de 2020 NextSeq 1000/2000 Control Software. Se ha aclarado la distinción entre los modos Cloud (Nube), Hybrid (Híbrido), Local y Standalone (Independiente) en la guía. - Página 4 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Documento n.º Fecha Descripción del cambio Se han añadido instrucciones para personalizar el instrumento. Se han actualizado las ilustraciones para reflejar las nuevas etiquetas. Se ha cambiado la palabra "puerta" por "visor" en toda la guía.
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Página 5: Tabla De Contenido
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Índice Descripción general del sistema Otros recursos Hardware del instrumento Software integrado Process Management (Gestión del proceso) Diagrama del protocolo de secuenciación Cómo funciona la secuenciación Configuración del sistema Requisitos de la cuenta de usuario Configuración de BaseSpace Sequence Hub y la asistencia de Proactive Especificación de la ubicación de la carpeta de resultados predeterminada Importación de genomas de referencia personalizados... - Página 6 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Sustitución del filtro de aire Solución de problemas Resolución de mensajes de error Devolución de los consumibles a almacenamiento Cancelación de un experimento Volver a poner en cola un experimento Ciclo de apagado y encendido del instrumento Restablecimiento a la configuración de fábrica Captura de una imagen de instalación Restauración de la imagen capturada...
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Página 7: Descripción General Del Sistema
(NGS) . Este sistema basado en aplicaciones incorpora la tecnología de secuenciación de Illumina en un instrumento de escritorio rentable que ofrece las siguientes funciones: • Accesibilidad y fiabilidad: NextSeq 2000 cuenta con análisis de DRAGEN local, así como desnaturalización y dilución integradas. -
Página 8: Otros Recursos
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Otros recursos páginas de asistencia del sistema de secuenciación NextSeq 2000 del sitio web de Illumina proporcionan recursos adicionales del sistema. Estos recursos incluyen el software, la formación, los productos compatibles y la siguiente documentación. Revise siempre las páginas de asistencia para obtener las versiones más recientes. -
Página 9: Hardware Del Instrumento
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Hardware del instrumento El sistema de secuenciación NextSeq 2000 se compone de un botón de encendido, un monitor, una barra de estado, un compartimento de consumibles y puertos USB. Figura 1 Componentes externos del sistema A. -
Página 10: Compartimento De Consumibles
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 El sistema de secuenciación NextSeq 2000 incluye dos puertos Ethernet para ampliar la capacidad y versatilidad del sistema. Por ejemplo, se puede dedicar un puerto Ethernet a la comunicación con una unidad de red interna y el otro a la comunicación externa, como con BaseSpace Sequence Hub o la asistencia de Proactive. -
Página 11: Software Integrado
Información del sistema Seleccione el menú del software de control situado en la esquina superior izquierda para abrir la sección About (Acerca de). La sección About (Acerca de) contiene información de contacto de Illumina y la siguiente información del sistema: •... -
Página 12: Process Management (Gestión Del Proceso)
Process Management (Gestión del proceso) La pantalla Process Management (Gestión del proceso) muestra experimentos temporales que están almacenados en /usr/local/illumina/runs. Cada experimento se identifica con una fecha, nombre e ID del experimento. La información como Status of Run (Estado del experimento), Secondary Analysis (Análisis secundario), Output Folder (Carpeta de resultados) y Cloud (Nube) también se... -
Página 13: Diagrama Del Protocolo De Secuenciación
Diagrama del protocolo de secuenciación El siguiente diagrama ilustra el protocolo de secuenciación mediante NextSeq 2000. Cómo funciona la secuenciación La generación de grupos, su secuenciación y análisis conforman la secuenciación en el sistema de secuenciación NextSeq 2000. -
Página 14: Generación De Grupos
Análisis secundario BaseSpace Sequence Hub es el entorno informático basado en la nube de Illumina para la supervisión de experimentos, el análisis de los datos, el almacenamiento y la colaboración. Alberga DRAGEN y las aplicaciones de BaseSpace Sequence Hub, que admiten los métodos de análisis comunes para la secuenciación. - Página 15 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Una vez que se ha realizado el análisis de secuenciación inicial, DRAGEN realiza un análisis secundario utilizando uno de los procesos de análisis disponibles. Para obtener información sobre cada uno de los procesos de DRAGEN, consulte Archivos de resultados del análisis secundario de DRAGEN en la página 47 Si utiliza el modo Cloud (Nube) o Hybrid (Híbrido), DRAGEN recupera la hoja de muestras, el genoma...
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Página 16: Configuración Del Sistema
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Configuración del sistema Esta sección ofrece instrucciones para configurar el sistema, incluidas descripciones de la configuración del software. Estas instrucciones describen principalmente el software de control, con algo de información sobre la configuración de la red y el sistema operativo. Si utiliza Google Chrome en el instrumento se le pedirá... - Página 17 Para la configuración de BaseSpace Sequence Hub y la asistencia de Proactive, seleccione una de las siguientes opciones: Opción Descripción y requisitos Proactive Support Only* Envía datos de rendimiento del instrumento a Illumina para (Solo asistencia de Proactive) una solución más rápida de los errores. Necesita conexión a Internet. Proactive and Run Envía archivos InterOp y de registro a BaseSpace...
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Página 18: Especificación De La Ubicación De La Carpeta De Resultados Predeterminada
Bloque de mensajes del servidor (SMB)/Sistema de archivos de Internet común (CIFS) y Network File System (NFS) son los únicos métodos compatibles para el montaje permanente de una unidad de red en NextSeq 2000. Instrucciones de montaje de SMB/CIFS Si NextSeq 1000/2000 Control Software está... - Página 19 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Seleccione Applications (Aplicaciones). En Favorites (Favoritos), seleccione Terminal. Introduzca sudo touch /root/.smbcreds y, a continuación, seleccione Enter (Intro). Introduzca sudo gedit /root/.smbcreds y, a continuación, seleccione Enter (Intro) para abrir el archivo de texto denominado smbcreds. Cuando se abra el archivo de texto .smbcreds.txt, introduzca sus credenciales de inicio de sesión en el siguiente formato.
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Página 20: Especificación De La Unidad De Red Permanente Como La Carpeta De Resultados Predeterminada
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Instrucciones de montaje de NFS Si NextSeq 1000/2000 Control Software está abierto, seleccione Minimize Application (Minimizar aplicación). Inicie sesión en ilmnadmin. Identifique el nombre de servidor de su servidor NFS. El nombre del servidor no puede incluir espacios, por ejemplo: Nombre del servidor: 192.168.500.100 o Miservidor-miinstituto-03 Seleccione Applications (Aplicaciones). -
Página 21: Configuración Del Modo De Experimento
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Cree un genoma de referencia con la aplicación Reference Builder para Illumina Instruments BaseSpace Sequence Hub. Para obtener más información, consulte la ayuda en línea de la aplicación Reference Builder para Illumina Instruments v1.0.0. -
Página 22: Consideraciones De La Hoja De Muestras Para El Modo Local O Standalone (Independiente)
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 b. Menú desplegable de Hosting Location (Ubicación de alojamiento). [Opcional] Escriba un Private Domain Name (Nombre de dominio privado). Seleccione Save (Guardar). Consideraciones de la hoja de muestras para el modo Local o Standalone (Independiente) Debe utilizar el formato de archivo v2 de hoja de muestras para analizar con DRAGEN. -
Página 23: Consumibles Y Equipos
Consumibles de secuenciación La secuenciación en NextSeq 2000 requiere un kit de reactivos P2 de NextSeq 1000/2000 de Illumina de un solo uso. El kit está disponible en tres tamaños (100 ciclos, 200 ciclos y 300 ciclos). - Página 24 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 A. Cartucho de plástico B. Celda de flujo C. Pestaña gris Millones de nanopocillos cubren la superficie interior de la celda de flujo. Los grupos se generan en los nanopocillos desde los cuales se lleva a cabo posteriormente la reacción de secuenciación. La disposición en trama de los nanopocillos aumenta los datos y las lecturas de resultados.
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Página 25: Número De Ciclos Admitido
La fecha en que caduca el consumible. Para unos resultados óptimos, utilice el consumible antes de esta fecha. Indica el fabricante (Illumina). El uso previsto es Solo para uso en investigaciones. Indica el número de referencia para poder identificar el consumible.¹... -
Página 26: Consumibles Auxiliares
Proveedor Finalidad Guantes desechables sin Proveedor de laboratorio general Uso general. talco Reactivos P2 de Illumina: Proporciona el cartucho de NextSeq 1000/2000 n.º de catálogo 20043738 (100 reactivo y la celda de flujo ciclos) para un único experimento. n.º de catálogo 20043737 (200 ciclos) n.º... -
Página 27: Consumibles Para El Mantenimiento
Finalidad Puntas de pipeta (1000 µl) Proveedor de laboratorio general Perforación del envase metálico del depósito de la biblioteca. Tampón de resuspensión Illumina, proporcionado con los Dilución de bibliotecas para (RSB) kits de preparación de la concentración de carga. bibliotecas [Opcional] 10 mM de Tris-... - Página 28 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Elemento Proveedor Finalidad Pipeta (10 µl) Proveedor de Dilución de bibliotecas para la laboratorio general concentración de carga. Pipeta (20 µl) Proveedor de Dilución de bibliotecas para la laboratorio general concentración de carga y carga de las bibliotecas en el cartucho.
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Página 29: Protocolo
Concentraciones y volumen de carga El volumen de carga es de 20 µl. La concentración de carga varía en función del tipo de biblioteca: Tipo de biblioteca Concentración de carga (pM) AmpliSeq™ for Illumina Library PLUS Illumina DNA Prep Illumina DNA Prep with Enrichment 1000 100 % PhiX... -
Página 30: Número De Ciclos De Una Lectura
BaseSpace Sequence Hub, en la pestaña Planned Runs (Experimentos planificados) en la que se incluyen los experimentos disponibles para ser secuenciados en el sistema de secuenciación NextSeq 2000. Si está configurando un experimento en modo Local, utilice Instrument Run Setup (Configuración del experimento en el instrumento) para crear y exportar su hoja de muestras en formato de archivo v2. - Página 31 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 El nombre del experimento puede contener un máximo de 225 caracteres alfanuméricos, espacios, guiones y guiones bajos. Seleccione una de las siguientes ubicaciones de análisis. • BaseSpace: analice los datos de secuenciación en la nube. •...
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Página 32: Configuración De Un Análisis Secundario
Asegúrese de que las secuencias de índice especificadas en la sección de la hoja de muestras BCLConvert_Data coincidan con el kit de índices seleccionado en NextSeq 2000 y de que la hoja de muestras cumpla con los requisitos de formato. Consulte Configuración de... - Página 33 Local. Esta opción solo está disponible si la ubicación del análisis seleccionada es Local. Illumina DRAGEN Enrichment Utilice los siguientes pasos para configurar el análisis Illumina DRAGEN Enrichment. Seleccione un genoma de referencia. Si es posible, utilice un genoma de referencia con ALT-Aware.
- Página 34 Local. Esta opción solo está disponible si la ubicación del análisis seleccionada es Local. Illumina DRAGEN Germline Utilice los siguientes pasos para configurar el análisis Illumina DRAGEN Germline. Seleccione su genoma de referencia. Si es posible, utilice un genoma de referencia con ALT-Aware.
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Página 35: Descongelación Del Cartucho En La Bolsa
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 • Para guardar la configuración del experimento como una hoja de muestras con formato de archivo v2, seleccione Export Sample Sheet (Exportar hoja de muestras) en la lista desplegable Submit Run (Enviar experimento). La hoja de muestras y los archivos de soporte del análisis secundario se descargan en una carpeta .zip si se ha proporcionado un archivo GTF opcional y son necesarios para iniciar experimentos en sistemas que utilizan el modo Local. -
Página 36: Descongelación En Un Refrigerador
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 arriba o el cartucho se invierte durante la descongelación, los datos de secuenciación se verán afectados de manera negativa. • No supere las ocho horas en el baño de agua. • No descongele más cartuchos al mismo tiempo de los que se puedan introducir en el baño de agua, consulte Equipo auxiliar en la página •... -
Página 37: Preparación De La Celda De Flujo Y De Las Bibliotecas
Para ver las instrucciones de volumen adicional de PhiX, consulte Adición de un control PhiX (opcional) en la página PhiX es una biblioteca de Illumina pequeña y lista para usar con una representación equilibrada de nucleótidos. N.º de documento 1000000109376 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 38: Dilución De La Biblioteca A 2 Nm Para La Concentración De Carga
650 pM y optimícela en experimentos posteriores. En esta tabla, se proporcionan ejemplos de concentraciones de carga. NextSeq 2000 es compatible con todos los kits de preparación de bibliotecas de Illumina, excepto los que requieren cebadores de secuenciación personalizados, pero la concentración de carga óptima puede variar. -
Página 39: Carga De Consumibles En El Cartucho
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Carga de consumibles en el cartucho Este paso prepara el cartucho para la secuenciación mezclando los reactivos precargados y cargando las bibliotecas diluidas y la celda de flujo. Preparación del cartucho Abra la bolsa del cartucho rasgando o cortando con tijeras desde la muesca superior de uno de los lados. -
Página 40: Carga De Bibliotecas
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Empuje para insertar la celda de flujo en la ranura de la parte delantera del cartucho. Oirá un clic que indica que la celda de flujo está en su sitio. Una vez que esté debidamente cargada, la pestaña gris sobresale del cartucho. -
Página 41: Inicio De Un Experimento De Secuenciación
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Inicio de un experimento de secuenciación Este paso inicia un experimento de secuenciación en uno de los cuatro modos: • Modo Cloud (Nube): el experimento se selecciona de una lista de experimentos programados en NextSeq 1000/2000 Control Software. -
Página 42: Inicio De Un Experimento Local
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 [Opcional] Para cambiar la carpeta de resultados, seleccione el campo Output Folder (Carpeta de resultados) e introduzca una nueva ubicación. El campo Output Folder (Carpeta de resultados) se rellena automáticamente a partir de la configuración predeterminada y es obligatorio a menos que esté... -
Página 43: Inicio De Un Experimento Standalone (Independiente)
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 [Opcional] Para cambiar la carpeta de resultados, seleccione el campo Output Folder (Carpeta de resultados) e introduzca una nueva ubicación. El campo Output Folder (Carpeta de resultados) se rellena automáticamente a partir de la configuración predeterminada y es obligatorio a menos que esté... -
Página 44: Carga De Los Consumibles En El Instrumento
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 La hoja de muestras seleccionada debe tener el formato v2. Para crear una hoja de muestras v2, descargue la hoja de muestras generada desde Instrument Run Setup (Configuración del experimento en el instrumento) en BaseSpace Sequence Hub o edite la plantilla de hoja de muestras v2 que se ofrece en la página de asistencia de NextSeq 2000. -
Página 45: Supervisión Del Progreso Del Experimento
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Los consumibles no se pueden reutilizar una vez que empiece la comprobación de la fluídica. Espere unos 15 minutos a que finalicen las comprobaciones previas al experimento. El experimento comienza de manera automática después de finalizar correctamente las comprobaciones. - Página 46 [Opcional] Retire el tapón de purga situado debajo del logotipo de Illumina en el lateral del cartucho; realice esta operación en un lugar adecuado (por ejemplo, un fregadero o un recipiente para residuos líquidos peligrosos) manteniendo el tapón de purga horizontal y mirando hacia abajo, alejado de su rostro.
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Página 47: Resultados De Secuenciación
Descripción general de Análisis en tiempo real El sistema de secuenciación NextSeq 2000 utiliza RTA3, una implementación del software de análisis en tiempo real, en el motor informático del instrumento. RTA3 extrae las intensidades de las imágenes recibidas de la cámara, lleva a cabo una llamada de bases, asigna una puntuación de calidad a las... -
Página 48: Gestión De Errores
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Gestión de errores RTA3 crea archivos de registro y los guarda en la carpeta de registros. Los errores se registran en un archivo de texto con formato *.log. Los archivos de registro siguientes se transfieren a la ubicación de destino de los resultados finales tras completar el procesamiento: info_00000.log contiene un resumen de los eventos importantes del experimento. -
Página 49: Flujo De Trabajo De Análisis En Tiempo Real
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Flujo de trabajo de análisis en tiempo real Registro Registra la ubicación de cada grupo en la celda de flujo de tramas. Extracción de Determina un valor de intensidad para cada grupo. intensidad Corrección de hebra Corrige los efectos de hebra retrasada y hebra adelantada. -
Página 50: Llamada De Bases
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Figura 5 Hebra retrasada y hebra adelantada A. Lectura con una base con hebra retrasada B. Lectura con una base con hebra adelantada RTA3 corrige los efectos de la hebra retrasada y adelantada, lo que aumenta al máximo la calidad de los datos en cada uno de los ciclos del experimento. -
Página 51: Grupos Que Superan El Filtro
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Figura 6 Visualización de intensidades de grupos El color de cada grupo se correlaciona con los diagramas porcentaje de bases en Sequence Analysis Viewer (SAV) y los datos del experimento de BaseSpace Sequence Hub por ciclo, no se correlacionan con los canales verde y azul. -
Página 52: Puntuación De Calidad Y Elaboración De Informes
La puntuación de calidad se basa en una versión modificada del algoritmo Phred. Para generar la tabla Q del sistema de secuenciación NextSeq 2000, se determinaron tres grupos de llamadas de bases en función del agrupamiento de estas características predictivas específicas. -
Página 53: Archivos De Resultados De Secuenciación
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Archivos de resultados de secuenciación Tipo de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos de Cada grupo analizado se incluye en un archivo de llamadas de bases llamadas de bases concatenadas, agregado en un archivo para cada ciclo, carril y superficie. El concatenadas archivo agregado contiene la llamada de bases concatenada y la puntuación de calidad codificada para cada grupo. - Página 54 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Consideraciones sobre el archivo de resultados: • Los archivos FASTQ solo se generan cuando se utiliza el proceso BCLConvert que ejecuta análisis integrados en el instrumento. Otros procesos no generan archivos FASTQ. Los archivos FASTQ no se cargarán en BaseSpace Sequence Hub si se selecciona Proactive, Run Monitoring and Storage (Proactive, Supervisión del experimento y Almacenamiento).
- Página 55 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Componente Tipo Nombre del archivo de resultados Variantes de números de copias • <nombre_muestra>.cnv.vcf.gz Expansión repetida • <nombre_muestra>.repeats.vcf.gz Regiones de homocigosis CSV y BED • <nombre_muestra>.roh_metrics.csv • <nombre_muestra>.roh.bed Proceso DRAGEN RNA El proceso DRAGEN RNA admite la detección de fusión de genes y la cuantificación de transcripción. Para generar archivos de resultados, especifique un archivo GTF en la hoja de muestra o asegúrese de que exista genes.gtf.gz con el genoma de referencia.
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Página 56: Informe De Estadísticas De Demultiplexado
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Componente Tipo Nombre del archivo de resultados Salto de índices • Index_Hopping_Counts.csv Principales códigos de barras • Top_Unknown_Barcodes.csv desconocidos Informe de estadísticas de demultiplexado El informe de estadísticas de demultiplexado contiene información sobre el número de lecturas que superan el filtro asignadas a cada muestra en la hoja de muestras. -
Página 57: Informes De Criterios De Medición Del Adaptador
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Informes de criterios de medición del adaptador El archivo de criterios de medición del adaptador incluye el número de bases de adaptador y de muestra asociadas a cada lectura. Se incluye la siguiente información. Criterio de medición Descripción Lane... -
Página 58: Informe De Principales Códigos De Barras Desconocidos
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Criterio de medición Descripción SampleID El ID de la muestra de la hoja de muestras. Si una lectura no se corresponde con una muestra, el campo muestra undetermined (sin determinar). index La secuencia del Índice 1 de la hoja de muestras. El campo está vacío si una lectura es individual o el valor del ID de la muestra es undetermined (sin determinar). - Página 59 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 [DNA] nombre_muestra.*.vcf.gz [DNA] nombre_muestra.*.gvcf.gz nombre_muestra.*.bam o nombre_muestra.*.cram Logs [RNA] nombre_muestra.fusion_candidates.filter_info [RNA] nombre_muestra.fusion_candidates.final [RNA] nombre_muestra.quant.genes.sf [RNA] nombre_muestra.quant.sf nombre_muestra.metrics.json logs *.txt *.csv RunInstrumentAnalyticsMetrics 0001 dataset.json 0002 dataset.json Reports Demultiplex_Stats.csv RunInfo.xml Trim_Metrics.csv fastq_list.csv SampleSheet.csv Index_Hopping_Counts.csv Top_Unknown_Barcodes.csv Read1InstrumentAnalyticsMetrics 0001 dataset.json 0002...
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Página 60: Mantenimiento
Las actualizaciones de software se integran en un paquete de sistemas, que incluye el siguiente software: • NextSeq 1000/2000 Control Software • Fórmulas de NextSeq 2000 • Universal Copy Service • Real-Time Analysis Los módulos de DRAGEN no se incluyen en el paquete del sistema. Instálelos por separado según sea necesario. -
Página 61: Instalación De Una Actualización Manual Del Software
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 • Manual updates (Actualizaciones manuales): las actualizaciones se descargan manualmente de la Web, se guardan localmente o en una unidad portátil y se instalan desde la ubicación guardada. Para esta opción el instrumento no requiere una conexión a Internet. Instalación de una actualización manual del software Inicie sesión en ilmnadmin. -
Página 62: Actualizaciones De Procesos Y Licencias De Dragen
Si está disponible, seleccione Update (Actualizar). Renovación sin conexión de la licencia de DRAGEN Si el sistema de secuenciación NextSeq 2000 no está conectado a Internet, actualice la licencia de la plataforma de tecnología bioinformática DRAGEN Bio-IT de la siguiente manera. -
Página 63: Sustitución Del Filtro De Aire
Los repuestos adicionales se incluyen con un contrato de servicio del instrumento válido o se pueden adquirir por separado en Illumina. En la parte superior del instrumento, presione sobre el lado derecho del panel superior para desacoplarlo como se muestra en la siguiente ilustración. - Página 64 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Cierre el panel superior y presione para fijarlo en su sitio. Vuelva a colocar el instrumento en la posición original. N.º de documento 1000000109376 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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Página 65: Solución De Problemas
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Solución de problemas En esta sección, se ofrecen instrucciones paso a paso para cancelar un experimento, apagar y encender el instrumento, además de otros procedimientos de solución de problemas. Resolución de mensajes de error En este apéndice, se proporcionan instrucciones detalladas para varios pasos de solución de problemas. -
Página 66: Cancelación De Un Experimento
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Prepare una dilución nueva de la misma biblioteca para el siguiente experimento para evitar la contaminación cruzada de la muestra con la biblioteca residual del depósito. Coloque el cartucho en un almacenamiento entre 2 °C y 8 °C de forma que la etiqueta quede hacia arriba y el aire pueda circular por todos los lados. -
Página 67: Ciclo De Apagado Y Encendido Del Instrumento
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 En el menú del software de control, seleccione Process Management (Gestión del proceso). Asegúrese de que no haya experimentos de secuenciación ni análisis secundarios en curso en el instrumento. Seleccione Requeue (Volver a poner en cola) junto al experimento finalizado que desee volver a poner en cola. -
Página 68: Restablecimiento A La Configuración De Fábrica
Esta imagen del sistema se puede restaurar más adelante. Se recomienda que capture la imagen del sistema inmediatamente después de finalizar la instalación inicial y cambiar la contraseña con un representante de Illumina. Reinicie Linux. Cuando se le solicite elegir un sistema operativo, seleccione Capture Installed Image (Captura de una imagen de instalación). -
Página 69: Restauración De La Imagen Capturada
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Restauración de la imagen capturada Restaure el sistema a la imagen capturada anteriormente para recuperar el sistema de una configuración no deseada. Reinicie Linux. Cuando se le solicite elegir un sistema operativo, seleccione Restore Installed Image (Restaurar imagen de instalación). -
Página 70: Recursos Y Referencias
NextSeq 2000. Cuando accede a la hoja de muestras en el software de control, se copia en una carpeta previa al experimento en el instrumento, de forma que pueda quitar la unidad portátil. -
Página 71: Requisitos De Bcl Convert (Conversión De Bcl)
[BCLConvert_Settings] y [BCLConvert_Data]. Las secciones BCL Convert (Conversión de BCL) requieren información sobre las secuencias del adaptador de índices. Para identificar la secuencia del adaptador compatible para cada lectura e índice, consulte Secuencias de adaptadores de Illumina (n.º de documento 1000000002694). -
Página 72: Configuración De Las Hojas De Muestras De Dragen
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 Campo Necesario Descripción OverrideCycles Cadena utilizada para especificar ciclos UMI y desenmascarar ciclos de una lectura. Se permiten los siguientes valores: • N: especifica los ciclos a ignorar. • Y: especifica los ciclos de secuenciación. •... -
Página 73: Requisitos Del Proceso Dragen Germline
Utilice el nombre del genoma de referencia de /usr/local/illumina/genomes. Para utilizar un genoma de referencia personalizado, consulte la Ayuda en línea de la aplicación Reference Builder para Illumina Instruments v1.0.0 e Importación de genomas de referencia personalizados en la página MapAlignOutFormat El formato del archivo de resultados. -
Página 74: Requisitos Del Proceso Dragen Rna
Sí El nombre del genoma de referencia. Por ejemplo, hg38_ noalt_with_decoy. Utilice el nombre del genoma de referencia de /usr/local/illumina/genomes. Para utilizar un genoma de referencia personalizado, consulte la Ayuda en línea de la aplicación Reference Builder para Illumina Instruments v1.0.0 e Importación de genomas de... -
Página 75: Requisitos Del Proceso Dragen Enrichment
Los genomas de referencia se encuentran en /usr/local/illumina/genomes. Para utilizar un genoma de referencia personalizado, consulte la Ayuda en línea de la aplicación Reference Builder para Illumina Instruments v1.0.0 e Importación de genomas de referencia personalizados en la página BedFile Sí... -
Página 76: Índice Alfabético
Índice alfabético asistencia al cliente 74 Asistencia de Illumina Proactive 11 % de PF 45 ausencia de llamadas 43-44 ayuda técnica 74 actualizaciones automáticas 54 actualizaciones manuales de software 54 adquisición de imágenes 41-42 bandeja para gotas advertencias 5, 61... - Página 77 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 carriles 42 documentación 74 cartucho documentación técnica 46 almacenamiento 60 dominio privado 11 eliminación 60 dominios 11 orientación de carga 38 CE 41 eliminar experimentos 6, 54 ciclo de apagado y encendido 59 errores 5, 61 compartimento de consumibles 3 mensajes 59 comprobaciones del sistema 59...
- Página 78 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 generación de plantillas 43 nanopocillos 43 nombre de ordenador 5 hebra retrasada y hebra adelantada 43 nucleótidos 44 numeración de placas 42 numeración de superficies 42 iconos 5 número de serie 5 imágenes 41 números de catálogo 20 inicialización 61 fallo 61...
- Página 79 Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000 reactivos toallitas con lejía 21 eliminación 60 toallitas humedecidas en alcohol 21 Reactivos NextSeq 1000/2000 20 reanudación de experimentos 60 ubicación de alojamiento 11 recuento de experimentos 5 ubicación de servidor 11 registros de errores 42 ubicaciones de grupos 41, 47 reiniciar 62-63 unidad D 54...
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Página 80: Asistencia Técnica
Taiwán 0 080 665 17 52 Otros países +44 1799534000 Hojas de datos de seguridad (SDS): disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: Disponible para su descarga de support.illumina.com. N.º de documento 1000000109376 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. -
Página 81: N.º De Documento 1000000109376 V01 Esp
N.º de documento 1000000109376 v01 ESP Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) +1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2020 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.