Secuenciación; Análisis Secundario - Illumina NextSeq 1000 Guia Del Usuario

Guía del sistema de secuenciación NextSeq 1000 y 2000
unen a la superficie de la celda de flujo y se amplifican para formar grupos
dura aproximadamente 4 horas.
Secuenciación
Se adquieren imágenes de los grupos con composiciones químicas de dos canales, un canal verde y un
canal azul, para codificar los datos para los cuatro nucleótidos. Tras la adquisición de imágenes de una
placa en la celda de flujo, se procede a la adquisición de imágenes de la placa siguiente. El proceso se
repite para cada ciclo de secuenciación (5 minutos aproximadamente por ciclo). Después del análisis
de imágenes, el software de análisis en tiempo real ejecuta las llamadas de bases
puntuación de calidad.
Análisis principal
A medida que el experimento avanza, el software de control transfiere de forma automática archivos
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de llamada de bases
Durante el experimento de secuenciación, el análisis en tiempo real (RTA3) ejecuta análisis de
imágenes, llamadas de bases y demultiplexado
análisis secundario. El método de análisis de datos secundario depende de la configuración del sistema
y de la aplicación.
Análisis secundario
BaseSpace Sequence Hub es el entorno informático basado en la nube de Illumina para la supervisión
de experimentos, el análisis de los datos, el almacenamiento y la colaboración. Alberga DRAGEN y las
aplicaciones de BaseSpace Sequence Hub, que admiten los métodos de análisis comunes para la
secuenciación.
Una vez que se ha realizado el análisis de secuenciación inicial, DRAGEN realiza un análisis secundario
utilizando uno de los procesos de análisis disponibles.
Si utiliza el modo Cloud (Nube) o Hybrid (Híbrido), DRAGEN recupera la hoja de muestras, el genoma de
referencia y los archivos de entrada de experimentos de Instrument Run Setup (Configuración del
experimento en el instrumento) en BaseSpace Sequence Hub. Para el modo Cloud (Nube), los datos
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Un grupo clónico de cadenas de ADN de una celda de flujo que produce una lectura de secuenciación. Cada
cadena de ADN de la celda de flujo genera una cadena molde que se amplifica hasta que el grupo consta de cientos
o miles de copias. Por ejemplo, una celda de flujo con 10 000 grupos produce 10 000 lecturas individuales o 20 000
lecturas "paired-end".
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Determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa determinada en un ciclo específico.
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Calcula un conjunto de predictores de calidad para cada llamada de bases y, a continuación, utiliza los valores de
los predictores para determinar la puntuación Q.
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Contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad asociada a cada grupo de cada uno de los ciclos de
secuenciación.
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Proceso de análisis que diferencia las lecturas de cada biblioteca de un grupo.
N.º de documento 1000000109376 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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(*.cbcl) a la carpeta de resultados especificada para el análisis de los datos.
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. Una vez finalizada la secuenciación, comienza el
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. La generación de clústeres
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, el filtrado y la
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