Manuales relacionados para Illumina HiSeq 4000
Resumen de contenidos para Illumina HiSeq 4000
- Página 1 HiSeq 4000 Guía del sistema N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630 PROPIEDAD DE ILLUMINA Marzo de 2018 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. ...
- Página 2 Guía del sistema HiSeq 4000 Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.
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Página 3: Historial De Revisiones
Marzo Incorporación de información sobre el servicio de supervisión N.º de documento 15066496 v05 de 2018 proactiva de Illumina en la sección Visualización y envío de datos del instrumento. Modificación de la información sobre reactivos para sustituir HP12 por HP14. - Página 4 • El nombre de usuario y la contraseña predeterminados necesarios para iniciar sesión en el sistema operativo. Illumina recomienda utilizar credenciales específicas del centro. • El número del catálogo de esta guía. Corrección de los elementos siguientes: •...
- Página 5 Guía del sistema HiSeq 4000 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de material 20000063 Agosto Actualización de las descripciones de software al software N.º de documento 15066496 v01 de 2015 de control de HiSeq v3.3.52, que añade las características siguientes: • La opción de secuenciación de una celda de flujo de lectura individual.
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Página 6: Tabla De Contenido
Contenido Historial de revisiones Capítulo 1 Descripción general Introducción Recursos adicionales Componentes del instrumento Descripción general de los consumibles de secuenciación Capítulo 2 Primeros pasos Inicio de HiSeq 4000 Personalización de los ajustes del sistema Visualización y envío de datos del instrumento Consumibles proporcionados por el usuario Capítulo 3 Preparación de reactivos Introducción... - Página 7 Guía del sistema HiSeq 4000 Posible rehibridación del cebador de lectura 1 Apéndice B Análisis en tiempo real Descripción general del análisis en tiempo real Flujo de trabajo de análisis en tiempo real Apéndice C Archivos de resultados Archivos de resultados de secuenciación Estructura de las carpetas de resultados Numeración de placas Índice alfabético...
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Página 8: Capítulo 1 Descripción General
BaseSpace Sequence Hub o a BaseSpace Onsite Sequence Hub. Recursos adicionales La documentación siguiente está disponible para su descarga en el sitio web de Illumina. Revise siempre las páginas de asistencia para obtener las versiones más recientes. -
Página 9: Componentes Del Instrumento
HiSeq 3000 (n.º de documento 15066491) Visite la página de asistencia del sistema HiSeq 4000 en el sitio web de Illumina para acceder a la documentación, las descargas de software, la formación en línea y las preguntas frecuentes. Componentes del instrumento El sistema HiSeq 4000 se compone del instrumento, el monitor, el ordenador de control del instrumento y los... -
Página 10: Compartimento De La Celda De Flujo
Guía del sistema HiSeq 4000 E Compartimento de reactivos: Contiene gradillas de reactivos que a su vez contienen los reactivos necesarios para los experimentos de secuenciación y la solución de lavado para el lavado del instrumento. Compartimento de la celda de flujo El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo, las estaciones térmicas, el sistema de vacío y las conexiones de fluídica para cada celda de flujo. -
Página 11: Software De Hiseq 4000
Guía del sistema HiSeq 4000 Refrigerador de reactivos : El refrigerador de reactivos contiene gradillas de reactivos y mantiene una temperatura interna de entre 2 °C y 8 °C. Figura 3 Compartimento de reactivos A Mangos de los dispensadores B Gradilla de reactivos "paired-end" y de indexación C Gradilla de reactivos SBS de la celda de flujo A D Gradilla de reactivos SBS de la celda de flujo B Software de HiSeq 4000... -
Página 12: Indicadores De Actividad Y Del Sensor
Guía del sistema HiSeq 4000 Icono de Nombre de estado Descripción estado Información Solo información. No se requiere ninguna acción. Atención Información que puede requerir atención. Advertencia Las advertencias no detienen un experimento, pero pueden requerir una acción antes de continuar. Error Los errores normalmente detienen los experimentos y suelen requerir acciones antes de continuar con el experimento. -
Página 13: Servicio De Copia De Experimentos
Guía del sistema HiSeq 4000 Servicio de copia de experimentos El estado de la transferencia del servicio de copia de experimentos determina si puede iniciar un nuevo experimento o formatear de forma segura la unidad de salida. Icono de Descripción estado Los datos se están transfiriendo. -
Página 14: Descripción General De Los Consumibles De Secuenciación
Guía del sistema HiSeq 4000 Descripción general de los consumibles de secuenciación Para realizar un experimento en HiSeq 4000, se necesita un kit de SBS de HiSeq 3000/4000 y un kit de generación de grupos. Los kits de generación de grupos están disponibles en las versiones "paired-end" (PE) y de lectura individual (SR). -
Página 15: Capítulo 2 Primeros Pasos
Capítulo 2 Primeros pasos Inicio de HiSeq 4000 Personalización de los ajustes del sistema Visualización y envío de datos del instrumento Consumibles proporcionados por el usuario Inicio de HiSeq 4000 Inicie el ordenador de control del instrumento. Espere a que el sistema se cargue y, a continuación, inicie sesión en el sistema operativo. De ser necesario, póngase en contacto con el administrador de las instalaciones para conocer el nombre de usuario y la contraseña. -
Página 16: Personalización De Los Ajustes Del Sistema
B. NOTA Illumina recomienda establecer una ubicación de red para las carpetas de resultados. No obstante, si la ubicación difiere de la carpeta temporal de HiSeq, puede especificar una ubicación dentro de la unidad O:\. -
Página 17: Configuración De Un Dominio
Illumina to help Illumina improve its products (Enviar información sobre el estado del instrumento a Illumina para ayudar a Illumina a mejorar sus productos) para activar el servicio de supervisión proactiva de Illumina. El nombre del ajuste en la interfaz de software puede diferir del nombre que figura en esta guía, dependiendo de la versión de HCS que se esté... -
Página 18: Consumibles Proporcionados Por El Usuario
Guía del sistema HiSeq 4000 Consumibles proporcionados por el usuario Consumible Proveedor Finalidad Paños humedecidos VWR, n.º de catálogo 95041-714 Limpieza de la celda de flujo y de la Proveedor de laboratorio general en alcohol isopropilo al 70 % platina de la celda de flujo. en etanol al 70 % Bidón, 6 litros mínimo Proveedor de laboratorio general... -
Página 19: Capítulo 3 Preparación De Reactivos
Capítulo 3 Preparación de reactivos Introducción Preparación de los reactivos SBS Preparación de los reactivos "paired-end" y de indexado Introducción Antes de configurar el experimento, prepare todos los reactivos para la secuenciación: los reactivos SBS, los reactivos de indexado y los reactivos "paired-end". Durante la configuración del experimento, todos los reactivos se cargan cuando se lo solicita el software. -
Página 20: Descongelación Y Preparación De Reactivos "Paired-End" Y De Indexado
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Descongelación y preparación de reactivos "paired-end" y de indexado Extraiga los reactivos siguientes, almacenados a una temperatura de entre −25 °C y −15 °C. -
Página 21: Capítulo 4 Secuenciación
(Cancelar) para abandonar la configuración del experimento y volver a la pantalla Welcome (Bienvenida). Visite la página de especificaciones de HiSeq 4000 en el sitio web de Illumina para obtener información sobre la duración del experimento y otras especificaciones de rendimiento. Estratificación de experimentos Puede iniciar un nuevo experimento en la celda de flujo A o en la celda de flujo B si hay un experimento en curso en la celda de flujo adyacente. -
Página 22: Introducción De Parámetros Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 4000 Cargue los reactivos SBS para la lectura 1 y la lectura 2. Si procede, cargue los reactivos "paired- end" y de indexado. Utilice una celda de flujo usada para confirmar el flujo correcto. Cebe los reactivos SBS y mida los residuos de cebado. Cargue una celda de flujo agrupada HiSeq 3000/4000 y confirme que el flujo es correcto. -
Página 23: Pantalla De Configuración De La Celda De Flujo
Guía del sistema HiSeq 4000 El software guarda automáticamente todas las imágenes de las vistas en miniatura. Una imagen en miniatura es una muestra de imágenes de muchas placas de cada columna de placas o sector, combinada en una imagen. Seleccione Next (Siguiente). Pantalla de configuración de la celda de flujo La pantalla Flow Cell Setup (Configuración de la celda de flujo) registra información acerca de la celda de flujo utilizada en el experimento. -
Página 24: Pantalla De Hoja De Muestras
Guía del sistema HiSeq 4000 Si seleccionó la opción de indexado Custom (Personalizado), introduzca el número de ciclos para cada lectura del índice. NOTA Las longitudes de lectura no tienen por qué coincidir. Confirme los siguientes parámetros de química rellenados automáticamente. SBS: HiSeq 3000/4000 SBS Kit (Kit de SBS de HiSeq 3000/4000): Muestra el proceso químico de SBS empleado en la lectura 1 y en la lectura 2. -
Página 25: Pantalla De Revisión
Guía del sistema HiSeq 4000 Seleccione Next (Siguiente). Pantalla de revisión Revise los parámetros del experimento en la pantalla Review (Revisión). Seleccione Next (Siguiente) para continuar o Back (Atrás) para modificar los parámetros. Carga y cebado de reactivos Tras introducir los parámetros del experimento, cargue los reactivos SBS, de indexado y "paired-end" para el experimento y, a continuación, cebe los reactivos mediante el sistema de fluídica. -
Página 26: Carga De Reactivos "Paired-End" Y De Indexado
Guía del sistema HiSeq 4000 Deslice la gradilla hacia dentro del compartimento de reactivos y alinéela con la guía elevada del suelo del compartimento. Baje los dispensadores e introdúzcalos en las botellas de reactivos SBS como se indica a continuación. Tire del mango del dispensador hacia usted y bájelo. Compruebe que los dispensadores no se doblan cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo. -
Página 27: Cebado De Reactivos
Guía del sistema HiSeq 4000 Posición Reactivo Descripción Mezcla de desnaturalización de HT (contiene formamida) 10 ml de PW1 o de agua de laboratorio HP14 Mezcla para cebador de índice 1 10 ml de PW1 o de agua de laboratorio 10 ml de PW1 o de agua de laboratorio * Se requiere HRM solamente para experimentos de doble índice. - Página 28 Guía del sistema HiSeq 4000 Figura 7 Celda de flujo encastrada entre los pasadores guía superiores y de la parte derecha A Pasador guía superior B Pasadores guía derechos Retire la mano de la celda de flujo para evitar que se desalinee. Lentamente, mueva la palanca de la celda de flujo a la posición 1 para activar el vacío y fijar la celda de flujo.
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Página 29: Colocación De Los Tubos E Inicio Del Cebado
Guía del sistema HiSeq 4000 Seleccione Next (Siguiente). Colocación de los tubos e inicio del cebado Extraiga los ocho tubos de residuos correspondientes a la celda de flujo adecuada del contenedor de residuos. Figura 8 Colocación de los tubos A Tubos de residuos de la celda de flujo para las posiciones de los reactivos 1-8 B Tubos de la bomba de condensación Coloque cada tubo de residuos en un tubo independiente y vacío de 15 ml. -
Página 30: Limpieza Del Soporte De La Celda De Flujo
Guía del sistema HiSeq 4000 Limpieza del soporte de la celda de flujo Utilice un nuevo par de guantes de látex sin polvo. Limpie la superficie del soporte de la celda de flujo con una toallita sin pelusa humedecida con agua de laboratorio para eliminar las sales. -
Página 31: Confirmación Del Flujo Adecuado
Guía del sistema HiSeq 4000 Retire la mano de la celda de flujo para evitar que se desalinee posteriormente. Lentamente, mueva la palanca de la celda de flujo a la posición 1 para activar el vacío y fijar la celda de flujo. Cuando la palanca de la celda de flujo parpadee en color verde, el vacío está... -
Página 32: Supervisión Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 4000 Supervisión del experimento Supervise los criterios de medición del experimento desde la pantalla de resumen del experimento. Figura 11 Pantalla de resumen del experimento A Barra de progreso: Supervise el número de ciclos finalizados. B Imagen de celda de flujo: Supervise los carriles a los que se ha tomado imagen. C Gráfico del sistema de fluídica: Amplíe la sección del sistema de fluídica para supervisar los pasos de química. -
Página 33: Descarga De Reactivos
Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Realización de un lavado con agua Es necesario efectuar un lavado con agua después de cada experimento de secuenciación para limpiar el sistema y comprobar el sistema de fluídica. -
Página 34: Formateo Rápido De Las Unidades De Salida Y De Almacenamiento Temporal
Guía del sistema HiSeq 4000 Realice una comprobación del sistema de fluídica de la siguiente manera: Seleccione la solución 2 en la lista desplegable. Acepte los valores predeterminados de la bomba. Seleccione Pump (Dispensar). Compruebe que no existan burbujas en los carriles de la celda de flujo ni fugas cerca de los distribuidores. -
Página 35: Capítulo 5 Mantenimiento
Mantenimiento preventivo Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable. -
Página 36: Tween 20 Y Proclin 300
Guía del sistema HiSeq 4000 Combine los siguientes volúmenes en el bidón, añadiendo el agua en primer lugar: Agua de laboratorio (750 ml) Tween 20 al 10 % (250 ml) ProClin 300 (1,5 ml) Estos volúmenes dan lugar a una solución que se compone de Tween 20 al 2,5 % y de ProClin 300 al 0,15 % aproximadamente. - Página 37 Guía del sistema HiSeq 4000 Figura 12 Retirada de las juntas usadas de los distribuidores Coloque una junta nueva en cada ranura de los extremos delantero y trasero del soporte de la celda de flujo. Presione ligeramente hasta que se coloque. 10 Cargue de nuevo la celda de flujo que retiró...
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Página 38: Lavado Con Tween
Guía del sistema HiSeq 4000 Lavado de mantenimiento con Tween 20 Preparación de la solución de lavado de mantenimiento Prepare siempre una solución de lavado nueva para los lavados de mantenimiento con Tween 20. Prepare 5 litros de solución de lavado de mantenimiento. Este volumen es suficiente para lavar los dos lados de un instrumento. - Página 39 Guía del sistema HiSeq 4000 Figura 13 Retirada de las juntas usadas de los distribuidores Coloque una junta nueva en cada ranura de los extremos delantero y trasero del soporte de la celda de flujo. Presione ligeramente hasta que se coloque. Cargue de nuevo la celda de flujo que retiró...
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Página 40: Lavado Con Agua
Guía del sistema HiSeq 4000 Lavado con agua Si el instrumento va a estar inactivo durante más de 5 días tras el lavado con Tween 20, realice un lavado con agua. El lavado con agua permite aclarar los restos de Tween 20 del sistema de fluídica. En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Wash | Water Wash (Lavado | Lavado con agua). - Página 41 Guía del sistema HiSeq 4000 PRECAUCIÓN Procure que no entre alcohol en los orificios de vacío o alrededor de los distribuidores. Si es necesario, utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina. Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posición de las gradillas de reactivos y, a continuación, baje los dispensadores.
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Página 42: Apéndice A Solución De Problemas
Apéndice A Solución de problemas Archivo de registro Posibles problemas de configuración de experimentos Realización de una comprobación de fluídica Pausa o finalización de un experimento en HiSeq 4000 Escalonamiento de experimentos en la celda de flujo A y la celda de flujo B Posible rehibridación del cebador de lectura 1 Archivo de registro El archivo de registro enumera los errores que se hayan producido en el software de control. -
Página 43: Realización De Una Comprobación De Fluídica
Guía del sistema HiSeq 4000 Problema Causa posible Acción La pérdida de registro en la La celda de flujo no se ha Si el experimento no ha terminado la respuesta "paired-end", lectura 1 se caracteriza por asentado correctamente. detenga el experimento y rehibride la celda de flujo. Antes de la ausencia de intensidades reiniciar el experimento, consulte Carga de la celda de flujo... -
Página 44: Cambio De Reactivos Durante Un Experimento
Guía del sistema HiSeq 4000 RTA2 se reanuda automáticamente tras reanudar un experimento puesto en pausa, de forma que el experimento puede reanudarse sin perder datos. Para obtener más información, consulte Análisis en tiempo real en la página Desde la pantalla de resumen del experimento, seleccione Pause | Normal Pause (Pausar | Pausa normal). -
Página 45: Escalonamiento De Experimentos En La Celda De Flujo A Y La Celda De Flujo B
La rehibridación del cebador de lectura 1 se realiza en cBot y no daña los grupos de la celda de flujo. Para la hibridación del cebador de lectura 1 en una celda de flujo estampada de HiSeq 4000, es preciso contar con los siguientes consumibles de Illumina: Kit de rehibridación de cebadores de HiSeq 3000/4000 de cBot (n.º de catálogo GD-305-2001) Distribuidor de cBot de HiSeq (n.º... -
Página 46: Apéndice B Análisis En Tiempo Real
HiSeq 4000, utilice el software bcl2fastqv2.16 o una versión posterior. Para obtener información sobre la versión del software actual y descargar información, consulte la página de asistencia de HiSeq 4000 en el sitio web de Illumina. N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630... -
Página 47: Gestión De Errores
Guía del sistema HiSeq 4000 RTA2 proporciona criterios de medición en tiempo real de experimentos de calidad guardados como archivos InterOp. Los archivos InterOp son archivos binarios que contienen datos relacionados con placas, ciclos y lecturas y se requieren para la visualización de datos en el visor del análisis de secuenciación. Para ver los criterios de medición generados por RTA2, utilice SAV v1.10.2 o una versión posterior. -
Página 48: Generación De Plantillas
Guía del sistema HiSeq 4000 Puntuación de calidad Asigna una puntuación de calidad a cada llamada de bases. Generación de plantillas La generación de plantillas determina la posición de cada grupo en una placa mediante coordenadas X e Y. La plantilla se utiliza como referencia en el paso siguiente de registro y extracción de intensidad. Gracias a la matriz de la celda de flujo de tramas, todas las posiciones de grupos se predeterminan de acuerdo con el número de filas, el número de columnas y la distancia entre los nanopocillos de la celda de flujo. -
Página 49: Llamada De Bases
Guía del sistema HiSeq 4000 La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa. La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza. Figura 14 Hebra retrasada y hebra adelantada A Lectura con una base con hebra retrasada B Lectura con una base con hebra adelantada RTA2 corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada mediante el uso del algoritmo de corrección empírica de hebras que maximiza la calidad de los datos en cada ciclo durante el experimento. -
Página 50: Puntuación De Calidad
Guía del sistema HiSeq 4000 Figura 15 Pocillos vacíos y policlonales (incluidos en el recuento de grupos sin procesar) Figura 16 Pocillos con grupos que no superan el filtro (representados en gris) Puntuación de calidad Una puntuación de calidad, o puntuación Q, es una predicción de la probabilidad de obtener una llamada de bases incorrecta. -
Página 51: Agrupación De Puntuaciones Q
Guía del sistema HiSeq 4000 Agrupación de puntuaciones Q RTA2 agrupa las puntuaciones de calidad en rangos específicos, o grupos, y asigna un valor a cada rango. La agrupación de puntuaciones Q reduce considerablemente los requisitos de espacio de almacenamiento sin que ello afecte a la precisión o al rendimiento de las aplicaciones sucesivas. La agrupación de puntuaciones Q contribuye a la eficiencia de los procesos de análisis y a los requisitos en materia de transferencia de datos relacionados con la alta productividad del sistema HiSeq 4000. -
Página 52: Apéndice C Archivos De Resultados
Apéndice C Archivos de resultados Archivos de resultados de secuenciación Estructura de las carpetas de resultados Numeración de placas Archivos de resultados de secuenciación Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos de llamadas de Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases, que contiene la llamada bases de bases y la puntuación de calidad codificada. -
Página 53: Nombre Y Ruta De La Carpeta Del Experimento
Guía del sistema HiSeq 4000 s.locs Images (Imágenes) Focus (Enfoque) L00 [X]: Imágenes de enfoque para cada carril InterOp: Archivos binarios utilizados por el visor del análisis de secuenciación Logs (Archivos de registro): Archivos de registro que describen los sucesos operativos Recipe (Fórmula): Archivo de la fórmula específico del experimento con el nombre del ID del cartucho de reactivo RTALogs: Archivos de registro que describen los sucesos de RTA2... - Página 54 Guía del sistema HiSeq 4000 El segundo dígito representa el sector de la siguiente manera: 1 corresponde al primer sector 2 corresponde al segundo sector Los dos últimos dígitos representan la placa, de 01 a 28. La numeración de las placas comienza por 01 en el extremo de salida de la celda de flujo hasta 28 en el extremo de entrada.
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Página 55: Índice Alfabético
2, 40 integración 1 consumibles BaseSpace Sequence Hub kits de secuenciación de Illumina 7 conectar un experimento 15 proporcionados por el usuario 11 N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. ... - Página 56 17 compresión 44 convertir 39 envío a Illumina 10 servicio proactivo de Illumina 10 iconos 4-5 datos de conversión 39 estado de la transferencia de datos 5 denominación iconos del servicio de copia de experimentos 6 placas 46 imágenes, guardar 15...
- Página 57 4 usuario 11 registro, solucionar problemas 41 distribuidores 38 registros de error 35 kits de rehibridación de Illumina 38 registros de errores 40 rehibridación 37-38 reiniciar el instrumento 34 residuo de cebado 22 Opciones de indexado 16 reutilización de una solución de lavado de...
- Página 58 Guía del sistema HiSeq 4000 seguridad 2 sensores 5 servicio de copia de experimentos 5, 40 Servicio de supervisión proactiva de Illumina 10 sistema de fluídica 3 acceso 2 mantenimiento 28 solucionar problemas 35-36 sistema de vacío 3 software aplicaciones instaladas 4...
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Página 59: Asistencia Técnica
Hojas de datos de seguridad (SDS): Disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: Disponible para su descarga en formato PDF en el sitio web de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación, seleccione Documentation & Literature (Documentación y bibliografía). -
Página 60: De Documento 15066496 V05 Esp N.º De Material 20015630
N.º de material 20015630 Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2018 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.