Tabla de contenido
Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000
Puntuación Q, Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Puntuación de calidad y elaboración de informes
Para la puntuación de calidad, se calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases y, a
continuación, se utilizan los valores de los predictores para determinar la puntuación Q en la tabla de
calidad. Las tablas de calidad se crean para proporcionar predicciones de calidad con una precisión
óptima de experimentos generados mediante una configuración específica de la plataforma de
secuenciación y una versión de composición química concreta.
La puntuación de calidad se basa en una versión modificada del algoritmo Phred.
Para generar la tabla Q del sistema de secuenciación NextSeq 2000, se determinaron tres grupos de
llamadas de bases en función del agrupamiento de estas características predictivas específicas.
Después de la agrupación de las llamadas de bases, se calculó empíricamente la tasa de error media
de cada uno de los tres grupos y las puntuaciones Q correspondientes se registraron en la tabla Q junto
con las características predictivas que se correlacionan con ese grupo. Como tal, solo son posibles
tres puntuaciones Q con RTA3 y estas puntuaciones Q representan la tasa de error promedio del grupo
(Figura
7). En general, esto da como resultado una puntuación de calidad simplificada pero muy precisa.
Los tres grupos de la tabla de calidad se corresponden a llamadas base de calidad marginal (< Q15),
media (aprox. Q20) y alta (> Q30) y se les asignan puntuaciones específicas de 12, 23 y 37,
respectivamente. Además, se asigna una puntuación nula de 2 en caso de ausencia de llamadas. El
modelo de elaboración de informes de puntuaciones de calidad (puntuaciones Q) reduce los requisitos
de espacio de almacenamiento y ancho de banda sin detrimento de la precisión o el rendimiento.
Figura 7
Puntuación Q simplificada con RTA3
N.º de documento 1000000109376 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Probabilidad de error
0,0001 (1 entre 10 000)
0,001 (1 entre 1000)
0,01 (1 entre 100)
0,1 (1 entre 10)
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