Puntuaciones De Calidad - Illumina NovaSeq 6000 Guia Del Usuario

Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000
Base Canal rojo
G 0 (apagado)
T 0 (apagado)
Grupos que superan el filtro
Durante el experimento, RTA3 filtra incidencias para eliminar las lecturas que no satisfagan el umbral de
calidad de los datos. Los grupos que se solapan o de baja calidad se eliminan.
En el caso del análisis de dos canales, RTA3 utiliza un sistema basado en la población para determinar la
castidad (medición de pureza de la intensidad) de una llamada de bases. Los grupos superan el filtro (PF)
cuando solo una llamada de bases de los primeros 25 ciclos tiene un valor de castidad inferior al umbral
fijado. La alineación de PhiX se lleva a cabo en el ciclo 26 en un subconjunto de placas de grupos que
superan el filtro. Los grupos que no superan el filtro no se alinean ni se realiza en ellos la llamada de bases.

Puntuaciones de calidad

Una puntuación de calidad (puntuación Q) es una predicción de la probabilidad de obtener una llamada de
bases incorrecta. Una puntuación Q superior implica que la llamada de bases tiene una calidad mayor y es
más probable que sea correcta. Tras determinar la puntuación Q, los resultados se registran en archivos de
llamada de bases (*.cbcl).
La puntuación Q comunica brevemente pequeñas probabilidades de error. Las puntuaciones de calidad se
representan como Q(X), donde X es la puntuación. En la siguiente tabla, figura la relación entre una
puntuación de calidad y la probabilidad de error.
Puntuación Q, Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Puntuación de calidad y elaboración de informes
Para la puntuación de calidad, se calcula un conjunto de predictores para cada llamada de bases y, a
continuación, se utilizan los valores de los predictores para determinar la puntuación Q en la tabla de
calidad. Las tablas de calidad se crean para proporcionar predicciones de calidad con una precisión óptima
de experimentos generados mediante una configuración específica de la plataforma de secuenciación y una
versión de composición química concreta.
NOTA
La puntuación de calidad se basa en una versión modificada del algoritmo Phred.
RTA3 asigna a cada llamada de bases una de las tres puntuaciones de calidad según su grado de confianza.
El modelo de elaboración de informes de puntuaciones de calidad (puntuaciones Q) reduce los requisitos de
espacio de almacenamiento y ancho de banda sin detrimento de la precisión o el rendimiento.
Para obtener información acerca de la puntuación de calidad, consulte Puntuaciones de calidad del sistema
NovaSeq™ 6000 y software RTA3 (n.º de publicación 770-2017-010).
N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Canal verde Resultado
0 (apagado) Grupos que no presentan intensidad en una ubicación de
grupos conocida.
1 (encendido) Los grupos que presentan intensidad solo en el canal
verde.
Probabilidad de error
0,0001 (1 entre 10 000)
0,001 (1 entre 1000)
0,01 (1 entre 100)
0,1 (1 entre 10)
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