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Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000
Número de ciclos de una lectura
Para cada lectura, introducir un mínimo de 26 ciclos y un máximo de 151 ciclos ayudará a garantizar
unos datos de calidad. El número exacto de ciclos dependerá del experimento. NextSeq 1000/2000
Control Software requiere al menos 1 ciclo para la Lectura 1, pero muestra una advertencia si el número
de ciclos de la Lectura 1 es inferior a 26.
El número total de ciclos de la Lectura 1, el Índice 1, el Índice 2 y la Lectura 2 no puede ser superior al
número de ciclos admitido por el kit más 27. NextSeq 1000/2000 Control Software mostrará una
advertencia cuando el Índice 1 y el Índice 2 tengan menos de 6 ciclos. La advertencia no se mostrará si
el Índice 1 o el Índice 2 tienen 0 ciclos.
En los números de ciclo mínimo y máximo se incluye un ciclo adicional. Añada siempre un ciclo a la
longitud de lectura deseada para corregir los efectos de hebra retrasada y hebra adelantada. La longitud
de lectura es el número de ciclos de secuenciación en la Lectura 1 y la Lectura 2, la cual excluye los
ciclos adicionales y los ciclos de índices. Para obtener más información, consulte Corrección de hebra
retrasada en
Flujo de trabajo de análisis en tiempo real en la página
Ejemplo de configuración de experimento:
•
Para una longitud de lectura de 35 ciclos (lectura individual), introduzca 36 en el campo Read 1
(Lectura 1).
•
Para una longitud de lectura de 150 ciclos por lectura ("paired-end"), introduzca 151 en el campo
Read 1 (Lectura 1) y 151 en el campo Read 2 (Lectura 2).
Planificación de un experimento de secuenciación en BaseSpace Sequence
Hub
Utilice Instrument Run Setup (Configuración del experimento en el instrumento) en BaseSpace
Sequence Hub para crear y configurar los ajustes de su experimento.
Si está configurando un experimento en modo Cloud (Nube) o Hybrid (Híbrido), envíe la configuración
del experimento a la lista de experimentos planificados de su cuenta de BaseSpace Sequence Hub, en
la pestaña Planned Runs (Experimentos planificados) en la que se incluyen los experimentos
disponibles para ser secuenciados en el sistema de secuenciación NextSeq 2000.
Si está configurando un experimento en modo Local, utilice Instrument Run Setup (Configuración del
experimento en el instrumento) para crear y exportar su hoja de muestras en formato de archivo v2. O
bien, consulte
Configuración de la hoja de muestras v2 en la página 64
sin BaseSpace Sequence Hub utilizando una plantilla proporcionada.
Configuración de experimentos
1.
Navegue hasta BaseSpace Sequence Hub.
2.
Introduzca su dirección de correo electrónico y la contraseña de BaseSpace Sequence Hub y, a
continuación, seleccione Sign In (Iniciar sesión).
3.
Seleccione la ficha Run Planning (Planificación del experimento) y, a continuación, seleccione
Instrument Run Setup (Configuración del experimento en el instrumento).
4.
Seleccione NextSeq 1000/2000.
5.
En el campo Run Name (Nombre del experimento), introduzca un nombre único de su preferencia
para identificar el experimento actual.
N.º de documento 1000000109376 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
43.
para crear una hoja de muestras
24
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