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Illumina NovaSeq 6000 Guia Del Usuario

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NovaSeq 6000
Guía del sistema de secuenciación
N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471
Febrero de 2019
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
PROPIEDAD DE ILLUMINA
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Manuales relacionados para Illumina NovaSeq 6000

Resumen de contenidos para Illumina NovaSeq 6000

  • Página 1 NovaSeq 6000 Guía del sistema de secuenciación N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471 PROPIEDAD DE ILLUMINA Febrero de 2019 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
  • Página 2 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados ("Illumina") y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.

  • Página 3: Historial De Revisiones

    Se ha corregido una advertencia que faltaba. 1000000019358 v09 N.º de material Septiembre Se ha añadido información sobre el kit NovaSeq 6000 S4 (200 ciclos). Se ha añadido información sobre la cuenta del usuario. 20020483 de 2018 Se han añadido concentraciones de carga de celdas individuales.
  • Página 4 Se ha añadido información relativa al servicio de supervisión proactiva de Illumina en la sección Modos de configuración del experimento. Se ha añadido información acerca de la API NovaSeq LIMS. Se han actualizado las descripciones de software a las del software de control NovaSeq v1.4.0...
  • Página 5 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de documento Febrero de Se ha añadido una nota en la sección Celda de flujo para indicar que, 1000000019358 v06 2018 al utilizar una celda de flujo S1, se requiere la versión de software 1.3.1.
  • Página 6 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de material Octubre de Se ha añadido una carga de carril individual a la lista de funciones del 20023471 2017 instrumento. N.º de documento Se han añadido a la sección Consumibles el kit de dos carriles de 1000000019358 v04 NovaSeq Xp y el kit de cuatro carriles de NovaSeq Xp.
  • Página 7 Documento Fecha Descripción del cambio N.º de material Abril Adición de la siguiente información: • Consumibles suministrados por Illumina necesarios para un 20018871 de 2017 N.º de documento experimento. • Condiciones de almacenamiento de componentes del kit de 1000000019358 v02 reactivos.

  • Página 8: Tabla De Contenido

    Contenido Capítulo 1 Descripción general Introducción Recursos adicionales Descripción general de la secuenciación Flujo de trabajo de secuenciación Componentes del instrumento Capítulo 2 Kits y accesorios Descripción general de los kits Componentes del kit de reactivos Componentes del kit de NovaSeq Xp Plataforma de la celda de flujo de NovaSeq Xp Descripción de símbolos Capítulo 3 Primeros pasos...
  • Página 9 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Capítulo 7 Mantenimiento Mantenimiento preventivo Realización de un lavado de mantenimiento Actualizaciones de software Apéndice A Solución de problemas Recursos de solución de problemas Archivos de solución de problemas Errores de la comprobación previa al experimento Solución de problemas de gestión de procesos Error en experimento antes de la generación de grupos Finalización de un experimento...

  • Página 10: Capítulo 1 Descripción General

    Resultado ajustable: El NovaSeq 6000 es un sistema de doble celda de flujo con una amplia variedad de resultados. Secuencie una celda de flujo o dos celdas de flujo con longitudes de lectura diferentes al mismo tiempo.

  • Página 11: Recursos Adicionales

    RFID (n.º de documento 1000000002699) Guía de cebadores Proporciona información sobre la sustitución de los cebadores de secuenciación de Illumina personalizados de la con cebadores de secuenciación personalizados. serie NovaSeq (n.º de documento 1000000022266) Descripción general de la secuenciación...

  • Página 12: Flujo De Trabajo De Secuenciación

    En función de la aplicación, hay varios métodos de análisis disponibles. Para obtener más información, visite página de asistencia de BaseSpace Sequence Hub en el sitio web de Illumina. Flujo de trabajo de secuenciación Descongele los cartuchos de SBS  y de reactivo de grupo.

  • Página 13: Métodos De Carga De Bibliotecas

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Métodos de carga de bibliotecas Las bibliotecas se cargan en una celda de flujo de NovaSeq 6000 utilizando uno de los siguientes dos métodos, en función del flujo de trabajo seleccionado. La configuración de un experimento de secuenciación difiere según el flujo de trabajo.

  • Página 14: Componentes Del Instrumento

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Componentes del instrumento El sistema de secuenciación NovaSeq 6000 consta de un monitor de pantalla táctil, una barra de estado, un botón de encendido con puertos USB adyacentes y tres compartimentos. Figura 1 Componentes externos A Monitor de pantalla táctil: Muestra la interfaz del NVCS para la monitorización y la configuración del sistema y del experimento.

  • Página 15: Compartimento De La Celda De Flujo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Compartimento de la celda de flujo El compartimento de la celda de flujo contiene la platina de la celda de flujo, que incluye la celda de flujo A en el lado izquierdo y la celda de flujo B en el derecho. Cada lado dispone de cuatro abrazaderas que sitúan y fijan automáticamente la celda de flujo.

  • Página 16: Compartimento De Líquidos

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Compartimento de líquidos Para configurar un experimento es necesario acceder al compartimento de líquidos para cargar reactivos y tampones y vaciar las botellas de reactivo utilizado. El compartimento de líquidos, que se divide en dos lados iguales para la celda de flujo A y la celda de flujo B, se cierra con dos puertas.

  • Página 17: Software Del Sistema

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 NOTA Si el sistema está configurado para recoger los reactivos utilizados externamente, el flujo hacia la botella grande de reactivos utilizados se dirige de manera externa. Los reactivos de los cartuchos de grupo siempre se dirigen a la botella pequeña de reactivo utilizado.

  • Página 18: Gestión Del Proceso

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Gestión del proceso La pantalla Process Management (Administración de procesos) proporciona acceso al motor informático (CE) y al disco duro (C:\). Utilice la pantalla Process Management (Administración de procesos) para supervisar el progreso de los experimentos, eliminar experimentos y realizar otras tareas de administración de espacio en disco.
  • Página 19 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Tabla 4 Requisitos de espacio mínimo en CE y C:\ para experimentos de doble celda de flujo Celda de Espacio en CE por ciclo Espacio en C:\ por par de celdas de flujo flujo 0,5 Gb 5 Gb 1,35 Gb...

  • Página 20: Capítulo 2 Kits Y Accesorios

    El flujo de trabajo de NovaSeq Xp también requiere un kit de NovaSeq Xp. Los kits están disponibles en las siguientes configuraciones. Seleccione el tamaño de kit adecuado para su diseño de experimento. Illumina le recomienda que use los kits de 500 ciclos solo para longitudes de experimento superiores a los 300 ciclos.

  • Página 21: Componentes Del Kit De Reactivos

    En la página de producto de los kits de reactivos NovaSeq del sitio web de Illumina, se pueden encontrar las especificaciones para cada modo. Componentes del kit de reactivos Los kits de reactivos NovaSeq 6000 contienen los siguientes componentes. Cada componente utiliza identificación de radiofrecuencia (RFID) para un seguimiento y compatibilidad de los consumibles más...

  • Página 22: Tubo De Bibliotecas

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Tubo de bibliotecas El tubo de bibliotecas de NovaSeq 6000 es un tubo de 16 mm que se sitúa en la posición n.º 8 del cartucho de grupo. La posición n.º 8 contiene la etiqueta Library Tube (Tubo de bibliotecas) y tiene un círculo naranja para identificarla fácilmente.

  • Página 23: Cartuchos De Tampones, Grupo Y Sbs

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 5 Celdas de flujo A Cartucho de la celda de flujo B Celda de flujo de cuatro carriles (S4) C Celda de flujo de dos carriles (SP, S1 y S2) La parte inferior de las celdas de flujo cuenta con cuatro juntas. Las bibliotecas y los reactivos acceden a los carriles de la celda de flujo a través de las juntas del extremo de entrada de la celda de flujo.

  • Página 24: Depósitos Reservados

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Tabla 7 Cartuchos de reactivos Cartucho Descripción Cartucho de tampones de Precargado con tampones de secuenciación y con un peso de hasta 6,8 kg. Un NovaSeq 6000 mango de plástico facilita el transporte, la carga y la descarga. Las hendiduras en la placa superior permiten que los cartuchos se apilen.

  • Página 25: Componentes Del Kit De Novaseq Xp

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 7 Depósitos numerados Posición Reservado para 5, 6 y 7 Cebadores personalizados opcionales Tubo de bibliotecas Para obtener más información sobre los cebadores personalizados, consulte la Guía de cebadores personalizados de la serie NovaSeq (n.º de documento 1000000022266). Componentes del kit de NovaSeq Xp Cada kit de NovaSeq Xp es de un solo uso e incluye los siguientes componentes.

  • Página 26: Plataforma De La Celda De Flujo De Novaseq Xp

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Los distribuidores de NovaSeq Xp se suministran con configuraciones de dos pocillos y cuatro pocillos para que coincida con las celdas de flujo de dos carriles y cuatro carriles. Cada pocillo se corresponde con un carril de la celda de flujo.
  • Página 27 La fecha en que caduca el consumible. Para unos resultados óptimos, utilice el consumible antes de esta fecha. Indica el fabricante (Illumina). El uso previsto es Solo para uso en investigaciones. Indica el número de referencia para poder identificar el consumible.¹...
  • Página 28 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Símbolo Descripción Rango de temperatura de almacenamiento en grados Celsius. Almacene el consumible dentro del rango indicado.² ¹ REF indica el componente individual; LOT identifica el lote al que pertenece el componente. ² La temperatura de almacenamiento puede diferir de la temperatura de envío. N.º...

  • Página 29: Capítulo 3 Primeros Pasos

    Capítulo 3 Primeros pasos Puesta en servicio del instrumento Configuración de ajustes Consumibles y equipos proporcionados por el usuario Puesta en servicio del instrumento Cambie el interruptor de alimentación situado en la parte posterior del instrumento a la posición | (encendido).

  • Página 30: Configuración De Ajustes

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Los archivos de datos de la aplicación se guardan en C:/ProgramData. Las aplicaciones se instalan en C:/Archivos de programa. El NVCS se inicia como una aplicación a pantalla completa en ambos tipos de cuentas. Inicie sesión en el sistema Cuando se cargue el sistema operativo, inicie sesión en Windows con el nombre de usuario y la contraseña de su centro.
  • Página 31 Con este ajuste activado, los datos del rendimiento del instrumento se envían a Illumina. Estos datos ayudan a Illumina a solucionar problemas de forma más sencilla y a detectar posibles fallos, lo que permite llevar a cabo tareas de mantenimiento proactivo y maximizar el tiempo de actividad del instrumento.
  • Página 32 Requiere que el instrumento esté conectado a una red con acceso a Internet. Está activado de manera predeterminada. Para desactivar este servicio, desactive el ajuste Send Instrument Performance Data to Illumina (Enviar datos de rendimiento del instrumento a Illumina). Cuando está habilitada, para esta opción hace falta una conexión externa a Internet.

  • Página 33: Configurar Los Ciclos De Índices Predeterminados

    Flujo de trabajo de NovaSeq Standard El flujo de trabajo de NovaSeq Standard automatiza dos pasos fundamentales de la química de grupos de ExAmp propiedad de Illumina en el instrumento. Preparación de la mezcla maestra de ExAmp N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471 Para uso exclusivo en investigación.
  • Página 34 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Entrega de la mezcla maestra a la celda de flujo La preparación y entrega incorporadas de la mezcla maestra minimizan la interacción del usuario y reducen la variabilidad de la mezcla preparada. Como parte de la configuración del experimento para el flujo de trabajo de NovaSeq Standard, se inserta un tubo de bibliotecas que contiene el grupo de bibliotecas naturalizadas y desnaturalizadas a la concentración recomendada en la posición n.º 8 del cartucho de grupo.
  • Página 35 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Configurar BaseSpace Sequence Hub Lleve a cabo las siguientes instrucciones para configurar los ajustes predeterminados para BaseSpace Sequence Hub. Durante la configuración del experimento, puede deshabilitar BaseSpace Sequence Hub para el experimento actual o cambiar los ajustes para la supervisión y el almacenamiento del experimento. Para conectar con BaseSpace Sequence Hub hace falta una conexión a Internet.

  • Página 36: Consumibles Y Equipos Proporcionados Por El Usuario

    NaOCl, 5 % Sigma-Aldrich, n.º de catálogo Realización de un lavado de mantenimiento. 239305 Kit de reactivos NovaSeq 6000 Illumina, consulte Descripción Realización de un experimento de general de los kits en la página secuenciación. para ver los números de catálogo N.º...
  • Página 37 Adición de control PhiX. FC-110-3001 Consumibles de los kits de Illumina Para secuenciar una celda de flujo es preciso contar con un kit de reactivos NovaSeq 6000. Cada kit consta de múltiples consumibles, que se indican en la tabla siguiente. Para las celdas de flujo dobles, utilice dos kits.
  • Página 38 Proveedor de laboratorio general [Flujo de trabajo de NovaSeq Xp] Plataforma de la celda de Illumina, n.º de catálogo 20021663 flujo de NovaSeq Xp * Utilice un cubo que pueda alojar dos cartuchos de reactivo y el nivel de agua apropiado. Por ejemplo, 61 cm × 91,4 cm × 25,4 cm (24 in × 36 in × 10 in).

  • Página 39: Capítulo 4 Flujo De Trabajo Estándar: Preparación De Consumibles

    Todas las instrucciones se aplican a los métodos de preparación de bibliotecas compatibles y dan por hecho un tamaño de fragmento normal para aplicaciones de NovaSeq 6000 compatibles. Para obtener unos resultados óptimos, agrupe y desnaturalice las bibliotecas para una secuenciación inmediata.

  • Página 40: Descongelación De Los Cartuchos De Sbs Y De Grupo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Descongelación de los cartuchos de SBS y de grupo Si hay un experimento de secuenciación en curso, asegúrese de que ambas partes del instrumento estén disponibles cuando se complete la descongelación. Retire los cartuchos de SBS y de grupo del almacenamiento a una temperatura entre –25 °C y –15 °C. Coloque cada cartucho en una gradilla de descongelación de rejilla.

  • Página 41: Vaciado De Botellas De Reactivos Utilizados

    Manipule los reactivos utilizados como residuos químicos y deséchelos de conformidad con las normativas y leyes regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Retire y vacíe la botella pequeña de reactivo utilizado como se indica a continuación.

  • Página 42: Preparación De La Celda De Flujo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 13 Devolución de la botella vacía Póngase un par de guantes limpios sin polvo nuevos para evitar contaminar la superficie del instrumento. Cierre el cajón de tampón y, después, cierre las puertas del compartimento de líquidos. ADVERTENCIA Si no vacía las botellas de reactivos utilizados puede interrumpir el experimento y producirse un desbordamiento, lo que dañaría el instrumento y constituiría un riesgo para la seguridad.

  • Página 43: S1 S2

    Illumina con tamaños de fragmento ≤450 pb. Cargue las bibliotecas con tamaños de fragmento más pequeños en el extremo inferior del intervalo recomendado. Para bibliotecas >450 pb, podrían ser necesarias concentraciones de carga más altas.
  • Página 44 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 NOTA Para las bibliotecas generadas a partir de métodos de preparación de bibliotecas distintos a los de Illumina, puede que tenga que llevar a cabo inicialmente una valoración de su tipo de biblioteca específico con el fin de obtener una concentración de inoculación óptima para producir el mejor % de superación de filtro.

  • Página 45: Preparación De Una Dilución Nueva De Naoh

    Es posible que las bibliotecas de baja diversidad necesiten más. Para utilizar un control PhiX con bibliotecas de baja diversidad, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para que le orienten. Preparación de una dilución nueva de NaOH Prepare una dilución nueva de NaOH a 0,2 N para desnaturalizar las bibliotecas para la secuenciación.

  • Página 46: Preparación De Cartuchos De Sbs Y De Grupo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Añada 400 mM de Tris-HCl, pH 8,0 tal como se describe a continuación para neutralizar. Modo 400 mM de Tris-HCl, pH 8 (µl) Volumen resultante SP/S1 150 µl o 150,6 µl con PhiX 225 µl o 225,9 µl con PhiX 465 µl o 466,9 µl con PhiX Tape y mezcle bien brevemente.

  • Página 47: Capítulo 5 Flujo De Trabajo De Novaseq Xp: Preparación De Consumibles

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Capítulo 5 Flujo de trabajo de NovaSeq Xp: Preparación de consumibles Resumen de flujo de trabajo de NovaSeq Xp Métodos Directrices para las bibliotecas Descongelación de los cartuchos de SBS y de grupo Vaciado de botellas de reactivos utilizados Preparación de la celda de flujo Agrupación, desnaturalización y carga de bibliotecas para la secuenciación Resumen de flujo de trabajo de NovaSeq Xp...

  • Página 48: Métodos

    Todas las instrucciones se aplican a los métodos de preparación de bibliotecas compatibles y dan por hecho un tamaño de fragmento normal para aplicaciones de NovaSeq 6000 compatibles. Para obtener unos resultados óptimos, agrupe y desnaturalice las bibliotecas inmediatamente antes de la secuenciación.

  • Página 49: Descongelación De Los Cartuchos De Sbs Y De Grupo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 que superan el filtro (% de superación de filtro). Una concentración baja de biblioteca aumenta los duplicados de secuenciación. Una concentración alta de biblioteca puede reducir el % de superación de filtro. Para conseguir un % de superación de filtro óptimo se necesita una cuantificación de biblioteca precisa y un control de calidad adecuado.

  • Página 50: Vaciado De Botellas De Reactivos Utilizados

    Manipule los reactivos utilizados como residuos químicos y deséchelos de conformidad con las normativas y leyes regionales, nacionales y locales aplicables. Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Retire y vacíe la botella pequeña de reactivo utilizado como se indica a continuación.

  • Página 51: Preparación De La Celda De Flujo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 16 Devolución de la botella vacía Póngase un par de guantes limpios sin polvo nuevos para evitar contaminar la superficie del instrumento. Cierre el cajón de tampón y, después, cierre las puertas del compartimento de líquidos. ADVERTENCIA Si no vacía las botellas de reactivos utilizados puede interrumpir el experimento y producirse un desbordamiento, lo que dañaría el instrumento y constituiría un riesgo para la seguridad.
  • Página 52 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Creación de un grupo de bibliotecas normalizadas Utilice las siguientes instrucciones para normalizar bibliotecas a la concentración adecuada y, después, agruparlas. Las bibliotecas secuenciadas en el mismo carril deben combinarse en un único grupo. El volumen total por carril de cada grupo normalizado se muestra en la siguiente tabla.
  • Página 53 Illumina con tamaños de fragmento ≤450 pb. Cargue las bibliotecas con tamaños de fragmento más pequeños en el extremo inferior del intervalo recomendado. Para bibliotecas >450 pb, podrían ser necesarias concentraciones de carga más altas.
  • Página 54 Es posible que las bibliotecas de baja diversidad necesiten más. Para utilizar un control PhiX con bibliotecas de baja diversidad, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para que le orienten. Preparación de una dilución nueva de NaOH Prepare una dilución nueva de NaOH a 0,2 N para desnaturalizar las bibliotecas para la secuenciación.

  • Página 55: Preparación De La Celda De Flujo Y La Plataforma

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Desnaturalización de grupos de bibliotecas y control PhiX opcional Añada NaOH a 0,2 N al tubo de bibliotecas no desnaturalizadas y un control PhiX opcional como se describe a continuación. Modo  NaOH (µl) a 0,2 N Biblioteca no desnaturalizada (µl) Volumen resultante SP/S1 18,0...

  • Página 56: Preparación De La Mezcla Maestra De Examp

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Deseche el embalaje de manera adecuada. NOTA Es normal que la celda presente algunos arañazos u otros defectos superficiales y estos no afectan a la calidad de los datos. Invierta la celda de flujo de modo que la superficie superior quede hacia abajo. 10 Deslice el extremo de salida de la celda de flujo debajo del soporte y colóquelo en la plataforma.

  • Página 57: Carga De Bibliotecas En La Celda De Flujo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Las causas más comunes de la variación en los resultados cuando se mezclan los reactivos ExAmp manualmente son la entrega imprecisa de volúmenes y una mezcla insuficiente. No mezcle menos de lo normal. Invierta o agite brevemente en un vórtice para mezclar DPX1 y DPX2. Agite brevemente para mezclar también DPX3.
  • Página 58 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Añada la mezcla maestra de ExAmp a cada grupo de bibliotecas desnaturalizadas como se indica a continuación y, después, agite con el vórtice entre 20 y 30 segundos para mezclarla. Si utiliza gradillas de tubos, pipetee para mezclar hasta que la mezcla sea homogénea. Agrupación de bibliotecas desnaturalizadas Mezcla maestra de ExAmp Volumen resultante...

  • Página 59: Carga Del Tubo De Bibliotecas Vacío

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 NOTA No incline la celda de flujo cuando la transporte. Preparación de cartuchos de SBS y de grupo Inspeccione la parte inferior de cada cartucho para asegurarse de que los depósitos no tengan hielo, lo que indica que los reactivos están descongelados.

  • Página 60: Capítulo 6 Secuenciación

    Lavado automático posterior al experimento Configuración de un experimento de secuenciación Illumina le recomienda que permanezca con la sesión abierta mientras el NVCS esté en funcionamiento y mientras la secuenciación esté en curso. Retire cualquier elemento de la superficie del instrumento.
  • Página 61 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 continuación. Póngase un par de guantes nuevos sin polvo para evitar contaminar la superficie de vidrio de la celda de flujo. b Con el paquete en una superficie plana, abra el envase metálico tirando desde la pestaña de la esquina.

  • Página 62: Carga De Los Cartuchos De Sbs Y De Grupo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 23 Celdas de flujo cargadas alineadas sobre las abrazaderas Seleccione Close Flow Cell Door (Cerrar puerta de la celda de flujo). La puerta de la celda de flujo se cierra, se comprueban los sensores y el RFID, y aparece en la pantalla el ID de la celda de flujo.

  • Página 63: Carga Del Cartucho De Tampones

    Los cierres metálicos del cartucho de tampones utilizados están perforados. Coloque un nuevo cartucho de tampones en el cajón de forma que la etiqueta de Illumina esté orientada a la parte delantera del cajón. Alinee el cartucho con las guías levantadas en la base y los lados del cajón.

  • Página 64: Introducir Parámetros Del Experimento

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Para deshabilitar BaseSpace Sequence Hub, desmarque la casilla de verificación BaseSpace Sequence Hub y, a continuación, seleccione Run Setup (Configuración del experimento) para continuar sin iniciar sesión. Para enviar los datos del experimento a BaseSpace Sequence Hub para la supervisión remota y el análisis de los datos, seleccione Run Monitoring and Storage (Almacenamiento y supervisión de experimentos).

  • Página 65: Confirmación De Los Parámetros Del Experimento

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Custom Primers (Cebadores personalizados): Seleccione la casilla de verificación Custom Primers (Cebadores personalizados) y, a continuación, seleccione las casillas de verificación correspondientes: Read 1 (Lectura 1): Utilice un cebador personalizado para la lectura 1. Read 2 (Lectura 2): Utilice un cebador personalizado para la lectura 2.

  • Página 66: Supervisión Del Progreso Del Experimento

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Si falla la comprobación de alineación, solucione los errores de la siguiente manera. Seleccione Reload (Volver a cargar) y, a continuación, OK (Aceptar) para confirmar que desea regresar a la pantalla Load (Cargar). b Retire cualquier elemento de encima del instrumento y, después, seleccione OK (Aceptar). Vuelva a cargar la celda de flujo y, después, seleccione Run Setup (Configuración del experimento).

  • Página 67: Datos De Medición Del Experimento

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Datos de medición del experimento El software muestra los datos de medición que se hayan generado durante el experimento. Estos datos aparecen en forma de diagramas, gráficos y tablas según los datos generados por RTA3 y escritos en los archivos InterOp.

  • Página 68: Eliminación Del Experimento

    Coloque una mano o una superficie bajo el depósito, presione la lengüeta de plástico transparente hacia la etiqueta de Illumina para liberar el depósito de debajo del cartucho de grupo. NOTA Evite apilar grupos de cartuchos cuando los vaya a almacenar, ya que se podría salir el depósito por accidente.

  • Página 69: Lavado Automático Posterior Al Experimento

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 27 Posición n.º 30 extraíble A Lengüeta de plástico blanca para desacople B Lengüeta de plástico transparente para liberación Deseche el depósito de conformidad con las normativas aplicables. Lavado automático posterior al experimento Al completarse la secuenciación, el software inicia un lavado automático posterior al experimento que dura aproximadamente 80 minutos.

  • Página 70: Capítulo 7 Mantenimiento

    Actualizaciones de software Mantenimiento preventivo Illumina recomienda programar un servicio de mantenimiento preventivo cada año. Si no dispone de contrato de servicios, póngase en contacto con el comercial de su región o con el servicio de asistencia técnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable.

  • Página 71: Preparación De La Solución De Lavado

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Preparación de la solución de lavado Añada 400 ml de agua de laboratorio a una botella de centrifugado de 500 ml. Añada 0,2 ml de Tween 20 al 100 % para obtener una solución de lavado de, al menos, 400 ml de Tween 20 al 0,05 %.

  • Página 72: Carga De La Celda De Flujo De Lavado

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 30 Posición para NaOCl al 0,25 % Carga de la celda de flujo de lavado Retire cualquier elemento de la superficie del instrumento. Mantenga la superficie libre durante el lavado de mantenimiento y evite apoyarse en el instrumento. Cualquier presión sobre la puerta de la celda de flujo puede hacer que se abra, lo que detendría el lavado.

  • Página 73: Carga De Los Cartuchos De Lavado

    Para obtener más información sobre seguridad, salud y medioambiente, consulte la hoja de datos de seguridad en support.illumina.com/sds.html. Extraiga la botella pequeña de reactivos utilizados y deseche el contenido de conformidad con las normas aplicables.

  • Página 74: Inicio Del Lavado

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Inicio del lavado Seleccione la casilla de verificación que sirve para dejar constancia de que ambas botellas de reactivos utilizados están vacías y, a continuación, seleccione Start Wash (Iniciar lavado). El lavado empieza y se muestra la hora estimada de finalización de este. ADVERTENCIA Si no vacía las botellas de reactivos utilizados puede interrumpir el lavado y producirse un desbordamiento, lo que dañaría el instrumento y constituiría un riesgo para la seguridad.
  • Página 75 Una vez finalizada la descarga, el NVCS se cierra y se inicia el instalador. Siga las instrucciones del instalador para efectuar la instalación. Si se producen errores durante la descarga o la instalación, póngase en contacto con la asistencia técnica de Illumina. N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471 Para uso exclusivo en investigación.

  • Página 76: Apéndice A Solución De Problemas

    NovaSeq 6000 en el sitio web de Illumina. Las páginas de asistencia proporcionan acceso a la documentación, las descargas y las preguntas frecuentes. Para acceder a los boletines de asistencia, inicie sesión en su cuenta de MyIllumina.

  • Página 77: Bandeja De Pérdidas

    El desbordamiento de cualquiera de las botellas de reactivo utilizado produce daños en el instrumento, hace que un representante de Illumina tenga que ir al centro y constituye un riesgo para la seguridad.

  • Página 78: Error En Experimento Antes De La Generación De Grupos

    (Administración de procesos). curso Si el icono N/A sigue mostrándose después de haber realizado estas acciones de solución de problemas, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Consulte Asistencia técnica en la página Error en experimento antes de la generación de grupos Si el software no completa el experimento antes de que se inicie la generación de grupos, puede guardar los...

  • Página 79: Configuración De Un Experimento Nuevo Más Adelante

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Los cartuchos, el tubo de bibliotecas y la celda de flujo pueden permanecer en el instrumento hasta cuatro horas después del fallo en el experimento. En caso necesario, vacíe las botellas de reactivo utilizadas y vuelva a colocarlas en el instrumento. Continúe con la configuración del experimento.
  • Página 80 No cambie la posición del instrumento. Un movimiento inadecuado podría afectar a la alineación óptica y poner en riesgo la integridad de los datos. Para obtener ayuda con el cambio de posición, póngase en contacto con el representante de Illumina. N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471 Para uso exclusivo en investigación.

  • Página 81: Apéndice B Análisis En Tiempo Real

    Illumina. RTA3 ofrece datos en tiempo real sobre la calidad del experimento almacenados como archivos InterOp, que son archivos binarios de resultados que contienen datos de medición sobre placas, ciclos y niveles de lectura.

  • Página 82: Placas De La Celda De Flujo

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Los archivos de registro siguientes se transfieren a la ubicación de destino de los resultados finales tras completar el procesamiento: info_00000.log contiene un resumen de los eventos importantes del experimento. error_00000.log enumera los errores que se han producido durante un experimento. warning_00000.log enumera las advertencias que se hayan producido durante un experimento.

  • Página 83: Flujo De Trabajo De Análisis En Tiempo Real

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 1, 2, 3, 4, 5 o 6 para una celda de flujo S4. Los dos últimos dígitos representan el número de placa. La numeración comienza por 01 en el extremo de salida de la celda de flujo hasta 88 o 78 en el extremo de entrada. De 01 a 78 para una celda de flujo SP, S1 o S4.

  • Página 84: Llamada De Bases

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Figura 31 Hebra retrasada y hebra adelantada A Lectura con una base con hebra retrasada B Lectura con una base con hebra adelantada RTA3 corrige los efectos de la hebra retrasada y adelantada, lo que aumenta al máximo la calidad de los datos en cada uno de los ciclos del experimento.

  • Página 85: Puntuaciones De Calidad

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Base Canal rojo Canal verde Resultado 0 (apagado) 0 (apagado) Grupos que no presentan intensidad en una ubicación de grupos conocida. 0 (apagado) 1 (encendido) Los grupos que presentan intensidad solo en el canal verde.

  • Página 86: Apéndice C Archivos Y Carpetas De Resultados

    Apéndice C Archivos y carpetas de resultados Estructura de carpetas de resultados de secuenciación Archivos de resultados de secuenciación Estructura de carpetas de resultados de secuenciación El NVCS genera el nombre de la carpeta de resultados de forma automática. Config (Configuración): Parámetros de configuración del experimento. Logs (Registros): Archivos de registro que describen los pasos operativos, los análisis del instrumento y los eventos de RTA3.

  • Página 87: Archivos De Resultados De Secuenciación

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Archivos de resultados de secuenciación Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo Archivos de llamada de Cada grupo analizado se incluye en un archivo de llamadas de bases, agregado en un archivo bases para cada ciclo, carril y superficie.

  • Página 88: Apéndice D Seguridad De Windows

    Dado que estas configuraciones afectan al rendimiento y puede poner en riesgo la seguridad, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina cuando no quede claro si hay que editar un ajuste o se desconoce su impacto.

  • Página 89: Directivas De Restricción De Software

    Reglas SRP permitidas En el sistema de secuenciación NovaSeq 6000, se establecen de manera predeterminada las SRP para permitir las siguientes reglas. Certificado DigitalSystems Illumina, Inc. NovaSeq  Archivos ejecutables Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe Extensiones de archivo *.bin...

  • Página 90: Añadir Y Quitar Reglas Srp

    Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 Directorios C:\Illumina\* C:\Illumina Maintenance Logs\* C:\LocalSymbols\* C:\Archivos de programa (x86)\Chromium\Application\* C:\Archivos de programa (x86)\EMET 5.5\* C:\Archivos de programa (x86)\Illumina\* C:\Archivos de programa (x86)\Internet Explorer\* C:\Archivos de programa (x86)\LibreOffice 5\* C:\Archivos de programa\Illumina\* C:\ProgramData\Illumina\* C:\ProgramData\Package Cache\* C:\Usuarios\sbsuser\AppData\Local\Temp\Citrix\* C:\Usuarios\sbsuser\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* C:\Usuarios\sbsuser\Desktop\FSE cambiar a customer.bat...
  • Página 91 Cierre el cuadro de diálogo Local Security Policy (Directiva de seguridad local). Vuelva a activar las SRP de inmediato: Vaya al directorio C:\Illumina\Security. b Haga doble clic en Enable.reg. 10 Si se modificaron por primera vez las reglas SRP, cierre sesión y vuelva a iniciar sesión para que estas se hagan efectivas.

  • Página 92: Índice Alfabético

    Índice alfabético BaseSpace Enterprise 26 BaseSpace Sequence Hub 1, 26 % de PF 30, 39, 76 asistencia 3 conexión y desconexión 54 bcl2fastq2 26, 72 bibliotecas almacenamiento 36, 46, 70 abrazaderas, celda de flujo 6 control de calidad 30, 39 actividades posteriores al experimento 60 cuantificación 30, 39 adquisición de imágenes 2, 13, 72-73...
  • Página 93 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 colores de los diagramas 57 duraciones compartimento de líquidos 14 experimento de secuenciación 57 compartimento de tampones 54 generación de grupos 58 compartimentos 5 lavado automático posterior al componentes del kit 28 experimento 60 comprobaciones automatizadas 67 lavado de mantenimiento 61 comprobaciones previas al experimento 67...
  • Página 94 Guía del sistema de secuenciación NovaSeq 6000 gradillas de descongelación 31, 40 mezcla maestra de ExAmp 49 gradillas de rejilla 31, 40 miniaturas 78 grupos que superan el filtro 30, 39, 57 modos 11 guantes, cambio 32, 41, 64 modos del experimento 21 guardado de cartuchos de reactivos 69 motor informático 9, 59, 72 guardado de tubos de bibliotecas 70...
  • Página 95 80 personalización 81 sensores 6, 64, 67 Servicio de copia universal 8-9, 58 Servicio de supervisión proactiva de Illumina 22 sistema de fluídica 7, 62 sistema operativo 20, 79 N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471 Para uso exclusivo en investigación.

  • Página 96: Asistencia Técnica

    Hojas de datos de seguridad (SDS): Disponibles en el sitio web de Illumina, support.illumina.com/sds.html. Documentación del producto: Disponible para su descarga en formato PDF en el sitio web de Illumina. Vaya a support.illumina.com, seleccione un producto y, a continuación, seleccione Documentation & Literature (Documentación y bibliografía).

  • Página 97: De Documento 1000000019358 V11 Esp N.º De Material 20023471

    Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2019 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.

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