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Guía del sistema de secuenciación NextSeq 2000
Resultados de secuenciación
En esta sección, se describe el software Real-Time Analysis, que realiza llamadas de bases, asigna
puntuaciones de calidad y genera datos. Obtenga información sobre los diferentes tipos de archivo de
resultados y dónde localizarlos tras un experimento.
Descripción general de Análisis en tiempo real
El sistema de secuenciación NextSeq 2000 utiliza RTA3, una implementación del software de análisis
en tiempo real, en el motor informático del instrumento. RTA3 extrae las intensidades de las imágenes
recibidas de la cámara, lleva a cabo una llamada de bases, asigna una puntuación de calidad a las
llamadas de bases, se alinea con PhiX y genera informes de datos en archivos InterOp para su
visualización en el software de control del instrumento.
Para optimizar el tiempo de procesamiento, RTA3 almacena información en memoria. Si se interrumpe
RTA3, el procesamiento no se reanuda y se pierden los datos del experimento que se estén procesando
en la memoria.
Entradas de RTA3
Para procesarlas, RTA3 necesita las imágenes de placas que se encuentran en la memoria local del
sistema. RTA3 recibe información del experimento y comandos del software de control.
Resultados de RTA3
Las imágenes de cada canal de color se transfieren en memoria a RTA3 como placas. A partir de estas
imágenes, RTA3 produce un conjunto de archivos de filtro y archivos de llamada de bases con
puntuación de calidad. Todos los demás conjuntos admiten archivos de resultados.
Tipo de archivo
Archivos de
llamadas de bases
Archivos de filtro
Archivos de
ubicación de grupos
Los archivos de resultados se utilizan para los análisis sucesivos en DRAGEN y BaseSpace Sequence
Hub.
N.º de documento 1000000109376 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Descripción
Cada placa que se analiza se incluye en un archivo de llamada de bases
concatenado (*.cbcl). Las placas del mismo carril y superficie se
agregan a un archivo *.cbcl para cada carril y superficie.
Cada placa produce un archivo de filtro (*.filter) que especifica si un
grupo pasa filtros.
Los archivos de ubicación de grupos (*.locs) contienen las coordenadas
X e Y para cada grupo en una placa. Se genera un archivo de ubicación
de grupos para cada experimento.
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