Apéndice A Resultados De Secuenciación; Descripción General De Análisis En Tiempo Real Flujo De Trabajo De Análisis En Tiempo Real; Archivos De Entrada; Archivos De Resultados - Illumina iSeq 100 Manual De Uso

Apéndice A Resultados de secuenciación
Descripción general de Análisis en tiempo real
Flujo de trabajo de análisis en tiempo real
Descripción general de Análisis en tiempo real
El software de análisis en tiempo real se ejecuta en el ordenador de control del instrumento. Durante un
experimento de secuenciación, extrae intensidades de imágenes para realizar llamadas de bases y, a
continuación, asigna una puntuación de calidad a la llamada de bases.
El sistema de secuenciación iSeq 100 utiliza la implementación del análisis en tiempo real del RTA2. RTA2 y el
software de control del sistema se comunican a través de una interfaz web HTTP y de archivos de memoria
compartidos. Si RTA2 se interrumpe, el procesamiento no se reanuda y los datos del experimento no se
guardan.
NOTA
No se calcula el rendimiento de desmultiplexado, por lo que la ficha Index (Índice) de Sequencing Analysis
Viewer aparece vacía.

Archivos de entrada

RTA2 requiere los siguientes archivos de entrada para el procesamiento:
Las imágenes de las placas contenidas en la memoria del sistema local.
u
El archivo de configuración del
u
RunInfo.xml, que es un archivo que genera automáticamente el software de control al inicio del
u
experimento.
RTA2 recibe comandos del software de control que incluyen información sobre la ubicación de
sobre si se ha especificado o no una carpeta de resultados. A partir de RunInfo.xml, RTA2 lee el nombre del
experimento, el número de ciclos, si una lectura ha sido indexada y el número de placas de la celda de flujo.

Archivos de resultados

Las imágenes se pasan en una memoria a RTA2 en forma de placas, que son las áreas de imágenes
pequeñas de la celda de flujo definidas por una vista de cámara. La celda de flujo i1 del sistema iSeq 100
tiene 16 placas.
A partir de estas imágenes, RTA2 produce como resultado elemental un conjunto de archivos de llamada de
bases con puntuación de calidad y archivos de filtro. Con otros archivos también se pueden generar
resultados elementales.
N.º de documento 1000000036024 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
análisis en tiempo real en formato XML.
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RunInfo.xml y
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