Apéndice C Archivos Y Carpetas De Resultados; Archivos De Resultados De Secuenciación - Illumina HiSeq 2000 Manual De Uso

Apéndice C Archivos y carpetas de resultados
Archivos de resultados de secuenciación
Estructura de las carpetas de resultados
Numeración de placas
Imágenes en miniatura
Archivos de resultados de secuenciación
Tipos de archivo
Archivos de llamadas de
bases
Archivos de ubicación de
grupos
Archivos de filtro
Archivos InterOp
Archivos de registro
Archivos de ajuste
Archivos de hebras
Archivo de configuración
del análisis en tiempo real
Archivos de estadísticas
N.º de documento 15011190 v02 ESP
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Descripción, ubicación y nombre del archivo
Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases, que contiene la llamada
de bases y la puntuación de calidad codificada.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan por carpetas de ciclo para cada
carril.
s_[Carril]_[Placa].bcl.gz, donde el carril es el número de carril de un dígito y la placa es el número
de placa de cuatro dígitos. Los archivos de llamadas de bases se comprimen mediante el uso de
la compresión gzip.
Para cada placa, un archivo de ubicación de grupo contiene las coordenadas X e Y para cada
grupo. Los archivos de ubicación de grupos son el resultado de la generación de plantillas.
Data\Intensities
El archivo de filtro especifica si los grupos han superado los filtros. Estos archivos se generan en
el ciclo 26 mediante el uso de 25 ciclos de datos.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y
placa.
s_[carril]_[placa].filter
Archivos binarios de informes utilizados por el Visor del análisis de secuenciación. Los archivos
InterOp se actualizan durante el experimento.
Carpeta InterOp
Registran eventos y se actualizan a lo largo del experimento.
Data\RTALogs
Para cada experimento se crean dos archivos de ajuste:
• offsets.txt: Contiene los ajustes de placa para cada ciclo y canal en relación con la plantilla.
• SubTileOffsets.txt: Contiene el desplazamiento medido para cada cuadrante de cada imagen
en relación con el marco de referencia.
Data\Intensities\Offsets
Contienen información empírica de hebras retrasadas por placa. Los archivos de hebras se
crean en la primera base del ciclo de llamada y se actualizan tras cada base del ciclo de
llamada.
Data\Intensities\BaseCalls\Phasing
EmpiricalPhasing_[carril]_[lectura]_[placa].txt: La placa se representa con un número de cuatro
dígitos que indica la superficie, el sector y la placa.
El archivo de configuración de análisis en tiempo real se crea al inicio del experimento y contiene
los parámetros de configuración de dicho experimento.
Data\Intensities
RTAConfiguration.xml
Estadísticas creadas en la llamada de bases para cada ciclo.
Data\Intensities\Basecalls\L00[X]\C[X.1]: Los archivos se almacenan en una carpeta para cada
carril y una subcarpeta para cada ciclo.
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