Apéndice C Archivos De Resultados; Archivos De Resultados De Secuenciación Estructura De Las Carpetas De Resultados Numeración De Placas - Illumina HiSeq 4000 Guía Del Sistema

Apéndice C Archivos de resultados
Archivos de resultados de secuenciación
Estructura de las carpetas de resultados
Numeración de placas
Archivos de resultados de secuenciación
Tipos de archivo
Archivos de llamadas de
bases
Archivos de ubicación de
grupos
Archivos de filtro
Archivos InterOp
Archivo de configuración
del análisis en tiempo real
Archivo de información
del experimento
Archivos de vistas en
miniatura
Estructura de las carpetas de resultados
Config (Configuración): Parámetros de configuración del experimento
Data (Datos)
Intensities (Intensidades)
BaseCalls (Llamada de bases)
L00[X]: Archivos de llamadas de bases de cada carril, recopilados en un archivo por ciclo
N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Descripción, ubicación y nombre del archivo
Cada placa analizada se incluye en un archivo de llamadas de bases, que contiene la llamada
de bases y la puntuación de calidad codificada.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan por carpetas de ciclo para cada
carril.
s_[Carril] _[Placa].bcl.gz, donde el carril es el número de carril de un dígito y la placa es el número
de placa de cuatro dígitos. Los archivos de llamadas de bases se comprimen mediante el uso de
la compresión gzip.
Para cada placa, un archivo de ubicación de grupo contiene las coordenadas X e Y para cada
grupo. Los archivos de ubicación de grupos son el resultado de la generación de plantillas.
Data\Intensities: Un archivo para el experimento se almacena en la carpeta Intensities
(Intensidades).
s.locs
El archivo de filtro especifica si los grupos han superado los filtros. Estos archivos se generan en
el ciclo 26 mediante el uso de 25 ciclos de datos.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X]: Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y
placa.
s_[carril] _[placa].filter
Archivos binarios de informes utilizados por el Visor del análisis de secuenciación. Los archivos
InterOp se actualizan durante el experimento.
Carpeta InterOp
El archivo de configuración de análisis en tiempo real se crea al inicio del experimento y contiene
los parámetros de configuración de dicho experimento.
[Carpeta raíz]
RTAConfiguration.xml
Indica el nombre del experimento, el número de ciclos de cada lectura, si es una lectura
indexada y el número de sectores y placas de la celda de flujo. El archivo de información del
experimento se crea al inicio del experimento.
[Carpeta raíz]
RunInfo.xml
Se trata de imágenes en miniatura para cada canal y placa de cada sector en cada ciclo
durante la adquisición de imágenes.
Thumbnail_Images\L00[X]\C [X.1]: Los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y
una subcarpeta para cada ciclo.
s_[carril] _[placa]_[canal].jpg: La placa se representa con un número de cuatro dígitos que indica
la superficie, el sector y la placa. Consulte Numeración de placas en la página
45
45
46
46.
45