Tabla de contenido
Apéndice B Análisis en tiempo real
Descripción general del análisis en tiempo real
Flujo de trabajo de análisis en tiempo real
Descripción general del análisis en tiempo real
El sistema HiSeq 4000 utiliza una implementación del software de análisis en tiempo real denominada RTA2.
RTA2 se ejecuta en el ordenador del instrumento y extrae las intensidades de las imágenes, realiza una
llamada de bases y asigna una puntuación de calidad a dicha llamada. RTA2 y el software de control del
sistema se comunican a través de una interfaz web HTTP y de archivos de memoria compartidos. Si RTA2 se
interrumpe, el procesamiento no se reanuda y los datos del experimento no se guardan.
NOTA
No se calcula el rendimiento de desmultiplexado, por lo que la ficha Index (Índice) del visor del análisis de
secuenciación (SAV) aparece vacía.
Archivos de entrada
RTA2 precisa los archivos de entrada siguientes:
Las imágenes de las placas contenidas en la memoria del sistema local.
u
RunInfo.xml, que es un archivo que genera automáticamente el software de control al inicio del
u
experimento. A partir de este archivo, RTA2 lee el nombre del experimento, el número de ciclos, si una
lectura ha sido indexada y el número de placas de la celda de flujo.
RTA.exe.config, que es un archivo de configuración de software en formato XML.
u
RTA2 recibe comandos del software de control que incluyen información acerca de la ubicación del archivo
RunInfo.xml y acerca de si se ha especificado una carpeta de resultados opcional.
Archivos de resultados
Las imágenes de cada canal se transfieren en memoria a RTA2 como placas. A partir de estas imágenes,
RTA2 produce un resultado principal como un conjunto de archivos de filtro y archivos de llamadas de bases
clasificados por calidad. Con otros archivos también se pueden generar archivos de resultados elementales.
Archivos de llamada de bases: Para cada placa que se analiza, se genera un archivo de llamada de
u
bases (*.bcl) comprimido para cada placa por ciclo. El archivo de llamadas de bases contiene la llamada
de bases y la puntuación de calidad asociada.
Archivos de filtro : Cada placa produce información de filtro que se incluye en un archivo de filtro (*.filter)
u
para cada placa a lo largo de todo el experimento. El archivo de filtro determina si los grupos superan o
no el filtro.
Archivos de ubicación de grupos : Un archivo de ubicación de grupos (s.locs) contiene las
u
coordenadas X e Y para cada grupo de la celda de flujo.
Los archivos de resultados principales se utilizan para los análisis de datos posteriores. Utilice el software de
conversión bcl2fastq para el desmultiplexado y la conversión FASTQ. Para convertir datos procedentes del
sistema HiSeq 4000, utilice el software bcl2fastqv2.16 o una versión posterior. Para obtener información
sobre la versión del software actual y descargar información, consulte la página de asistencia de HiSeq 4000
en el sitio web de Illumina.
N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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Capítulos
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