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Guía del sistema HiSeq 4000
La hebra retrasada se produce cuando una base se atrasa.
u
La hebra adelantada se produce cuando una base se avanza.
u
Figura 14 Hebra retrasada y hebra adelantada
A Lectura con una base con hebra retrasada
B Lectura con una base con hebra adelantada
RTA2 corrige los efectos de la hebra retrasada y la hebra adelantada mediante el uso del algoritmo de
corrección empírica de hebras que maximiza la calidad de los datos en cada ciclo durante el experimento.
Llamada de bases
Tras corregir las intensidades sin procesar para que no se creen interferencias, hebras retrasadas ni hebras
adelantadas, el canal con mayor intensidad es la llamada correspondiente a ese grupo en ese ciclo.
La llamada de bases en el sistema HiSeq 4000 mediante el uso de RTA2 comienza después del ciclo 3.
La llamada de bases determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa determinada en un
ciclo específico. Este tipo de llamadas se guardan en archivos de llamadas de bases (*.bcl), que son
archivos binarios con 1 byte por llamada y puntuación de calidad. Cada archivo de llamadas de bases
contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad asociada. Para realizar una llamada de bases, los
grupos deben superar antes el filtro de castidad. Se denomina "ausencia de llamadas" a aquellos casos en
los que los grupos no superan el filtro o no se les puede llamar porque no están dentro de la imagen o falla el
registro de imagen. La ausencia de llamadas se representa como (N).
Grupos que superan el filtro
Durante los primeros 25 ciclos de la lectura 1, el filtro de castidad elimina los grupos de baja calidad de los
resultados del análisis. Los grupos superan el filtro si no más de una llamada de bases presenta un valor de
castidad inferior a 0,6 en los primeros 25 ciclos. La castidad es la relación de la mayor intensidad de base
dividida por la suma de la mayor intensidad de base y la segunda mayor intensidad de base. El porcentaje
de grupos que superan el filtro se representa en los informes de análisis como %PF.
La celda de flujo estampada del sistema HiSeq 4000 posee una matriz ordenada de grupos. Los pocillos
vacíos sin grupos y los pocillos policlonales en los que existe más de una secuencia se incluyen en el recuento
de grupos sin procesar, pero no superan el filtro. Por tanto, la matriz ordenada de una celda de flujo
estampada genera un porcentaje relativamente bajo de grupos que superan el filtro.
N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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