Generación De Plantillas; Registro Y Extracción De Intensidad; Corrección De La Matriz De Color; Corrección Empírica De Hebras Retrasadas - Illumina HiSeq 4000 Guía Del Sistema

Guía del sistema HiSeq 4000
Puntuación de calidad
Generación de plantillas
La generación de plantillas determina la posición de cada grupo en una placa mediante coordenadas X e Y.
La plantilla se utiliza como referencia en el paso siguiente de registro y extracción de intensidad.
Gracias a la matriz de la celda de flujo de tramas, todas las posiciones de grupos se predeterminan de
acuerdo con el número de filas, el número de columnas y la distancia entre los nanopocillos de la celda de
flujo. Para obtener más información, consulte
Las posiciones de los grupos se recopilan en un archivo de ubicación de grupos (s.locs) para todo el
experimento.
Registro y extracción de intensidad
El registro y la extracción de intensidad se inician tras generar la plantilla de las posiciones de grupos.
El registro transforma las ubicaciones de los grupos de la plantilla a la ubicación de la imagen en cada
u
uno de los cuatro canales de color.
La extracción de intensidad determina un valor de intensidad para cada grupo de la plantilla para una
u
imagen determinada.
Si se produce un error en el registro de cualquier imagen en un ciclo, no se generará ninguna llamada de
bases para esa placa en ese ciclo. Utilice el SAV para examinar las imágenes en miniatura e identificar las
imágenes que no se han podido registrar.
Corrección de la matriz de color
Tras el registro y la extracción de intensidad, RTA2 corrige la comunicación cruzada entre canales.
Las interferencias se producen cuando un grupo muestra intensidad en el canal C y, al mismo tiempo, cierta
intensidad en el canal A, por ejemplo. Mediante el uso de una matriz de color de 4 x 4, RTA2 genera
intensidades corregidas de matriz con una comunicación cruzada reducida o inexistente, y equilibra
diferencias de intensidad global entre canales de color.
Corrección empírica de hebras retrasadas
Durante la reacción de secuenciación, cada cadena de ADN de un grupo se amplía en una base por cada
ciclo. Las hebras retrasadas y hebras adelantadas se producen cuando una cadena queda fuera de su lugar
con respecto al ciclo de incorporación.
N.º de documento 15066496 v05 ESP N.º de material 20015630
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Asigna una puntuación de calidad a cada llamada de bases.
Celda de flujo estampada en la página 7.
41