Tabla de contenido
Apéndice B Análisis en tiempo real
Descripción general del análisis en tiempo real
Flujo de trabajo de análisis en tiempo real
Descripción general del análisis en tiempo real
El instrumento NextSeq 550Dx utiliza una implementación del software de análisis en tiempo real (RTA)
denominada RTA 2. RTA2 se ejecuta en el ordenador del instrumento y extrae las intensidades de las
imágenes, realiza una llamada de bases y asigna una puntuación de calidad a dicha llamada. RTA2 y el
software de control se comunican a través de una interfaz web HTTP y de archivos de memoria compartidos.
Si RTA2 se interrumpe, el procesamiento no se reanuda y los datos del experimento no se guardan.
NOTA
No se calcula el rendimiento de demultiplexado. En consecuencia, la ficha Index (Índice) de Sequencing
Analysis Viewer (SAV) aparece vacía.
Entradas de RTA2
RTA2 precisa las siguientes entradas principales:
Las imágenes de las placas contenidas en la memoria del sistema local.
u
RunInfo.xml, que se genera de forma automática al comienzo del experimento y proporciona el nombre
u
del experimento, el número de ciclos, el dato de si se ha indexado una lectura y el número de placas en
la celda de flujo.
RTA.exe.config, que es un archivo de configuración de software en formato XML.
u
RTA2 recibe comandos del software de control que indican la ubicación de RunInfo.xml y si se ha
especificado una carpeta de resultados opcional.
Archivos de resultados de RTA v2
Las imágenes de cada canal pasan a la memoria como placas. Las placas son pequeñas áreas de
adquisición de imágenes en la celda de flujo definidas como el campo de visión por la cámara. A partir de
estas imágenes, el software produce un resultado en forma de conjunto de archivos de filtro y archivos de
llamadas de bases clasificadas por calidad. Todos los demás archivos admiten archivos de resultados.
Tipos de archivo
Descripción
Archivos de llamada
Cada placa se analiza y se incluye en un archivo agregado de llamada de bases (*.bcl.bgzf) por
de bases
cada carril y para cada ciclo. El archivo de llamadas de bases agregado contiene la llamada de
bases y la puntuación de calidad asociada para cada grupo en ese carril.
Archivos de filtro
Cada placa produce información de filtro que se agrega a un archivo de filtro (*.filter) para cada
carril. El archivo de filtro especifica si un grupo ha superado los filtros.
Archivos de
Los archivos de ubicación de grupos (*.locs) contienen las coordenadas X e Y para cada grupo
ubicación de grupos
en una placa. Durante la generación de plantillas, se genera un archivo de ubicación de grupos
para cada carril.
Archivos de índice de
Se produce un archivo de índice de llamada de bases (*.bci) para cada carril con el fin de
llamadas de bases
preservar la información de placa original. El archivo de índice contiene un par de valores para
cada placa, que son el número de placa y el número de grupos para esa placa.
N.º de documento 1000000041922 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
57
58
57
Tabla de contenido
Solución de problemas
