Capítulo 4 Lectura; Introducción; Archivos De Grupos Y Archivos De Manifiesto - Illumina NextSeq550Dx Guía De Referencia

Capítulo 4 Lectura
Introducción
Flujo de trabajo de lectura
Descarga de la carpeta DMAP
Carga del BeadChip en el adaptador
Configuración de una lectura
Supervisión del progreso de lectura
Introducción
Para realizar una lectura en el instrumento NextSeq 550Dx, son necesarios los siguientes componentes del
experimento:
Un BeadChip tintado e hibridizado
u
El adaptador reutilizable del BeadChip
u
Archivos Decode Map (DMAP) para el BeadChip que esté usando
u
Un archivo de manifiesto para el tipo de BeadChip que esté usando
u
Un archivo de grupos para el tipo de BeadChip que esté usando
u
Los archivos de resultados se generan durante la lectura y, después, se ponen en cola para transferirlos a la
carpeta de resultados especificada.
Lleve a cabo el análisis con el software BlueFuse Multi, que precisa que los datos de lectura estén
disponibles en el formato de archivo de llamada de genotipo (GTC). De forma predeterminada, el instrumento
NextSeq 550Dx genera un archivo de formato GTC con los datos normalizados y las llamadas de genotipo
asociadas. Otra opción consiste en configurar el instrumento para que genere archivos de datos de
intensidad (IDAT) adicionales. Para obtener más información, consulte
en la página 55.
Decode File Client
La carpeta DMAP contiene información que determina las ubicaciones de las bolas en el BeadChip y
cuantifica la señal asociada a cada bola. Una carpeta DMAP es exclusiva para cada código de barras del
BeadChip.
La utilidad Decode File Client le permite descargar carpetas DMAP directamente de los servidores de
Illumina utilizando un protocolo HTTP estándar.
Para acceder a la utilidad Decode File Client, diríjase a la
web de Illumina (support.illumina.com/array/array_software/decode_file_client/downloads.html). Instale el
Decode File Client en un ordenador que tenga acceso a la ubicación de red de la carpeta DMAP.
Para obtener más información, consulte

Archivos de grupos y archivos de manifiesto

Para cada BeadChip, el software necesita acceder a un archivo de grupos y a uno de manifiesto. Cada
archivo de grupos y de manifiesto es único para un tipo de BeadChip. Compruebe que utiliza archivos de
grupos que incluyen NS550 en el nombre de archivo. Estos archivos son compatibles con el sistema
NextSeq 550Dx.
Archivo de manifiesto: los archivos de manifiesto describen el SNP o contenido de sonda de un
u
BeadChip. Los archivos de manifiesto emplean el formato *.bpm.
N.º de documento 1000000041922 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
página de asistencia de Decode File Client
Descarga de la carpeta DMAP en la página
Configuración de lectura del BeadChip
30.
29
30
30
31
32
34
en el sitio
29