Apéndice B Análisis En Tiempo Real; Descripción General Del Análisis En Tiempo Real - Illumina NovaSeq 6000 Guia Del Usuario

Apéndice B Análisis en tiempo real
Descripción general del análisis en tiempo real
Flujo de trabajo de análisis en tiempo real
Descripción general del análisis en tiempo real
El sistema de secuenciación NovaSeq 6000 utiliza RTA3, una implementación del software de análisis en
tiempo real, en el motor informático del instrumento. RTA3 extrae las intensidades de las imágenes recibidas
de la cámara, lleva a cabo una llamada de bases, asigna una puntuación de calidad a las llamadas de
bases, se alinea con PhiX y genera informes de datos en archivos InterOp para su visualización en el visor del
análisis de secuenciación.
Para optimizar el tiempo de procesamiento, RTA3 almacena información en memoria. Si se interrumpe RTA3,
el procesamiento no se reanuda y se pierden los datos del experimento que se estén procesando en la
memoria.
Entradas de RTA3
Para procesarlas, RTA3 necesita las imágenes de placas que se encuentran en la memoria local del sistema.
RTA3 recibe información del experimento y comandos del NVCS.
Resultados de RTA3
Las imágenes de cada canal de color se transfieren en memoria a RTA3 como placas. A partir de estas
imágenes, RTA3 produce un conjunto de archivos de filtro y archivos de llamada de bases clasificadas por
calidad. Todos los demás conjuntos admiten archivos de resultados.
Tipos de archivo
Archivos de llamada de
bases
Archivos de filtro
Archivos de ubicación de
grupos
Los archivos de resultados se utilizan para los análisis sucesivos en BaseSpace Sequence Hub. De manera
alternativa, utilice el software de conversión bcl2fastq para la conversión a FASTQ y soluciones de análisis de
otros proveedores. Para los archivos de NovaSeq es necesario el software de conversión bcl2fastq2 v2.19 o
versiones posteriores. Para obtener la última versión de bcl2fastq2, visite la
bcl2fastq2 en el sitio web de Illumina.
RTA3 ofrece datos en tiempo real sobre la calidad del experimento almacenados como archivos InterOp,
que son archivos binarios de resultados que contienen datos de medición sobre placas, ciclos y niveles de
lectura. Para ver datos de medición en tiempo real con Sequencing Analysis Viewer hacen falta archivos
InterOp. Para obtener la última versión de Sequencing Analysis Viewer, visite la
Sequencing Analysis Viewer
Gestión de errores
RTA3 crea archivos de registro y los guarda en la carpeta de registros. Los errores se registran en un archivo
de texto con formato *.log.
N.º de documento 1000000019358 v11 ESP N.º de material 20023471
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Descripción
Cada placa que se analiza se incluye en un archivo de llamada de bases concatenado
(*.cbcl). Las placas del mismo carril y superficie se agregan a un archivo *.cbcl para cada
carril y superficie.
Cada placa produce un archivo de filtro (*.filter) que especifica si un grupo pasa filtros.
Los archivos de ubicación de grupos (*.locs) contienen las coordenadas X e Y para cada
grupo en una placa. Se genera un archivo de ubicación de grupos para cada
experimento.
en el sitio web de Illumina.
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