Archivos De Resultados De Lectura; Estructura De Carpetas De Resultados De Lectura - Illumina NextSeq 550 Guía Del Sistema

Guía del sistema NextSeq 550

Archivos de resultados de lectura

Tipos de archivo Descripción, ubicación y nombre del archivo
Archivos GTC Archivo de llamada de genotipo. Se genera un archivo GTC para cada muestra que se escanea
en el BeadChip. En el nombre del archivo, se incluye el código de barras y la muestra
escaneada.
[código de barras]_[muestra].gtc
Archivos de imagen Los archivos de imagen se nombran de acuerdo con el área escaneada del BeadChip. En el
nombre, se incluye el código de barras, la muestra y la sección en el BeadChip, el sector y el
canal de adquisición de imágenes (rojo o verde).
[código de barras]_[muestra]_[sección]_[sector]_[cámara]_[placa]_[canal].jpg
• Código de barras: el nombre de archivo comienza con el código de barras del BeadChip.
• Muestra: un área del BeadChip, numerada como fila (R0X) de arriba abajo y columna (C0X) de
izquierda a derecha.
• Sección: fila numerada dentro de una muestra.
• Sector: las imágenes de los BeadChips se adquieren en forma de grupo de placas
superpuestas. Por tanto, para adquirir la imagen de la sección solo se utiliza un sector.
• Cámara: la cámara empleada para capturar la imagen.
• Placa: un área de adquisición de imágenes definida como campo de visión por la cámara.
• Canal: un canal es verde o rojo.

Estructura de carpetas de resultados de lectura

[Fecha]_[Nombre de instrumento]_[N.º de lectura]_[Código de barras]
[Código de barras]
Config (Configuración)
Effective.cfg: registra los ajustes de configuración utilizados durante la lectura.
Focus (Enfoque): contiene archivos de imagen usados para enfocar la lectura.
Logs (Registros): contiene archivos de registro en los que se recogen todos los pasos llevados a
cabo durante la lectura.
PreScanDiagnosticFiles (Archivos de diagnóstico previo a la lectura)
[Fecha_Hora] Barcode Scan (Lectura de código de barras)
ProcessedBarcode.jpg: imagen del código de barras del BeadChip.
Diagnóstico de lectura (archivos de registro)
PreScanChecks.csv: registra los resultados de la comprobación automática.
Archivos GTC: archivos de llamada de genotipo (un archivo por muestra).
Archivos IDAT: [Opcional] archivos de datos de intensidad (dos archivos por muestra; uno por
cada canal).
Archivos de imagen: imágenes de la lectura correspondientes a cada muestra, sección, sector,
cámara, placa y canal.
[Código de barras]_sample_metrics.csv
[Código de barras]_section_metrics.csv
ScanParameters.xml
N.º de documento 15069765 v05 ESP
Para uso exclusivo en investigación.
Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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