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Documentación del producto iScan System
Generación de datos normalizados y llamadas de
genotipo
Una lectura de BeadChip genera archivos de datos de intensidad (*.idat). Estos archivos contienen
valores de datos de intensidad para todas las bolas de la imagen leída. Para obtener más información
sobre los archivos IDAT, consulte
Puede configurar iScan Control Software (iCS) para normalizar los datos en estos archivos.
La normalización transforma el intervalo de valores de intensidad para una línea de BeadChip para que
sea equiparable a un intervalo objetivo, lo que acelera los tiempos de los procesos de etapas
posteriores y optimiza el flujo de trabajo. Los datos normalizados y las llamadas de genotipo asociadas
se guardan en archivos de llamada de genotipo (*.gtc).
iCS incluye una función de llamada de genotipo automática, denominada AutoConvert. AutoConvert
convierte automáticamente archivos IDAT en archivos GTC durante la lectura, por chip, para su uso en
software de análisis sucesivos como Beeline o GenomeStudio Software.
Para configurar iCS para normalizar sus datos, debe establecer un archivo de asignación que asocie un
tipo de BeadChip a sus archivos de manifiesto y archivos de grupo.
No puede utilizar AutoConvert si utiliza un sistema de gestión de información de laboratorio
(LIMS). El LIMS utiliza su propia función de llamada de genotipo automatizada e integrada,
denominada AutoCall. Para obtener más información sobre AutoCall del LIMS, consulte la Guía de
usuario del LIMS de Illumina y la Guía del gestor de proyectos del LIMS de Illumina.
Activación de AutoConvert y generación de datos normalizados
Para generar datos normalizados para acelerar los tiempos de los procesos de etapas posteriores y
optimizar el flujo de trabajo, siga estos pasos:
1.
En el menú de la esquina superior izquierda de la pantalla, seleccione Tools (Herramientas), y luego
seleccione Options (Opciones).
2.
En el cuadro de diálogo Options (Opciones), seleccione la ficha AutoConvert.
3.
Marque la casilla Enable AutoConvert (Activar AutoConvert).
4.
Busque un archivo de asignación existente, o seleccione New (Nuevo) para crear un archivo de
asignación.
5.
[Opcional]
Edite el archivo de asignación como se indica a continuación:
a. Seleccione Edit Mapping File (Editar archivo de asignación).
b. En el cuadro de diálogo AutoConvert Mapping (Asignación de AutoConvert), resalte la
asignación que desea editar o seleccione New (Nuevo) para crear una asignación nueva.
Para una nueva asignación, la fila se rellena con las entradas predeterminadas.
Documento n.º 1000000161301 v01 ESP
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
Archivos generados en la
página 43.
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