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Illumina iScan System Documentación Del Producto

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iScan System
Documentación del producto
PROPIEDAD EXCLUSIVA DE ILLUMINA
Documento n.º 1000000161301 v01 ESP
Agosto de 2021
Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
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Manuales relacionados para Illumina iScan System

Resumen de contenidos para Illumina iScan System

  • Página 1 System Documentación del producto PROPIEDAD EXCLUSIVA DE ILLUMINA Documento n.º 1000000161301 v01 ESP Agosto de 2021 Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.
  • Página 2 Documentación del producto iScan System Este documento y su contenido son propiedad exclusiva de Illumina, Inc. y sus afiliados (“Illumina”) y están previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en él y no para ningún otro fin.

  • Página 3: Historial De Revisiones

    Se ha aclarado la función del marcado de la casilla de activación del LIMS durante la configuración de Illumina Connected Analytics (ICA) para su uso con iScan System. Se ha eliminado una nota errónea en la que se afirmaba que no se puede repetir la lectura de las áreas fallidas una vez que se han enviado los...
  • Página 4 Abril Lanzamiento inicial para añadir el formato 1000000161301 v00 2021 HTML y combinar la Guía de iScan System, la Guía de preparación del centro y la Guía de cumplimiento y seguridad. Se ha añadido información sobre la activación de Illumina Connected Analytics (ICA).
  • Página 5 Infinium": se ha cambiado por "LIMS de Illumina". Debido al formato combinado, los siguientes documentos han quedado obsoletos: • Guía del usuario de iScan System (n.º de documento 11313539) • Guía de preparación del centro de iScan System (n.º de documento 1000000000661) •...

  • Página 6: Tabla De Contenido

    Inicio de iScan Control Software (iCS) Reinicio del lector iScan Uso del LIMS con iScan System Uso de Illumina Connected Analytics (ICA) con iScan System Carga de BeadChips Configuración de iScan Control Software (iCS) Omisión de BeadChips y líneas de una lectura Crear configuración de lectura personalizada...
  • Página 7 Documentación del producto iScan System Visualización de los resultados de la lectura Archivos de registro Criterios de medición de la lectura Imágenes Archivos generados Mantenimiento y reparación Resolución de problemas Problemas de registro Problemas de alineación automática Problemas con el lector iScan Problemas de calidad de la imagen Problemas de visualización del iCS...

  • Página 8: Descripción General Del Sistema

    Documentación del producto iScan System Descripción general del sistema iScan System de Illumina es un sistema óptico de adquisición de imágenes de sobremesa, fácil de usar, basado en láser y de alta resolución. Gracias a las herramientas de adquisición de imágenes para aplicaciones de expresión genética y genotipado, iScan permite una lectura rápida y recopila un gran...

  • Página 9: Bandeja Del Lector Iscan

    Documentación del producto iScan System Además de estos componentes, debe adquirir los BeadChips desarrollados para su aplicación. Lector iScan El lector iScan es un sistema óptico de adquisición de imágenes basado en láser de alta resolución que incluye láseres rojos y verdes para detectar información de fluorescencia en los BeadChips.

  • Página 10: Carga Del Lector Iscan

    Documentación del producto iScan System Luz de estado Descripción Advertencia (triángulo ámbar) La luz ámbar fija indica que se ha producido un error en el instrumento. Intente llevar a cabo un ciclo de apagado y encendido. Barra de progreso de la lectura (barra azul La barra de progreso de la lectura es la línea...

  • Página 11: Configuración De La Unidad De Disco Duro

    Configuración de la unidad de disco duro iScan System contiene dos unidades permanentes (C y D) en el ordenador y una unidad extraíble (H) en el lector iScan. Las unidades C y D son unidades físicamente separadas. Estas unidades no forman parte de una unidad de mayor tamaño particionada en dos unidades.

  • Página 12: Componentes Del Portabeadchips

    Documentación del producto iScan System PortaBeadChips iScan System incluye un portaBeadChips. El portador tiene capacidad para leer cuatro BeadChips a la vez. Componentes del portaBeadChips Los portaBeadChips constan de los componentes siguientes. A. Cierres (cerrados) B. Topes levantados C. Ranuras de BeadChip D.

  • Página 13: Cables De Alimentación Y Otros Accesorios

    Códigodebarrasedel1erBeadChip. Cables de alimentación y otros accesorios iScan System se suministra con los cables de alimentación y de conexión, que el propio personal autorizado de Illumina conectará como parte de la instalación del sistema. No desenchufe ni desconecte ningún cable, a menos que se lo indique el servicio de asistencia técnica de Illumina.

  • Página 14: Especificaciones De La Mesa Neumática

    Descripción general del proceso de adquisición de imágenes En esta sección se describen los pasos para la lectura de los BeadChips en iScan System. Consulte las secciones que se mencionan para obtener instrucciones detalladas. Descargue los archivos DMAP (datos de decodificación) para sus BeadChips de Illumina.
  • Página 15 Visualice las imágenes de los BeadChip. Para obtener más información, consulte Visualización de los resultados de la lectura en la página 38. Retire los BeadChips y apague iScan System. Para obtener más información, consulte Mantenimiento y reparación en la página 46. Documento n.º 1000000161301 v01 ESP...

  • Página 16: Preparación Del Centro

    En esta sección se proporcionan especificaciones y directrices para la preparación del centro para la instalación y el funcionamiento de iScan System de Illumina. Prepárese para la entrega y la instalación, y conozca los requisitos de espacio, los componentes eléctricos, las consideraciones ambientales y de red, los requisitos informáticos y los consumibles proporcionados por el usuario.

  • Página 17: Dimensiones Y Contenido Del Embalaje

    Documentación del producto iScan System Una vez que el representante de Illumina haya instalado y preparado el instrumento, no lo cambie de lugar. El traslado del instrumento de su ubicación original anulará la garantía y el contrato de servicio. Si debe cambiar la posición del instrumento, póngase en contacto con su representante de Illumina.
  • Página 18 (20 portadores) PortaBeadChips 0,25 kg (0,55 lb) 0,25 kg (0,55 lb) La configuración de doble lector, formada por dos iScan System y un AutoLoader 2.x, cabe en una mesa de laboratorio convencional. Para obtener más información, consulte Directrices de las mesas de laboratorio en la página 13.

  • Página 19: Requisitos De Colocación

    Documentación del producto iScan System Figura 3 Dimensiones de la configuración de doble lector con AutoLoader 2.x Requisitos de colocación Los requisitos siguientes garantizan el acceso al interruptor de alimentación y a la toma de corriente, permiten una ventilación adecuada y ofrecen suficiente espacio para reparar el instrumento.

  • Página 20: Directrices De Las Mesas De Laboratorio

    Ruedas de bloqueo 152,4 cm (60 in) 76,2-91,4 cm (30-36 in) 76,2 cm (30 in) Sí Para los clientes en Norteamérica, Illumina recomienda las siguientes mesas de laboratorio móviles: Bench-Craft (www.bench-craft.com), n.º de referencia HS-30-60-30 P2 con ruedas. • HS indica una mesa de laboratorio estándar •...

  • Página 21: Conectores

    La conexión de toma a tierra de protección del cable de alimentación debe estar en condiciones óptimas de funcionamiento cuando se utilice este dispositivo. Sistema de alimentación ininterrumpida (SAI) iScan System se suministra con un sistema de alimentación ininterrumpida (SAI) específico de cada zona. Especificación Norteamérica Internacional Japón...
  • Página 22 SAI. Fusibles Solo el personal de campo de Illumina está cualificado para sustituir los fusibles internos. El módulo de entrada de corriente incluye dos fusibles de entrada en los conductos de entrada de alto voltaje.

  • Página 23: Consideraciones Medioambientales

    El instrumento se envía con un ordenador de control del instrumento, personalizado para adecuarse a los requisitos más actuales del sistema. Para obtener más información sobre las especificaciones del ordenador, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. Documento n.º 1000000161301 v01 ESP...

  • Página 24: Conexiones De Datos

    Ethernet estándar de 100 Mb/s. Consideraciones de la red Illumina no proporciona asistencia técnica ni de instalación para poner en red el ordenador de control del instrumento. No obstante, puede configurar y mantener una conexión de red en el ordenador de control del instrumento tras la instalación del instrumento.

  • Página 25: Consumibles Necesarios

    Documentación del producto iScan System Consumibles necesarios En esta sección se incluye una lista de los kits de Illumina y los consumibles proporcionados por el usuario necesarios para la lectura de BeadChips con iScan System. Kits de BeadChip de Illumina Antes de iniciar la lectura, complete el ensayo adecuado para su BeadChip y aplicación.

  • Página 26: Inicio De Iscan System

    Documentación del producto iScan System Inicio de iScan System Para iniciar iScan System, siga estos pasos: Encienda el lector iScan. Encienda el ordenador de iScan System. Inicie iScan Control Software. Estos pasos se describen en las secciones a continuación, junto con información sobre el uso del sistema de gestión de información de laboratorio (LIMS, Lab Information Management System) e...

  • Página 27: Encienda El Ordenador De Control Del Instrumento

    Para abrir iScan Control Software (iCS), seleccione iCS en el escritorio. iCS se conecta automáticamente e inicia el lector iScan. Si iScan System está configurado para funcionar con LIMS, seleccione el servidor de LIMS en el menú desplegable e introduzca su nombre de usuario y contraseña.

  • Página 28: Activar Y Desactivar El Lims

    System iScan Control Software (iCS) es compatible con Illumina Connected Analytics (ICA). Si utiliza ICA para respaldar los análisis, configure iScan System para el envío de datos a ICA antes de iniciar una lectura. Requisitos Estos son los requisitos para el uso de ICA con iScan System: Conexión a Internet...
  • Página 29 En el campo Private Domain (Dominio privado), introduzca el prefijo de su dominio privado de ICA. No incluya 'illumina.com'. Para hallar el prefijo, inicie sesión en la consola de administración de Illumina y seleccione la ficha Workgroups (Grupos de trabajo). El prefijo se muestra en el campo Name (Nombre).

  • Página 30: Carga De Beadchips

    En esta sección no se proporcionan instrucciones sobre el uso de AutoLoader con iScan System para automatizar la carga de BeadChips. Para obtener más información, consulte la Guía del usuario de AutoLoader 2.x (n.º de documento 15015394).
  • Página 31 Documentación del producto iScan System Coloque hasta cuatro BeadChips en el portador, cada uno en su ranura. Asegúrese de que los BeadChips estén bien asentados en su ranura y perfectamente planos, como se muestra en la imagen siguiente. Si los BeadChips no están perfectamente planos en su ranura individual, siga estos pasos: a.
  • Página 32 Documentación del producto iScan System c. Si algún BeadChip sigue sin estar plano, pulse y suelte el botón de elevación de nuevo. Si se precisan más ajustes, ajuste los BeadChips manualmente. Manipule los BeadChips únicamente por los extremos. 3. Cargue el portador en el lector iScan Para acceder a la bandeja del lector iScan, utilice iScan Control Software (iCS) o el botón Open/Close...
  • Página 33 Documentación del producto iScan System A. Placa adaptadora B. Bandeja del lector iScan La placa adaptadora es específica para cada lector iScan individual. No cambie las placas adaptadoras entre lectores iScan. Alinee las muescas del portador con las bolas plateadas en la placa adaptadora en la bandeja del lector iScan.
  • Página 34 Documentación del producto iScan System Baje el portador con suavidad sobre la bandeja con los extremos de los códigos de barras de los BeadChip cerca de la parte frontal de la bandeja, y asegúrese de que el portador encaja de manera segura.

  • Página 35: Repetir La Lectura De Códigos De Barras

    Documentación del producto iScan System Repetir la lectura de códigos de barras Puede repetir la lectura de códigos de barras desde la pantalla Setup (Configuración) del iCS. En el menú de la esquina superior izquierda de la pantalla, seleccione Scanner (Lector), y luego •...

  • Página 36: Configuración De Iscan Control Software (Ics)

    Documentación del producto iScan System Configuración de iScan Control Software (iCS) En esta sección se explica la configuración de iScan Control Software (iCS) para realizar una lectura. Por ejemplo, puede omitir BeadChips de una lectura o puede cambiar los ajustes de lectura mediante la creación de un archivo personalizado.

  • Página 37: Crear Configuración De Lectura Personalizada

    Documentación del producto iScan System Crear configuración de lectura personalizada De manera predeterminada, la configuración de la lectura se selecciona automáticamente en función del tipo de BeadChip. Para utilizar una configuración de lectura distinta de la predeterminada, cree un archivo de configuración de lectura personalizada y asocie dicho archivo al BeadChip en la pantalla Setup (Configuración) de iScan Control Software (iCS).
  • Página 38 Documentación del producto iScan System Tipo de Ajuste Valor ajuste Export Bead Establezca True (Verdadero) o False (Falso). Type Data (Exportar datos del tipo de bolas) Image Format Seleccione JPG, PNG o TIFF. Los archivos JPG y PNG son archivos de imágenes comprimidas.

  • Página 39: Generación De Datos Normalizados Y Llamadas De Genotipo

    (LIMS). El LIMS utiliza su propia función de llamada de genotipo automatizada e integrada, denominada AutoCall. Para obtener más información sobre AutoCall del LIMS, consulte la Guía de usuario del LIMS de Illumina y la Guía del gestor de proyectos del LIMS de Illumina. Activación de AutoConvert y generación de datos normalizados...

  • Página 40: Especificar Rutas De Entrada Y Salida

    Especificar rutas de entrada y salida iScan System obtiene información del archivo de procesamiento de la ruta de entrada. La ruta de salida es la ubicación en la que se guardan los archivos tras completar la lectura. Cuando iScan System funciona con el LIMS, no puede cambiar las rutas de entrada o salida.

  • Página 41: Comprobación De La Integridad Del Archivo Dmap

    Documentación del producto iScan System Abra el símbolo del sistema Windows. Introduzca el comando siguiente: net use (uso de red) Este comando muestra la ruta de acceso UNC completa de todas las unidades de red conectadas al sistema, junto con cada letra de unidad de Windows asociada.

  • Página 42: Lectura De Beadchips

    Documentación del producto iScan System Lectura de BeadChips Antes de iniciar una lectura, los láseres deben estabilizarse. Asegúrese de que el lector iScan lleva al menos 30 minutos encendido antes de iniciar una lectura. Después de seleccionar los BeadChips a leer y de confirmar los ajustes, inicie la lectura.

  • Página 43: Supervisión Del Progreso De La Lectura

    Documentación del producto iScan System Pasos Descripción Inclina y alinea el El proceso de enfoque automático del lector iScan registra la posición Z (altura) portaBeadChips de tres esquinas del BeadChip para determinar su inclinación real, y ajusta el BeadChip hasta que está plano.

  • Página 44: Pausa O Interrupción De Una Lectura

    Una vez que se han leído todos los BeadChips, aparece un mensaje de finalización del proceso. Pulse OK (Aceptar) para pasar a la pantalla Review (Revisar). Cuando se utiliza LIMS o Illumina Connected Analytics (ICA), si se han leído correctamente todas las secciones de un BeadChip, los datos del BeadChip se comunican automáticamente a estos sistemas.

  • Página 45: Visualización De Los Resultados De La Lectura

    Documentación del producto iScan System Visualización de los resultados de la lectura En esta sección se describe el proceso de revisión de los resultados de su lectura con el uso de los archivos de registro, los criterios de medición de la lectura, las imágenes y los archivos generados.

  • Página 46: Criterios De Medición De La Lectura

    Documentación del producto iScan System iScanControlSoftware.00.log es siempre el registro actual, e iScanControlSoftware.20.log es siempre el más antiguo. Criterios de medición de la lectura Los criterios de medición de la lectura para cada BeadChip se muestran en la tabla Scan Metrics (Criterios de medición de la lectura) en la parte superior de la pantalla Review (Revisión).

  • Página 47: Archivos De Texto De Los Criterios De Medición De La Lectura

    Documentación del producto iScan System Archivos de texto de los criterios de medición de la lectura Los criterios de medición de la lectura también se guardan en dos archivos de texto, Metrics.txt y [código de barras]_qc.txt, donde [código de barras] representa el número de código de barras de un único BeadChip.

  • Página 48: Controles De Panorámica Y Ampliación

    Documentación del producto iScan System Controles de la barra de herramientas de la imagen Use los controles de la barra de herramientas de la imagen para las siguientes funciones. Icono Descripción Auto Contrast (Contraste automático): restablece los valores predeterminados de contraste, brillo, píxeles y proporción de color de la imagen.
  • Página 49 Documentación del producto iScan System Seleccione el área deseada de la imagen, y luego use la rueda del ratón para ampliar o reducir. • Barras de control de ajuste de la imagen Use los controles de la imagen ( ) para alternar la visualización de las barras de control de ajuste de la imagen en la ventana principal.

  • Página 50: Archivos Generados

    Documentación del producto iScan System Para ajustar el brillo: Seleccione el control de la imagen para mostrar la barra de control del brillo. Mueva el control deslizante de brillo hacia arriba para aumentar el brillo de la imagen o hacia abajo para reducirlo.

  • Página 51: Datos Normalizados

    Documentación del producto iScan System Datos normalizados Si la función AutoConvert estaba activada para la lectura, iCS normaliza los datos en los archivos IDAT y genera llamadas de genotipo a partir de los datos normalizados. Los datos normalizados y las llamadas de genotipo se guardan en archivos de llamada de genotipo (*.gtc).

  • Página 52: Fallo De Lectura O Registro

    Documentación del producto iScan System Componente del nombre Descripción de archivo Canal RED para el canal rojo, o GRN para el canal verde. Extensión • Imágenes no comprimidas: *.tiff • Imágenes comprimidas: *.jpeg o *.png Fallo de lectura o registro El registro y la extracción son críticos para obtener resultados en los experimentos.

  • Página 53: Mantenimiento Y Reparación

    Para limpiar el equipo, humedezca un paño con agua y detergente suave, y limpie las superficies externas. No es necesario limpiar ninguna de las superficies internas. Mantenimiento y calibración de iScan System Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para programar el mantenimiento y la calibración anuales. Apagado de iScan System Expulse los BeadChips.

  • Página 54: Resolución De Problemas

    Ver detalles del error mientras ocurre Si se produce un error durante el uso de iScan System, aparece un mensaje de error. Para hacer una captura de pantalla del mensaje de error, pulse simultáneamente las teclas Alt e Imprimir pantalla.

  • Página 55: Problemas De Registro

    Se ha especificado Compruebe la ubicación del archivo del mapa de bolas (*.dmap) en el una ubicación cuadro de diálogo Options (Opciones) de iScan System. Para ver el incorrecta del archivo cuadro de diálogo Options (Opciones), seleccione Tools del mapa de bolas.
  • Página 56 Informática o al científico responsable para gestionar los arrays. Puede determinar el directorio del archivo en el cuadro de diálogo Options (Opciones) de iScan System. Para ver el cuadro de diálogo Options (Opciones), seleccione Tools (Herramientas) y luego Options (Opciones).

  • Página 57: Problemas De Alineación Automática

    Intente leer el BeadChip de nuevo. Los láseres ya no Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina tienen la para recalibrar el lector iScan y reequilibrar los láseres. configuración de fábrica.
  • Página 58 BeadChip. Si el problema no se resuelve, secciones tengan un póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. aspecto demasiado tenue para el registro y la extracción del valor de intensidad de las bolas.

  • Página 59: No Aparecen Los Máximos De Inclinación Automática En La Pantalla De Alineación

    El lector iScan no se Reinicie el lector iScan y el iCS. Para obtener más información, ha iniciado consulte Inicio de iScan System en la página 19. correctamente. Documento n.º 1000000161301 v01 ESP Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico.

  • Página 60: Las Luces De Estado No Funcionan Correctamente Durante La Adquisición De Imágenes

    Reinicie el lector iScan y el iCS, y lleve a cabo un ciclo de apagado y cuyas líneas no se encendido del ordenador. Si el lector sigue sin iniciarse correctamente, han leído utilizando póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina. dos o tres sectores, las imágenes solo aparecen en la ventana superior.
  • Página 61 Si observa un claro problema físico, póngase en contacto con el desactiva de servicio de asistencia técnica de Illumina para que le guíe en el proceso inmediato todos los de liberación del BeadChip de manera segura. Si no observa ningún problema físico evidente, reinicie o lleve a cabo motores por un ciclo de apagado y encendido del lector iScan.

  • Página 62: Problemas De Calidad De La Imagen

    Documentación del producto iScan System Causa Resolución El BeadChip no está Expulse el portaBeadChips y examine la posición en la que está plano o está mal asentado el portador en la bandeja del adaptador del lector iScan. asentado en el Restablezca los BeadChips en el portador y reinicie la lectura.

  • Página 63: Las Imágenes Mostradas Son Demasiado Blancas Y Carecen De Detalles

    Documentación del producto iScan System Causa Resolución Las barras de Marque la casilla Auto Contrast (Contraste automático). Si las contraste no están imágenes siguen sin ser óptimas, mueva el control deslizante de configuradas para contraste. Para obtener más información sobre la visualización de una visualización...

  • Página 64: La Proporción Rojo-Verde Cambia De Forma Repentina

    La proporción rojo-verde cambia de forma repentina Causa Resolución El láser rojo o el verde Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina está llegando al final para programar una visita de servicio en campo. de su vida útil.
  • Página 65 Documentación del producto iScan System Causa Resolución Se ha instalado una Póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina gran cantidad de para programar una visita de servicio en campo. puertos en el ordenador. Documento n.º 1000000161301 v01 ESP...

  • Página 66: Cumplimiento Y Seguridad

    Todos los peligros descritos se pueden evitar siguiendo los procedimientos de funcionamiento estándar incluidos en este documento. Solo el personal autorizado y que haya recibido formación por parte de Illumina puede realizar las pruebas del láser y el servicio de mantenimiento. Solo el personal formado por Illumina está...

  • Página 67: Advertencias De Seguridad Del Láser

    En esta sección se describen las precauciones de seguridad para las conexiones eléctricas y los fusibles de iScan System, y se describen los peligros de alto voltaje y las precauciones. Para obtener más información sobre las especificaciones eléctricas y de alimentación de iScan, consulte la sección Preparación del centro en la...
  • Página 68 • 3 amperios para una fuente de alimentación de 200 a 240 voltios • Consulte la etiqueta de calificación energética en iScan System para obtener más información. Conexiones de datos El lector iScan cuenta con estas dos conexiones al ordenador de control: •...

  • Página 69: Reubicación De Iscan System

    Si es necesario reubicar el lector iScan, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de Illumina para programar una visita de servicio. El personal técnico de Illumina es el único cualificado para mover o reubicar el lector iScan. Además, existen riesgos significativos para la alineación óptica y mecánica. Cada vez que se mueva el lector iScan, debe reubicarse correctamente en la mesa neumática y se debe reequilibrar esta mesa.

  • Página 70: Etiquetado De Seguridad

    Documentación del producto iScan System Restricción de sustancias peligrosas (RoHS) Esta etiqueta indica que el instrumento cumple la Directiva sobre residuos de aparatos eléctricos y electrónicos (WEEE, por sus siglas en inglés). Visite support.illumina.com/certificates.html para obtener instrucciones sobre el reciclado del equipo.

  • Página 71: Recursos Y Referencias

    En las páginas de soporte de iScan System en el sitio web de Illumina se proporcionan recursos adicionales. Estos recursos incluyen el software, la formación, los productos compatibles y la siguiente documentación. Revise siempre las páginas de asistencia para obtener las versiones más recientes.

  • Página 72: Documento N.º 1000000161301 V01 Esp

    Illumina 5200 Illumina Way San Diego, California 92122 (EE. UU.) + 1 800 809 ILMN (4566) + 1 858 202 4566 (fuera de Norteamérica) [email protected] www.illumina.com Para uso exclusivo en investigación. Prohibido su uso en procedimientos de diagnóstico. © 2021 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.

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