Cálculos
Tabla 2 Cálculos del calculador Oligo BioMate
Cálculo
Núm. bases
Secuencia repetitiva de
A, T (or U), G and C
contenido %GC
Use secuencia AT (U) GC
introducido anteriormente
Peso molecular
Núm. unidades A
Núm. unidades T,
Núm. unidades G
Núm. unidades C,
Núm. unidades U
Absorvicidad
Núm. unidades A,
ε (260)
Núm. unidades T,
Núm. unidades G
Núm. unidades C,
Núm. unidades U
Conversion Factor N/A
Cálculo deT
:
Núm. unidades A
m
Oligos hasta
Núm. unidades T,
20 bases de
Núm. unidades G
longitud
Núm. unidades U
Cálculo deT
:
• Núm. unidades A
m
DNA-DNA hibridos
Núm. unidades T,
Núm. unidades G
Núm. unidades C,
• M= molaridad del cation
• Fracción GC = fracción
de G y C
• % form = % de formamida
en la muestra
• L = Núm de pares
• P = % de error
Cálculo de T
:
• Núm. unidades A
m
DNA-RNA hibridos
Núm. unidades T,
Núm. unidades G
Núm. unidades C,
• M= molaridad del cation
• Fracción GC = fracción
de G y C
• % form = % de formamida
en la muestra
• L = Núm de pares
• P = % de error
Parámetros
Conteo total de bases introducido
%GC = Núm. de (G + C) bases x 100 Porcentaje
Si la entrada no incluye U:
MW = (312.2 x A) + (303.2 x T)
+ (329.2 x G) + (289.2 x C) + 18.02
Si la entrada no incluye U:
PM = (329.2 x A) + (306.2 x U)
+ (345.2 x G) + (305.2 x C) + 18.02
Si la entrada no incluye U:
ε
+ (12,010 x G) + (7,050 x C)
Si la entrada no incluye U:
ε
+ (12,010 x G) + (7,050 x C)
Peso molecular x 10
Coeficiente de extinción
T
T
(1+0.7(Na+)) + 0.41(%GC) –
500/L – P – 0.63(%formamide)
T
(1+0.7(Na+)) + 0.8(%GC) –
500/L – P – 0.5(%formamide)
Fórmula
Núm. total de AT(o U)GC
= (15,200 x A) + (8,400 x T)
260
= (15,200 x A) + (9,900 x U)
260
3
= 2(A + T) + 4(G + C)
m
= 81.5C + 16.6log ((Na+)/
m
= 67°C + 16.6log ((Na+)/
m
C-3
Manual del operador BioMate 3
Apéndice C Cálculos
Unidades
mostradas
Longitud = Núm.
de bases
Molecular weight
= x daltons/M
Extinción
coeficiente=
-1
-1
M
cm
µg/mL
°C
°C
°C